57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2463 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2463  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  100 
 
 		 435 aa  846    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291531  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2434  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  68.78 
 
 		 434 aa  562  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.116228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  71.79 
 
 		 446 aa  560  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.603733  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2332  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  68.78 
 
 		 438 aa  527  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2203  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  58.31 
 
 		 429 aa  452  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.703215 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0640  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  39.9 
 
 		 438 aa  262  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3437  nucleobase/cation symporter, (NCS1) family  40.48 
 
 		 438 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1042  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  40.44 
 
 		 438 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144538  normal  0.528331 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4974  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  41.79 
 
 		 427 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4921  NCS1 nucleoside transporter  40.71 
 
 		 427 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.5 
 
 		 429 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4797  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  40.71 
 
 		 427 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4975  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  41.61 
 
 		 429 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4713  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  41.56 
 
 		 427 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.244042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0493  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  42.04 
 
 		 430 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2771  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  36.79 
 
 		 446 aa  220  3.9999999999999997e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0255944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0125  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.46 
 
 		 448 aa  138  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0095  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.08 
 
 		 448 aa  126  8.000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.209676  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0041  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.9 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.758493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7829  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.36 
 
 		 452 aa  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.458665 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1599  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  26.67 
 
 		 389 aa  110  5e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0130344  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1396  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  25.06 
 
 		 385 aa  104  3e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000155309  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0569  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  27.78 
 
 		 392 aa  96.3  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000369717  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.1 
 
 		 457 aa  92.8  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09360  probable hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  26.67 
 
 		 416 aa  91.3  3e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.268783 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1794  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  26.63 
 
 		 446 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2841  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.89 
 
 		 444 aa  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810699  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4072  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.07 
 
 		 450 aa  69.3  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0257  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.66 
 
 		 458 aa  56.2  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000119311  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2090  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  24.62 
 
 		 468 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00352517  normal  0.665422 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04210  cytosine-purine permease, putative  25.58 
 
 		 523 aa  54.7  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3641  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  24.92 
 
 		 467 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.476439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2267  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.32 
 
 		 468 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.193361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5706  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.07 
 
 		 479 aa  51.2  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  0.11286 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6647  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  25.75 
 
 		 469 aa  51.6  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104211  normal  0.0424999 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06330  purine-cytosine permease, putative  24.81 
 
 		 525 aa  50.1  0.00007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3261  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.23 
 
 		 468 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3283  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5614  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.61 
 
 		 486 aa  48.5  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493081  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2557  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.12 
 
 		 484 aa  49.3  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.266727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2262  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.32 
 
 		 467 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3218  transporter membrane subunit  24.59 
 
 		 476 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5720  NCS1 nucleoside transporter  24.36 
 
 		 502 aa  46.6  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244182  normal  0.497544 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5964  NCS1 nucleoside transporter  24.36 
 
 		 502 aa  47  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0145337  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  27.27 
 
 		 503 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5352  NCS1 nucleoside transporter  23.9 
 
 		 502 aa  45.8  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157454 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1533  NCS1 nucleoside transporter  26.36 
 
 		 503 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2834  NCS1 nucleoside transporter  23.1 
 
 		 482 aa  45.8  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1584  cytosine permease  26.73 
 
 		 417 aa  45.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2688  NCS1 nucleoside transporter family  27.27 
 
 		 503 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.931856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6713  NCS1 nucleoside transporter  23.27 
 
 		 502 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6237  NCS1 nucleoside transporter  23.27 
 
 		 502 aa  45.1  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1594  NCS1 nucleoside transporter  23.27 
 
 		 502 aa  45.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  27.27 
 
 		 502 aa  44.3  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6657  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  28.18 
 
 		 502 aa  43.9  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.0268783 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1725  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.1 
 
 		 434 aa  43.5  0.007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4056  NCS1 nucleoside transporter  23.08 
 
 		 515 aa  43.5  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00768  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  23.21 
 
 		 499 aa  43.1  0.009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>