More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0393 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0393  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  100 
 
 
284 aa  577  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5004  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  92.58 
 
 
283 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4878  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  92.58 
 
 
305 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.636657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5054  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  92.86 
 
 
283 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5144  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  88.97 
 
 
285 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0460  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  89.75 
 
 
285 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0529  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.88 
 
 
285 aa  511  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5795  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  86.02 
 
 
285 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66830  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  86.02 
 
 
285 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1392  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  57.36 
 
 
301 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.507189  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2136  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  52.96 
 
 
280 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1130  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  48.29 
 
 
295 aa  247  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  46.99 
 
 
294 aa  227  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3966  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.64 
 
 
298 aa  223  2e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4596  alpha/beta hydrolase fold protein  41.37 
 
 
260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1434  alpha/beta hydrolase  38.46 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2786  Alpha/beta hydrolase fold  38.57 
 
 
266 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  29.45 
 
 
271 aa  112  8.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1944  alpha/beta hydrolase fold  32.95 
 
 
249 aa  95.9  7e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  29.77 
 
 
284 aa  91.3  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  26.12 
 
 
271 aa  90.1  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1441  alpha/beta hydrolase fold  29.2 
 
 
267 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.481122  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  32.24 
 
 
285 aa  87  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2523  alpha/beta hydrolase fold protein  30.97 
 
 
267 aa  86.7  4e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.737323 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7870  alpha/beta hydrolase fold protein  28.57 
 
 
250 aa  86.7  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645188  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2623  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
269 aa  85.5  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211158  normal  0.139296 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1259  3-oxoadipate enol-lactonase  26.29 
 
 
261 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  27.71 
 
 
275 aa  84  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0874  3-oxoadipate enol-lactonase  28.86 
 
 
260 aa  82.8  0.000000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.839441  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  28.63 
 
 
425 aa  81.6  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  30.43 
 
 
275 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  27.87 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2207  alpha/beta hydrolase  26.52 
 
 
260 aa  79  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.649454  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  27.71 
 
 
266 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2609  3-oxoadipate enol-lactonase  26.69 
 
 
271 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  28.57 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1039  alpha/beta hydrolase fold protein  28.57 
 
 
277 aa  77.4  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  28.41 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2482  alpha/beta hydrolase fold protein  27.95 
 
 
264 aa  75.5  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2446  alpha/beta hydrolase fold protein  25.93 
 
 
309 aa  75.5  0.0000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.969901  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4759  alpha/beta hydrolase fold  29.34 
 
 
331 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00472864  normal  0.0179653 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2054  alpha/beta hydrolase fold protein  26.72 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0111  alpha/beta hydrolase fold protein  25.56 
 
 
263 aa  74.7  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  26.83 
 
 
265 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  28.14 
 
 
373 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  26.19 
 
 
299 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3606  3-oxoadipate enol-lactonase  29.44 
 
 
265 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0197721  hitchhiker  0.000894779 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0560  3-oxoadipate enol-lactonase  26.72 
 
 
262 aa  73.9  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.027284  normal  0.123793 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0993  alpha/beta hydrolase fold  25.4 
 
 
345 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87511  unclonable  0.000000000579867 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02909  3-oxoadipate enol-lactonase  26.46 
 
 
255 aa  73.9  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2861  hypothetical protein  29.39 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3587  alpha/beta hydrolase fold protein  28.35 
 
 
296 aa  72.8  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848755 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0595  putative lactone hydrolase  27.14 
 
 
265 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4047  alpha/beta hydrolase fold  26.34 
 
 
270 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0193  alpha/beta hydrolase fold protein  25.1 
 
 
262 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.821297  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  31.89 
 
 
274 aa  72.8  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.14 
 
 
371 aa  72.4  0.000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  25.61 
 
 
262 aa  72  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  27.71 
 
 
277 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2258  alpha/beta hydrolase fold  28.11 
 
 
277 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40096  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1385  3-oxoadipate enol-lactonase  26.34 
 
 
256 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.279159  normal  0.947236 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0889  lipolytic enzyme  27.41 
 
 
277 aa  72  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.70416 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1078  alpha/beta hydrolase fold  26.32 
 
 
260 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.045467  normal  0.0264161 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0431  alpha/beta hydrolase fold  31.32 
 
 
325 aa  71.6  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0538885  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1367  3-oxoadipate enol-lactonase  26.34 
 
 
256 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3645  alpha/beta fold family hydrolase  26.83 
 
 
292 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0431011  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4348  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
331 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2283  3-oxoadipate enol-lactonase  29.08 
 
 
263 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.256005  normal  0.256435 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  27.65 
 
 
314 aa  71.2  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3438  3-oxoadipate enol-lactonase  26.02 
 
 
277 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1265  alpha/beta hydrolase fold protein  28.05 
 
 
267 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.463266  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1064  alpha/beta fold family hydrolase  28.71 
 
 
378 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33764  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0931  alpha/beta hydrolase fold family lipase  26.14 
 
 
291 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000302651  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  27.31 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4676  3-oxoadipate enol-lactonase  26.15 
 
 
259 aa  70.1  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.256206  normal  0.172762 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3860  prolyl aminopeptidase  26.54 
 
 
286 aa  70.1  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.4706  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3475  3-oxoadipate enol-lactonase  27.44 
 
 
258 aa  69.7  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.651032  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2389  alpha/beta hydrolase fold protein  26.44 
 
 
298 aa  69.7  0.00000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.186959 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2039  alpha/beta hydrolase fold protein  29.06 
 
 
316 aa  69.7  0.00000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2323  alpha/beta hydrolase fold protein  27.95 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.262735  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  30.91 
 
 
393 aa  69.7  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  25.45 
 
 
291 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1042  alpha/beta hydrolase fold  27.47 
 
 
265 aa  69.7  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1199  alpha/beta hydrolase fold  28.29 
 
 
345 aa  69.7  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.43894  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2534  alpha/beta hydrolase fold  38.1 
 
 
330 aa  69.7  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1401  3-oxoadipate enol-lactonase  25.93 
 
 
256 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.926851 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1350  alpha/beta hydrolase fold  25.93 
 
 
270 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3798  alpha/beta hydrolase fold protein  29.69 
 
 
258 aa  69.3  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2181  alpha/beta hydrolase fold  26.74 
 
 
273 aa  69.7  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3834  alpha/beta hydrolase fold  25.93 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441877 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3171  alpha/beta hydrolase fold protein  26.8 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  27.32 
 
 
267 aa  68.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3962  3-oxoadipate enol-lactonase  28.38 
 
 
266 aa  68.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535477  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1663  3-oxoadipate enol-lactonase  28.34 
 
 
263 aa  68.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0244187  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0646  3-oxoadipate enol-lactonase (pcaD)  26.34 
 
 
263 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.063322 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2408  Alpha/beta hydrolase fold  26.77 
 
 
282 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.734786  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5097  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  30.43 
 
 
308 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.175437 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1578  3-oxoadipate enol-lactonase  27.71 
 
 
261 aa  68.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000336054  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  30.13 
 
 
287 aa  68.6  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1100  hydrolase, alpha/beta fold family  26.67 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59036e-57 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>