More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3514 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_4364  Allantoinase  69.57 
 
 		 459 aa  639    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00228036 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2641  amidohydrolase  69.93 
 
 		 452 aa  652    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3514  allantoinase  100 
 
 		 460 aa  926    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4635  Allantoinase  70.47 
 
 		 459 aa  646    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.453471  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2544  amidohydrolase  60.58 
 
 		 459 aa  537  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7538  allantoinase protein  56.39 
 
 		 458 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3013  amidohydrolase  44.99 
 
 		 461 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.680754 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2181  putative allantoinase  44.77 
 
 		 461 aa  349  5e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2040  putative D-hydantoinase  44.77 
 
 		 461 aa  349  5e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.417545  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1997  dihydropyrimidinase  33.19 
 
 		 454 aa  205  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2845  dihydroorotase, multifunctional complex type  35.27 
 
 		 454 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5703  amidohydrolase  37.69 
 
 		 454 aa  175  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0693398  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1388  allantoinase  32.64 
 
 		 448 aa  169  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00418936  normal  0.12526 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1785  allantoinase  30.43 
 
 		 461 aa  159  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.827785  normal  0.128382 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3987  amidohydrolase  29.5 
 
 		 460 aa  158  2e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2784  allantoinase  34.28 
 
 		 468 aa  157  4e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.766165  hitchhiker  0.000087789 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0775  allantoinase  27.02 
 
 		 458 aa  156  8e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.257845 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1178  allantoinase  27.21 
 
 		 452 aa  156  8e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2609  allantoinase  31.87 
 
 		 449 aa  156  9e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2550  allantoinase  34.26 
 
 		 435 aa  154  4e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0293487  normal  0.265015 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4856  allantoinase  31.19 
 
 		 446 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.229544 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08130  allantoinase  32.72 
 
 		 503 aa  150  4e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6769  allantoinase  27.42 
 
 		 448 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6048  amidohydrolase  31.21 
 
 		 448 aa  147  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4128  dihydroorotase  29.76 
 
 		 462 aa  146  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1430  dihydropyrimidinase  26.19 
 
 		 456 aa  146  7.0000000000000006e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2026  allantoinase  30.25 
 
 		 449 aa  145  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0235  allantoinase  33.95 
 
 		 442 aa  144  4e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3006  phenylhydantoinase  28.91 
 
 		 465 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4163  phenylhydantoinase  28.91 
 
 		 465 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0835  phenylhydantoinase  28.91 
 
 		 461 aa  141  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02706  dihydropyrimidinase  28.91 
 
 		 461 aa  141  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02668  hypothetical protein  28.91 
 
 		 461 aa  141  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3198  phenylhydantoinase  28.91 
 
 		 461 aa  141  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3033  phenylhydantoinase  28.95 
 
 		 461 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0819  dihydropyrimidinase  28.91 
 
 		 461 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0757  dihydroorotase  27.02 
 
 		 455 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.405973  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1730  dihydropyrimidinase  25.06 
 
 		 451 aa  140  3.9999999999999997e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1684  dihydropyrimidinase  26.14 
 
 		 464 aa  140  6e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3440  allantoinase  32.34 
 
 		 447 aa  139  7.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1783  dihydroorotase  27.29 
 
 		 468 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4277  phenylhydantoinase  28.72 
 
 		 475 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0630  allantoinase  27.19 
 
 		 453 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0569  allantoinase  27.19 
 
 		 453 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0576  allantoinase  27.19 
 
 		 453 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.967927  normal  0.993989 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3693  allantoinase  32.11 
 
 		 447 aa  138  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0571  allantoinase  27.19 
 
 		 453 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.918572 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0714  allantoinase  32.51 
 
 		 449 aa  138  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.866042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4726  allantoinase  32.31 
 
 		 443 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.16823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1798  dihydroorotase, multifunctional complex type  25.72 
 
 		 444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1239  dihydroorotase  30.56 
 
 		 444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.851425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2841  allantoinase  33.33 
 
 		 450 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4820  dihydroorotase  30.49 
 
 		 446 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.475472 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5168  dihydroorotase, multifunctional complex type  29.22 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.642723  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2108  dihydropyrimidinase  26.43 
 
 		 489 aa  137  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2778  allantoinase  34.34 
 
 		 457 aa  137  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0551  phenylhydantoinase  29.94 
 
 		 478 aa  136  8e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.6357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1257  dihydroorotase  29.68 
 
 		 444 aa  136  9e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.106304  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1099  dihydroorotase  29.46 
 
 		 442 aa  136  9e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3111  allantoinase  26.75 
 
 		 453 aa  136  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0713  dihydroorotase  29.74 
 
 		 440 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.777934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4330  dihydroorotase  29.89 
 
 		 444 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.436145 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1113  dihydroorotase  29 
 
 		 432 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0548  allantoinase  26.97 
 
 		 453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3169  allantoinase  29.68 
 
 		 455 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.45812  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2590  allantoinase  32.64 
 
 		 476 aa  134  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.247318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0554  allantoinase  26.97 
 
 		 453 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3101  allantoinase  26.75 
 
 		 453 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0278  phenylhydantoinase  27.41 
 
 		 489 aa  134  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0292  phenylhydantoinase  27.71 
 
 		 489 aa  134  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0585  allantoinase  26.54 
 
 		 453 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00462  allantoinase  26.75 
 
 		 453 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2999  dihydroorotase, multifunctional complex type  29.1 
 
 		 494 aa  133  5e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.680809  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4672  dihydroorotase  29.61 
 
 		 445 aa  134  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.214309  normal  0.620217 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00467  hypothetical protein  26.75 
 
 		 453 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1753  dihydroorotase  29.57 
 
 		 446 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4867  putative allantoinase  27.87 
 
 		 473 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0668  dihydroorotase  28.41 
 
 		 444 aa  132  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0661  dihydroorotase  28.41 
 
 		 444 aa  131  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388126  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3951  amidohydrolase  28.26 
 
 		 445 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.825589  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0357  dihydropyrimidinase  26.7 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.990091  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5682  amidohydrolase  29.5 
 
 		 444 aa  130  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.74183  normal  0.205255 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0358  dihydropyrimidinase  26.84 
 
 		 483 aa  130  6e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2099  phenylhydantoinase  29.48 
 
 		 463 aa  130  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0317322  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0692  dihydroorotase  29.18 
 
 		 446 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107823  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0320  dihydroorotase  31.35 
 
 		 458 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.971418  normal  0.883655 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3269  amidohydrolase  26.84 
 
 		 470 aa  129  8.000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1177  allantoinase  26.19 
 
 		 449 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0244  dihydropyrimidinase  29.61 
 
 		 451 aa  129  1.0000000000000001e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.20857  normal  0.276303 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0331  dihydropyrimidinase  24.67 
 
 		 479 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2746  phenylhydantoinase  26.68 
 
 		 475 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1118  dihydroorotase  30.24 
 
 		 444 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.206041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4303  dihydroorotase  29.61 
 
 		 445 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.661372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1496  phenylhydantoinase  26.24 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7944  amidohydrolase  30.85 
 
 		 479 aa  127  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3038  dihydroorotase  30.57 
 
 		 456 aa  127  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0322135  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5328  dihydroorotase  30.57 
 
 		 456 aa  127  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3462  dihydropyrimidinase  27.78 
 
 		 485 aa  126  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2621  dihydroorotase  27.31 
 
 		 444 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0219  dihydropyrimidinase  29.19 
 
 		 467 aa  125  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>