More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5144 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5144  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  100 
 
 
285 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0393  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  88.97 
 
 
284 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5054  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  87.5 
 
 
283 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5004  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.79 
 
 
283 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4878  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.79 
 
 
305 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.636657 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0529  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  85.51 
 
 
285 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0460  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.43 
 
 
285 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5795  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  83.8 
 
 
285 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66830  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  83.8 
 
 
285 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1392  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  58.11 
 
 
301 aa  309  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.507189  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2136  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  52.45 
 
 
280 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1130  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  49.43 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  45.11 
 
 
294 aa  228  1e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3966  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.29 
 
 
298 aa  223  2e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4596  alpha/beta hydrolase fold protein  42.13 
 
 
260 aa  171  9e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1434  alpha/beta hydrolase  37.35 
 
 
261 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2786  Alpha/beta hydrolase fold  35.71 
 
 
266 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  30.22 
 
 
271 aa  112  9e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1944  alpha/beta hydrolase fold  31.4 
 
 
249 aa  92  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  31.23 
 
 
284 aa  89.4  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1259  3-oxoadipate enol-lactonase  27.57 
 
 
261 aa  87  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1441  alpha/beta hydrolase fold  30.17 
 
 
267 aa  86.3  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.481122  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2523  alpha/beta hydrolase fold protein  29.07 
 
 
267 aa  85.5  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.737323 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2623  alpha/beta hydrolase fold  29.37 
 
 
269 aa  84.3  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211158  normal  0.139296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  26.04 
 
 
271 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  29.37 
 
 
425 aa  84  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  29.96 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7870  alpha/beta hydrolase fold protein  28.16 
 
 
250 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645188  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2207  alpha/beta hydrolase  27.05 
 
 
260 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.649454  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  31.56 
 
 
275 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  27.41 
 
 
275 aa  80.1  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0874  3-oxoadipate enol-lactonase  29.46 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.839441  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  29.64 
 
 
266 aa  79  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  30.99 
 
 
285 aa  79  0.00000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2609  3-oxoadipate enol-lactonase  26.52 
 
 
271 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2283  3-oxoadipate enol-lactonase  30.62 
 
 
263 aa  77  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.256005  normal  0.256435 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  27.44 
 
 
266 aa  76.3  0.0000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0560  3-oxoadipate enol-lactonase  27.94 
 
 
262 aa  75.9  0.0000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.027284  normal  0.123793 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  27.24 
 
 
265 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  29.05 
 
 
373 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  26.26 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2258  alpha/beta hydrolase fold  29.2 
 
 
277 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40096  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22460  alpha/beta family hydrolase  26.32 
 
 
275 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.241397  hitchhiker  0.0000000538784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  28.8 
 
 
277 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3475  3-oxoadipate enol-lactonase  29.06 
 
 
258 aa  73.6  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.651032  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1900  putative hydrolase  26.17 
 
 
275 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.118605  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2054  alpha/beta hydrolase fold protein  27.42 
 
 
260 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3606  3-oxoadipate enol-lactonase  30.04 
 
 
265 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0197721  hitchhiker  0.000894779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4047  alpha/beta hydrolase fold  27.16 
 
 
270 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2482  alpha/beta hydrolase fold protein  28.44 
 
 
264 aa  73.2  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3645  alpha/beta fold family hydrolase  28.8 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0431011  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2323  alpha/beta hydrolase fold protein  26.61 
 
 
260 aa  72.8  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.262735  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0595  putative lactone hydrolase  27.14 
 
 
265 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2408  Alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
282 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.734786  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02909  3-oxoadipate enol-lactonase  25.66 
 
 
255 aa  71.6  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2446  alpha/beta hydrolase fold protein  25.72 
 
 
309 aa  71.6  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.969901  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  28.4 
 
 
277 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0993  alpha/beta hydrolase fold  24.71 
 
 
345 aa  71.6  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87511  unclonable  0.000000000579867 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  26.56 
 
 
262 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4759  alpha/beta hydrolase fold  27.97 
 
 
331 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00472864  normal  0.0179653 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1385  3-oxoadipate enol-lactonase  25.6 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.279159  normal  0.947236 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1629  3-oxoadipate enol-lactonase  24.55 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.603035 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1367  3-oxoadipate enol-lactonase  25.6 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  27.31 
 
 
314 aa  70.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  30.18 
 
 
393 aa  70.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2896  Alpha/beta hydrolase fold  28.29 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.144018 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1039  alpha/beta hydrolase fold protein  29.13 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2526  alpha/beta hydrolase fold  27.02 
 
 
275 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1348  3-oxoadipate enol-lactonase  25.28 
 
 
256 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.786206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4348  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
331 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  24.82 
 
 
299 aa  70.1  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  26.88 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  32.8 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3438  3-oxoadipate enol-lactonase  27.17 
 
 
277 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1064  alpha/beta fold family hydrolase  28.5 
 
 
378 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33764  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3546  3-oxoadipate enol-lactonase  30.9 
 
 
251 aa  69.7  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0975813  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1401  3-oxoadipate enol-lactonase  25.2 
 
 
256 aa  69.3  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.926851 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0193  alpha/beta hydrolase fold protein  25.93 
 
 
262 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.821297  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3853  3-oxoadipate enol-lactonase  26.95 
 
 
396 aa  68.9  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126877  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3235  alpha/beta hydrolase fold  28.52 
 
 
316 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.423188  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0111  alpha/beta hydrolase fold protein  24.63 
 
 
263 aa  68.2  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  30.92 
 
 
267 aa  68.6  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5507  alpha/beta hydrolase fold  26.86 
 
 
269 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00124996 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2974  3-oxoadipate enol-lactonase  27.98 
 
 
260 aa  68.6  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108542  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3016  3-oxoadipate enol-lactonase  27.98 
 
 
260 aa  68.6  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.352868  normal  0.357434 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5097  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  30.25 
 
 
308 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.175437 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1350  alpha/beta hydrolase fold  26.34 
 
 
270 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1331  Alpha/beta hydrolase fold  30.56 
 
 
278 aa  67.8  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000258733 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3962  3-oxoadipate enol-lactonase  29.13 
 
 
266 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535477  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2181  alpha/beta hydrolase fold  27.52 
 
 
273 aa  67.4  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1578  3-oxoadipate enol-lactonase  27.39 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000336054  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1033  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
275 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.127131  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2674  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase family protein  27.82 
 
 
282 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0431  alpha/beta hydrolase fold  27.02 
 
 
325 aa  67  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0538885  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1857  3-oxoadipate enol-lactonase  25.82 
 
 
260 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.115671  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3587  alpha/beta hydrolase fold protein  27.78 
 
 
296 aa  67  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848755 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3860  prolyl aminopeptidase  27.31 
 
 
286 aa  67  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.4706  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0152  alpha/beta hydrolase fold  26.75 
 
 
279 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0889  lipolytic enzyme  26.25 
 
 
277 aa  66.6  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.70416 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1078  alpha/beta hydrolase fold  25.91 
 
 
260 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.045467  normal  0.0264161 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>