More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4878 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4878  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  100 
 
 
305 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.636657 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5004  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  98.94 
 
 
283 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5054  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  98.94 
 
 
283 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0460  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  95.05 
 
 
285 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0393  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  92.58 
 
 
284 aa  534  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5144  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.79 
 
 
285 aa  511  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0529  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.43 
 
 
285 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5795  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  85.3 
 
 
285 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66830  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  85.3 
 
 
285 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1392  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  55.47 
 
 
301 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.507189  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2136  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  53.21 
 
 
280 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1130  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  48.29 
 
 
295 aa  245  8e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.37 
 
 
294 aa  233  3e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3966  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.83 
 
 
298 aa  223  2e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4596  alpha/beta hydrolase fold protein  41.37 
 
 
260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1434  alpha/beta hydrolase  39.68 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2786  Alpha/beta hydrolase fold  35.18 
 
 
266 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 
271 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1259  3-oxoadipate enol-lactonase  26.87 
 
 
261 aa  92.4  8e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1944  alpha/beta hydrolase fold  32.26 
 
 
249 aa  90.5  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7870  alpha/beta hydrolase fold protein  29.39 
 
 
250 aa  89.4  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645188  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  30.92 
 
 
284 aa  89  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2523  alpha/beta hydrolase fold protein  30.26 
 
 
267 aa  86.3  6e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.737323 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  32.18 
 
 
285 aa  86.3  6e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2623  alpha/beta hydrolase fold  29.03 
 
 
269 aa  84.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211158  normal  0.139296 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1441  alpha/beta hydrolase fold  28.8 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.481122  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  27.71 
 
 
275 aa  84  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  27.8 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  25.93 
 
 
271 aa  82.4  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  29.92 
 
 
266 aa  82  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0874  3-oxoadipate enol-lactonase  29.27 
 
 
260 aa  81.6  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.839441  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  30.16 
 
 
275 aa  81.6  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  28.47 
 
 
425 aa  80.5  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0111  alpha/beta hydrolase fold protein  25.56 
 
 
263 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2446  alpha/beta hydrolase fold protein  28.35 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.969901  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0595  putative lactone hydrolase  27.27 
 
 
265 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  29.76 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2207  alpha/beta hydrolase  26.48 
 
 
260 aa  77  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.649454  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3587  alpha/beta hydrolase fold protein  29.25 
 
 
296 aa  76.6  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848755 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0993  alpha/beta hydrolase fold  25.79 
 
 
345 aa  75.5  0.0000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87511  unclonable  0.000000000579867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1064  alpha/beta fold family hydrolase  29.47 
 
 
378 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33764  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  26.42 
 
 
265 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2482  alpha/beta hydrolase fold protein  27.83 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4348  alpha/beta hydrolase fold  30.1 
 
 
331 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0864  amino acid adenylation domain protein  26.42 
 
 
2063 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3962  3-oxoadipate enol-lactonase  29.96 
 
 
266 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535477  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3606  3-oxoadipate enol-lactonase  29.67 
 
 
265 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0197721  hitchhiker  0.000894779 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  28.52 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2054  alpha/beta hydrolase fold protein  26.12 
 
 
260 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0889  lipolytic enzyme  27.41 
 
 
277 aa  73.2  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.70416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  27.76 
 
 
373 aa  73.2  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  27.69 
 
 
314 aa  72.4  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4759  alpha/beta hydrolase fold  28.03 
 
 
331 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00472864  normal  0.0179653 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2861  hypothetical protein  29.01 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1078  alpha/beta hydrolase fold  26.94 
 
 
260 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.045467  normal  0.0264161 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5097  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  28.97 
 
 
308 aa  71.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.175437 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.35 
 
 
371 aa  70.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1199  alpha/beta hydrolase fold  29.84 
 
 
345 aa  71.2  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.43894  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1039  alpha/beta hydrolase fold protein  27.78 
 
 
277 aa  71.2  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02909  3-oxoadipate enol-lactonase  25.88 
 
 
255 aa  71.2  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2258  alpha/beta hydrolase fold  28.51 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40096  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2609  3-oxoadipate enol-lactonase  25.79 
 
 
271 aa  70.5  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1557  putative hydrolase  28.91 
 
 
328 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4047  alpha/beta hydrolase fold  25.93 
 
 
270 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1348  3-oxoadipate enol-lactonase  25.88 
 
 
256 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.786206 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1900  putative hydrolase  25.7 
 
 
275 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.118605  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22460  alpha/beta family hydrolase  25.7 
 
 
275 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.241397  hitchhiker  0.0000000538784 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  26.38 
 
 
299 aa  70.1  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1353  alpha/beta hydrolase fold  26.28 
 
 
339 aa  70.1  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.687878  normal  0.202512 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  28.11 
 
 
277 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17910  alpha/beta family hydrolase  28.91 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3645  alpha/beta fold family hydrolase  28.11 
 
 
292 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0431011  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3860  prolyl aminopeptidase  26.15 
 
 
286 aa  69.3  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.4706  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1824  alpha/beta hydrolase fold protein  26.09 
 
 
309 aa  69.3  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0193  alpha/beta hydrolase fold protein  25.51 
 
 
262 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.821297  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  25.56 
 
 
291 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1191  alpha/beta fold family hydrolase  29.07 
 
 
345 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.556136 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2323  alpha/beta hydrolase fold protein  27.56 
 
 
260 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.262735  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0560  3-oxoadipate enol-lactonase  26.34 
 
 
262 aa  68.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.027284  normal  0.123793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2526  alpha/beta hydrolase fold  25.93 
 
 
275 aa  68.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  30.65 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1265  alpha/beta hydrolase fold protein  26.42 
 
 
267 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.463266  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  27.71 
 
 
277 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0111  alpha/beta hydrolase fold  27.67 
 
 
287 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4543  Alpha/beta hydrolase fold  28.16 
 
 
343 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2283  3-oxoadipate enol-lactonase  29.08 
 
 
263 aa  68.2  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.256005  normal  0.256435 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0431  alpha/beta hydrolase fold  30.77 
 
 
325 aa  67.8  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0538885  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  28.5 
 
 
267 aa  67.8  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4676  3-oxoadipate enol-lactonase  25.69 
 
 
259 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.256206  normal  0.172762 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2534  alpha/beta hydrolase fold  38.1 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2039  alpha/beta hydrolase fold protein  29.06 
 
 
316 aa  67.4  0.0000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3834  alpha/beta hydrolase fold  25.51 
 
 
270 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441877 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5177  alpha/beta hydrolase fold  27.97 
 
 
284 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.299682  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3438  3-oxoadipate enol-lactonase  26.64 
 
 
277 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  24.8 
 
 
262 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1826  alpha/beta hydrolase fold  31.15 
 
 
285 aa  67  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363916  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1429  Alpha/beta hydrolase fold  26.42 
 
 
267 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.495278  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1350  alpha/beta hydrolase fold  25.51 
 
 
270 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1578  3-oxoadipate enol-lactonase  27.88 
 
 
261 aa  67  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000336054  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3858  alpha/beta hydrolase fold  30.37 
 
 
304 aa  67  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>