More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3966 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3966  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  100 
 
 
298 aa  598  1e-170  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0529  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  50.19 
 
 
285 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66830  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  49.81 
 
 
285 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5795  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  49.42 
 
 
285 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4596  alpha/beta hydrolase fold protein  51.56 
 
 
260 aa  229  6e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0460  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  48.22 
 
 
285 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5054  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  48.22 
 
 
283 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5004  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.29 
 
 
283 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5144  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.29 
 
 
285 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0393  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.64 
 
 
284 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1392  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  49.81 
 
 
301 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.507189  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4878  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.83 
 
 
305 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.636657 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2136  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  43.57 
 
 
280 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1130  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  43.51 
 
 
295 aa  192  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  40.08 
 
 
294 aa  169  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1434  alpha/beta hydrolase  34.87 
 
 
261 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1944  alpha/beta hydrolase fold  31.78 
 
 
249 aa  94.4  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2786  Alpha/beta hydrolase fold  34.15 
 
 
266 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1259  3-oxoadipate enol-lactonase  26.03 
 
 
261 aa  82.8  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4731  alpha/beta hydrolase fold  29.57 
 
 
287 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  27.69 
 
 
271 aa  81.3  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5269  alpha/beta hydrolase fold  30.14 
 
 
287 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2477  Alpha/beta hydrolase fold  30.74 
 
 
289 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2054  alpha/beta hydrolase fold protein  28.51 
 
 
260 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13198  peroxidase  28.77 
 
 
286 aa  79.7  0.00000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.285642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1078  alpha/beta hydrolase fold  28.98 
 
 
260 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.045467  normal  0.0264161 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  27.82 
 
 
266 aa  79  0.00000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5177  alpha/beta hydrolase fold  29.09 
 
 
284 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.299682  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3161  alpha/beta hydrolase fold  29.41 
 
 
271 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5207  alpha/beta hydrolase fold  29.41 
 
 
271 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5070  alpha/beta hydrolase fold  29.41 
 
 
271 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0952  alpha/beta hydrolase fold  28.67 
 
 
350 aa  76.6  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.167574  normal  0.194203 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7870  alpha/beta hydrolase fold protein  29.5 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645188  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1735  alpha/beta hydrolase fold  28.92 
 
 
260 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3475  3-oxoadipate enol-lactonase  27.51 
 
 
258 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.651032  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4165  3-oxoadipate enol-lactonase  30.61 
 
 
256 aa  74.3  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  33.88 
 
 
393 aa  74.7  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  30.95 
 
 
285 aa  73.6  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  26.25 
 
 
425 aa  72.4  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0874  3-oxoadipate enol-lactonase  28.31 
 
 
260 aa  71.6  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.839441  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4538  alpha/beta hydrolase fold protein  29.57 
 
 
284 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  hitchhiker  0.00753494 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1348  3-oxoadipate enol-lactonase  28.63 
 
 
256 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.786206 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  27.27 
 
 
287 aa  70.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0431  alpha/beta hydrolase fold  30.11 
 
 
325 aa  70.9  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0538885  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2609  3-oxoadipate enol-lactonase  24 
 
 
271 aa  70.5  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06270  putative hydrolase  29.43 
 
 
265 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.674294  normal  0.191203 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4681  alpha/beta hydrolase fold protein  26.22 
 
 
333 aa  70.1  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1581  alpha/beta hydrolase fold  29.17 
 
 
259 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.226985 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3858  alpha/beta hydrolase fold  29.64 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.74 
 
 
367 aa  70.1  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2207  alpha/beta hydrolase  26.02 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.649454  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6652  alpha/beta hydrolase fold  29.73 
 
 
278 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4123  alpha/beta hydrolase fold  29.29 
 
 
298 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4692  hydrolase  28.02 
 
 
313 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  26.14 
 
 
260 aa  68.9  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1000  alpha/beta hydrolase fold  25.09 
 
 
285 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000731693  hitchhiker  0.000000950161 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02909  3-oxoadipate enol-lactonase  26.79 
 
 
255 aa  68.6  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6084  alpha/beta hydrolase fold protein  27.69 
 
 
278 aa  68.9  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  27.53 
 
 
275 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4759  alpha/beta hydrolase fold  26.22 
 
 
331 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00472864  normal  0.0179653 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2283  3-oxoadipate enol-lactonase  30.14 
 
 
263 aa  67.8  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.256005  normal  0.256435 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2792  alpha/beta hydrolase fold protein  28.68 
 
 
260 aa  67.8  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.377437 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  29.2 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53540  hydrolase  28.02 
 
 
313 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.187191  decreased coverage  0.0000594216 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0152  alpha/beta hydrolase fold  26.59 
 
 
279 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  28.69 
 
 
271 aa  67  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0111  alpha/beta hydrolase fold  29.21 
 
 
287 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  25.55 
 
 
262 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  26.1 
 
 
314 aa  67.4  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0298  B-ketoadipate enol-lactone hydrolase protein  27.61 
 
 
279 aa  67  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3655  alpha/beta hydrolase fold  29.02 
 
 
312 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1824  alpha/beta hydrolase fold protein  25.87 
 
 
309 aa  67  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0550  alpha/beta family hydrolase  28.57 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.628358 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0267  alpha/beta family hydrolase  28.85 
 
 
277 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0471  alpha/beta hydrolase fold protein  31.5 
 
 
316 aa  66.6  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.349645  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  24.15 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  26.69 
 
 
266 aa  66.2  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3776  alpha/beta hydrolase fold  28.33 
 
 
361 aa  66.2  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.904669  decreased coverage  0.00241214 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0889  lipolytic enzyme  26.73 
 
 
277 aa  65.9  0.0000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.70416 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4676  3-oxoadipate enol-lactonase  26.09 
 
 
259 aa  65.9  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.256206  normal  0.172762 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0351  alpha/beta hydrolase fold  31.03 
 
 
283 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.825015  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37050  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  28.63 
 
 
285 aa  65.5  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.557179 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1441  alpha/beta hydrolase fold  27.55 
 
 
267 aa  65.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.481122  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0993  alpha/beta hydrolase fold  26.77 
 
 
345 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87511  unclonable  0.000000000579867 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  30.22 
 
 
391 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2233  3-oxoadipate enol-lactonase  27.42 
 
 
300 aa  65.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3606  3-oxoadipate enol-lactonase  29.12 
 
 
265 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0197721  hitchhiker  0.000894779 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3943  3-oxoadipate enol-lactonase  26.82 
 
 
265 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0394549  normal  0.0878902 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  26.22 
 
 
291 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0159  alpha/beta hydrolase fold protein  25.93 
 
 
279 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1258  putative hydrolase  26.59 
 
 
312 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  26.22 
 
 
291 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  26.22 
 
 
291 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1033  alpha/beta hydrolase fold  28.11 
 
 
275 aa  64.7  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.127131  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  25.18 
 
 
284 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1385  3-oxoadipate enol-lactonase  29.85 
 
 
256 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.279159  normal  0.947236 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1401  3-oxoadipate enol-lactonase  29.85 
 
 
256 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.926851 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2918  alpha/beta hydrolase fold  26.59 
 
 
312 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1664  polyketide synthase, putative  30.91 
 
 
2082 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.685154  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0084  3-oxoadipate enol-lactonase  25.37 
 
 
282 aa  64.3  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>