158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4921 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4921  NCS1 nucleoside transporter  100 
 
 
427 aa  823    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0951814  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4797  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  99.06 
 
 
427 aa  817    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4974  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  96.72 
 
 
427 aa  762    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4713  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  89.7 
 
 
427 aa  658    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.244042 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  72.96 
 
 
429 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0493  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  76.64 
 
 
430 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113424  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4975  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  72.96 
 
 
429 aa  559  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0640  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  53.92 
 
 
438 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3437  nucleobase/cation symporter, (NCS1) family  55.5 
 
 
438 aa  408  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1042  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  55.17 
 
 
438 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144538  normal  0.528331 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2771  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  40.97 
 
 
446 aa  282  8.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0255944  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2434  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  42.37 
 
 
434 aa  276  5e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.116228  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2463  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.33 
 
 
435 aa  262  8e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2332  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.13 
 
 
438 aa  259  9e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2203  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  40.33 
 
 
429 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.703215 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  39.75 
 
 
446 aa  229  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.603733  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0125  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.3 
 
 
448 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371605  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0095  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  34.83 
 
 
448 aa  143  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.209676  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0041  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.04 
 
 
457 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.758493  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7829  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  33.89 
 
 
452 aa  140  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.458665 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.56 
 
 
457 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1599  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  30.65 
 
 
389 aa  133  5e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0130344  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0569  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  25.9 
 
 
392 aa  127  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000369717  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1794  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  28.8 
 
 
446 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09360  probable hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  27.93 
 
 
416 aa  114  3e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.268783 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4072  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.05 
 
 
450 aa  110  6e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1396  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  27.6 
 
 
385 aa  108  1e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000155309  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2841  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.65 
 
 
444 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810699  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0257  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  21.97 
 
 
458 aa  97.1  5e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000119311  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3034  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.41 
 
 
448 aa  78.2  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5706  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.96 
 
 
479 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  0.11286 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3697  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.97 
 
 
538 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.82 
 
 
431 aa  73.9  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0460  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.67 
 
 
502 aa  72.4  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3279  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.7 
 
 
431 aa  68.2  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00201301  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0413  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.86 
 
 
432 aa  67.4  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3297  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.09 
 
 
520 aa  67.8  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2198  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.56 
 
 
445 aa  67.8  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0171933  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2557  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.7 
 
 
484 aa  67  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.266727  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4599  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.82 
 
 
490 aa  66.6  0.0000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.15 
 
 
438 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0815  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.39 
 
 
438 aa  65.5  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4185  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.32 
 
 
476 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4251  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.32 
 
 
476 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.236014 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4412  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.32 
 
 
476 aa  63.5  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.274319 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0862  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.39 
 
 
507 aa  63.2  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.472129  normal  0.0659585 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  29.8 
 
 
441 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0055  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.74 
 
 
461 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.119028 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00980  purine-cytosine permease-like transporter  26.56 
 
 
427 aa  61.6  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1828  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.41 
 
 
455 aa  62  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1044  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.59 
 
 
438 aa  62  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.955284  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6281  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.51 
 
 
491 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.575901 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3060  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.92 
 
 
460 aa  61.6  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4265  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25 
 
 
503 aa  61.2  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1836  NCS1 nucleoside transporter family protein  26.21 
 
 
487 aa  60.5  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.729443  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0539  cytosine permease  28 
 
 
416 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1908  NCS1 nucleoside transporter family protein  26.46 
 
 
487 aa  60.5  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.535002  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05700  cytosine permease  28 
 
 
416 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2484  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.6 
 
 
464 aa  60.1  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.307403  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05320  cytosine permease  25.58 
 
 
412 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1867  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.33 
 
 
480 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.850013  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000566  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  25 
 
 
412 aa  58.5  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.113273  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1965  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.57 
 
 
439 aa  58.9  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2142  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.18 
 
 
453 aa  57.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.32672 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2453  cytosine permease  24.55 
 
 
414 aa  57.8  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2654  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.21 
 
 
489 aa  57.4  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2449  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.94 
 
 
453 aa  57  0.0000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2090  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  30.17 
 
 
468 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00352517  normal  0.665422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3641  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  30.17 
 
 
467 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.476439 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4415  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.73 
 
 
479 aa  56.6  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2267  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.17 
 
 
468 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.193361  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3367  putative cytosine permease  25.79 
 
 
439 aa  56.6  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130336  normal  0.0781791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  27.07 
 
 
490 aa  56.2  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2262  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.75 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1725  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.52 
 
 
434 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5371  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.73 
 
 
484 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.583261  normal  0.663394 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22900  purine-cytosine permease-like transporter  23.33 
 
 
455 aa  54.7  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.383587 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1129  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.49 
 
 
476 aa  53.9  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6019  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.49 
 
 
480 aa  54.3  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.213946  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3467  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  22.6 
 
 
439 aa  53.5  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3261  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.82 
 
 
468 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3283  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1249  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.23 
 
 
476 aa  53.5  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0960267  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1149  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.64 
 
 
462 aa  53.5  0.000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451386  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1221  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.23 
 
 
476 aa  53.5  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2863  NCS1 nucleoside transporter  24.71 
 
 
497 aa  53.1  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0016  cytosine permease  23.24 
 
 
417 aa  52.8  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2066  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.97 
 
 
534 aa  53.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.59 
 
 
451 aa  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.82356  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5091  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24 
 
 
483 aa  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415087  normal  0.0197454 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4383  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  25 
 
 
476 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1140  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.38 
 
 
476 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1584  cytosine permease  23.67 
 
 
417 aa  52.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3201  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.75 
 
 
424 aa  51.6  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0676  NCS1 nucleoside transporter  21.03 
 
 
486 aa  50.4  0.00006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.579692  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1591  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  22.52 
 
 
456 aa  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0157  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  21.74 
 
 
460 aa  49.7  0.00009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.489113  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3270  NCS1 nucleoside transporter family  24.77 
 
 
419 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0075  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  22.89 
 
 
485 aa  49.3  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.82012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3289  cytosine permease  24.77 
 
 
419 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0367  cytosine permease  24.77 
 
 
419 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.506759 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>