43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2203 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2203  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  100 
 
 		 429 aa  829    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.703215 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2434  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  62.88 
 
 		 434 aa  504  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.116228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2332  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  64.06 
 
 		 438 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2463  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  58.31 
 
 		 435 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291531  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  62.41 
 
 		 446 aa  438  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.603733  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0640  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  40.81 
 
 		 438 aa  271  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  38.79 
 
 		 429 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3437  nucleobase/cation symporter, (NCS1) family  40.1 
 
 		 438 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1042  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  40.33 
 
 		 438 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144538  normal  0.528331 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4975  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  39.4 
 
 		 429 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4974  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  39.24 
 
 		 427 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4921  NCS1 nucleoside transporter  39.48 
 
 		 427 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4797  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  39.01 
 
 		 427 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2771  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  37.89 
 
 		 446 aa  222  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0255944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4713  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  39.21 
 
 		 427 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.244042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0493  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  38.98 
 
 		 430 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0125  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.26 
 
 		 448 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371605  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0041  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.75 
 
 		 457 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.758493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0095  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.69 
 
 		 448 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.209676  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7829  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.37 
 
 		 452 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.458665 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1599  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  25.5 
 
 		 389 aa  100  7e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0130344  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1396  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  23.27 
 
 		 385 aa  98.6  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000155309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1794  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  26.62 
 
 		 446 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0569  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  27.27 
 
 		 392 aa  90.9  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000369717  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.79 
 
 		 457 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4072  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.26 
 
 		 450 aa  75.1  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2841  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.29 
 
 		 444 aa  73.6  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810699  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09360  probable hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  23.73 
 
 		 416 aa  70.5  0.00000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.268783 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5706  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.63 
 
 		 479 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  0.11286 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0257  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.22 
 
 		 458 aa  53.9  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000119311  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5409  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.84 
 
 		 473 aa  50.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103715  normal  0.0122128 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0863  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.28 
 
 		 440 aa  47.8  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06330  purine-cytosine permease, putative  21.76 
 
 		 525 aa  46.2  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05700  cytosine permease  26.21 
 
 		 416 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7084  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.17 
 
 		 475 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.083974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0539  cytosine permease  26.21 
 
 		 416 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0055  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  22.96 
 
 		 461 aa  44.7  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.119028 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04210  cytosine-purine permease, putative  27.04 
 
 		 523 aa  44.3  0.004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.72 
 
 		 451 aa  43.5  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.82356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2364  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.47 
 
 		 475 aa  43.5  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0770774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4185  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24 
 
 		 476 aa  43.1  0.01  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4251  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24 
 
 		 476 aa  43.1  0.01  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.236014 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4412  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24 
 
 		 476 aa  43.1  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.274319 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>