More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_0770 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0770  trehalose repressor  100 
 
 		 313 aa  647    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0534  trehalose repressor  49.84 
 
 		 315 aa  314  9.999999999999999e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1162  trehalose repressor  49.68 
 
 		 317 aa  311  9e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.949155 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0496  trehalose repressor  49.68 
 
 		 317 aa  311  9e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0432  trehalose repressor  49.68 
 
 		 317 aa  311  9e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3753  transcriptional regulator, LacI family  47.12 
 
 		 315 aa  291  1e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4495  trehalose repressor  47.12 
 
 		 315 aa  290  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4813  trehalose repressor  47.12 
 
 		 315 aa  290  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0440  trehalose repressor  46.6 
 
 		 315 aa  290  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04109  trehalose repressor  47.12 
 
 		 315 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5763  trehalose repressor  47.57 
 
 		 315 aa  289  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.693149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04073  hypothetical protein  47.12 
 
 		 315 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3770  trehalose repressor  47.12 
 
 		 315 aa  289  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4722  trehalose repressor  47.12 
 
 		 315 aa  289  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.557711 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4842  trehalose repressor  47.12 
 
 		 321 aa  288  6e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4803  trehalose repressor  46.79 
 
 		 315 aa  287  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.94717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4858  trehalose repressor  46.79 
 
 		 315 aa  287  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0591749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4837  trehalose repressor  46.79 
 
 		 315 aa  287  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4708  trehalose repressor  46.79 
 
 		 315 aa  285  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00969593  normal  0.725487 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4739  trehalose repressor  46.47 
 
 		 315 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004236  trehalose operon transcriptional repressor  45.33 
 
 		 315 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0431  trehalose repressor  46.8 
 
 		 316 aa  268  8e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.628925  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01204  trehalose repressor  45.03 
 
 		 315 aa  263  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0576  trehalose repressor  41.61 
 
 		 314 aa  248  9e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3233  trehalose repressor  43.2 
 
 		 318 aa  246  4e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0123799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2419  transcriptional regulator, LacI family  40.14 
 
 		 320 aa  225  6e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000961988  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1512  sucrose operon repressor  29.03 
 
 		 325 aa  123  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00522877  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  29.13 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0669  LacI family sucrose operon repressor  26.2 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0811  sucrose operon repressor  25.81 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1784  sucrose operon repressor  27.91 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000176161  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0918  sucrose operon repressor  25.56 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000600  sucrose operon repressor ScrR LacI family  26.54 
 
 		 328 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0144892  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0719  sucrose operon repressor  25.24 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0755  sucrose operon repressor  25.24 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3434  LacI family transcription regulator  26.4 
 
 		 356 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873255  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0252  transcriptional regulator, LacI family  28.1 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  28.21 
 
 		 338 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  25.54 
 
 		 331 aa  102  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1286  putative DNA-binding sucrose operon transcriptional repressor transcription regulator protein  27.08 
 
 		 344 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.597152 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0973  sucrose operon repressor ScrR  26.56 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0805141  normal  0.0172399 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  27.16 
 
 		 332 aa  100  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0081  transcriptional regulator, LacI family  25.62 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.56 
 
 		 333 aa  100  4e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  24.92 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0598  putative sucrose operon repressor ScrR  24.77 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00468324  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  27.08 
 
 		 332 aa  100  5e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  23.85 
 
 		 361 aa  99.8  5e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0210  LacI family transcription regulator  25 
 
 		 353 aa  99  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000188149  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  29.07 
 
 		 340 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  24.36 
 
 		 341 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  27.61 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  24.38 
 
 		 338 aa  97.4  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  28.62 
 
 		 340 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  27.1 
 
 		 330 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  26.15 
 
 		 337 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  27.07 
 
 		 336 aa  96.3  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  25.53 
 
 		 386 aa  96.3  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 340 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  28.63 
 
 		 340 aa  96.3  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  27.1 
 
 		 330 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  27.1 
 
 		 330 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  27.1 
 
 		 330 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.3 
 
 		 340 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  27.18 
 
 		 330 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  27.18 
 
 		 330 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  28.44 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 333 aa  95.5  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1296  catabolite control protein A  25.38 
 
 		 329 aa  94.7  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.48685  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  26.77 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  27.13 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  27.38 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  24.92 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2079  sucrose operon repressor  26.35 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.321013  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2115  sucrose operon repressor  26.35 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  27.47 
 
 		 333 aa  94  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  25.9 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  26.38 
 
 		 332 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  26.38 
 
 		 332 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  26.38 
 
 		 332 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.24 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  26.38 
 
 		 332 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  25.54 
 
 		 337 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  26.38 
 
 		 332 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.76 
 
 		 339 aa  92.8  6e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  27.24 
 
 		 332 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  25.94 
 
 		 346 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04322  transcriptional regulator LacI family  27.27 
 
 		 355 aa  91.7  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  25.96 
 
 		 346 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  25.16 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  26.13 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  25.39 
 
 		 327 aa  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3423  transcriptional regulator, LacI family  26.42 
 
 		 366 aa  91.3  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0558625 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  26.18 
 
 		 343 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  26.18 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  26.18 
 
 		 343 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  26.18 
 
 		 343 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1497  sucrose operon repressor  25.42 
 
 		 317 aa  90.1  4e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.355679  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  25.57 
 
 		 333 aa  89.7  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>