84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3187 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2654  cytosine permease  95.25 
 
 		 421 aa  769    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2208  cytosine permease  90.5 
 
 		 421 aa  738    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.739585 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3187  cytosine permease  100 
 
 		 421 aa  829    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2529  cytosine permease  98.57 
 
 		 421 aa  813    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0365158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0779  cytosine permease  77.07 
 
 		 421 aa  622  1e-177  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.99673  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1641  cytosine permease  77.57 
 
 		 420 aa  608  1e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.18791  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1032  cytosine permease  76.37 
 
 		 441 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1118  cytosine permease  76.61 
 
 		 441 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2333  cytosine permease  76.37 
 
 		 420 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0801  cytosine permease  73.68 
 
 		 431 aa  591  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141599  normal  0.241333 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0866  cytosine permease  76.13 
 
 		 441 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0601  cytosine permease  76.13 
 
 		 420 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1833  cytosine permease  76.13 
 
 		 441 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0184024  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2351  cytosine permease  60.3 
 
 		 411 aa  481  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1584  cytosine permease  56.48 
 
 		 417 aa  465  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3778  cytosine permease  59.02 
 
 		 423 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  56.49 
 
 		 420 aa  409  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.27545  normal  0.552006 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2453  cytosine permease  49.13 
 
 		 414 aa  350  3e-95  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00980  purine-cytosine permease-like transporter  35.98 
 
 		 427 aa  228  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0539  cytosine permease  35.73 
 
 		 416 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05700  cytosine permease  35.49 
 
 		 416 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0360  cytosine permease  34.05 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0401  cytosine permease  34.05 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0409  cytosine permease  34.05 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00294  hypothetical protein  34.05 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00290  cytosine transporter  34.05 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0367  cytosine permease  34.05 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.506759 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3289  cytosine permease  34.05 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3270  NCS1 nucleoside transporter family  34.05 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0863  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  37.29 
 
 		 440 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3596  cytosine permease  34.14 
 
 		 417 aa  210  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3524  cytosine permease  33.66 
 
 		 417 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05320  cytosine permease  32.45 
 
 		 412 aa  208  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3631  cytosine permease  33.66 
 
 		 425 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.822935 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000566  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  32.6 
 
 		 412 aa  207  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.113273  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0016  cytosine permease  31.14 
 
 		 417 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3693  cytosine permease  33.41 
 
 		 425 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0630  cytosine permease  33.67 
 
 		 417 aa  195  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3526  cytosine permease  32.94 
 
 		 449 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2802  cytosine permease  32.24 
 
 		 421 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.018065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2188  cytosine permease  32.14 
 
 		 421 aa  182  7e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1854  cytosine permease  32.82 
 
 		 395 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.382094  hitchhiker  0.0000028856 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0157  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  26.54 
 
 		 460 aa  116  6.9999999999999995e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.489113  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.26 
 
 		 441 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0426  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.14 
 
 		 448 aa  106  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203282  normal  0.440595 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2198  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.75 
 
 		 445 aa  104  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0171933  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1725  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.72 
 
 		 434 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0815  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.94 
 
 		 438 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1828  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.13 
 
 		 455 aa  101  2e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1993  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.71 
 
 		 443 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2449  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23 
 
 		 453 aa  101  2e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1044  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.15 
 
 		 438 aa  100  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.955284  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22900  purine-cytosine permease-like transporter  27.01 
 
 		 455 aa  99.8  8e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.383587 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.66 
 
 		 431 aa  99.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.17 
 
 		 438 aa  97.4  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3279  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.89 
 
 		 431 aa  96.3  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00201301  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0862  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.56 
 
 		 455 aa  92.4  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000967478  normal  0.747959 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0650  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.48 
 
 		 472 aa  92.8  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0343903 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0413  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.46 
 
 		 432 aa  90.1  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1965  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  22.63 
 
 		 439 aa  89  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1591  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.09 
 
 		 456 aa  89.4  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3367  putative cytosine permease  25.14 
 
 		 439 aa  86.7  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130336  normal  0.0781791 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3060  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.13 
 
 		 460 aa  85.5  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4197  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  26.02 
 
 		 407 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118639 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3201  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.52 
 
 		 424 aa  83.6  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03710  putative permease  26.02 
 
 		 407 aa  77.4  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03659  hypothetical protein  26.02 
 
 		 407 aa  77.4  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3467  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.87 
 
 		 439 aa  70.5  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1794  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  23.44 
 
 		 446 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0676  NCS1 nucleoside transporter  26.47 
 
 		 486 aa  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.579692  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0774  NCS1 nucleoside transporter family protein  24.37 
 
 		 494 aa  49.3  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182472 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09360  probable hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  25 
 
 		 416 aa  47.8  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.268783 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  23.67 
 
 		 502 aa  47  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2863  NCS1 nucleoside transporter  21.79 
 
 		 497 aa  46.6  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4072  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.16 
 
 		 450 aa  46.2  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  21.71 
 
 		 457 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2385  NCS1 nucleoside transporter family  21.92 
 
 		 492 aa  44.7  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5706  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.41 
 
 		 479 aa  44.3  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  0.11286 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4536  NCS1 nucleoside transporter family  22.35 
 
 		 533 aa  43.9  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.854613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.61 
 
 		 451 aa  43.9  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.82356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  23.04 
 
 		 490 aa  43.5  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6657  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  23.1 
 
 		 502 aa  43.5  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.0268783 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2688  NCS1 nucleoside transporter family  22.49 
 
 		 503 aa  43.1  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.931856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  23.08 
 
 		 503 aa  43.1  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>