More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3087 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3087  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 360 aa  730    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.332328 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2561  extracellular solute-binding protein  49.71 
 
 		 367 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0989  ionotropic glutamate receptor  28.3 
 
 		 385 aa  151  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00799659  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2998  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 354 aa  137  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.593817  normal  0.519466 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0534  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 378 aa  134  3e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000119937  normal  0.231064 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4522  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 375 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.45812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17521  GIC family ligand gated channel  27.5 
 
 		 333 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.689704 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5634  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 376 aa  129  6e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2108  Ion transport 2 domain protein  25.68 
 
 		 380 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.64507  normal  0.2077 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3185  extracellular solute-binding protein family 3  28.36 
 
 		 386 aa  126  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0319469  normal  0.327167 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0243  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 352 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.461233  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4230  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 396 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.062377 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06570  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  27.12 
 
 		 363 aa  104  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1231  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 366 aa  96.3  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.196544  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4470  extracellular solute-binding protein  20.18 
 
 		 360 aa  96.3  8e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.643517  normal  0.165286 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3401  extracellular solute-binding protein family 3  23.71 
 
 		 345 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288087 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1963  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 382 aa  82.4  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.503489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0766  ionotropic glutamate receptor  22.42 
 
 		 357 aa  80.9  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  35.77 
 
 		 247 aa  72.4  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  37.14 
 
 		 254 aa  68.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  38.82 
 
 		 501 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.37 
 
 		 253 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.79 
 
 		 247 aa  65.5  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.79 
 
 		 247 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.79 
 
 		 247 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.82 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.66 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.66 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.66 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.66 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.66 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.66 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.66 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  29.1 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2141  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343212 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.64 
 
 		 250 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.71 
 
 		 513 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 		 248 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4024  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 		 270 aa  62.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.54 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.64 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  31.15 
 
 		 247 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  34.94 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.64 
 
 		 250 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.64 
 
 		 250 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.67 
 
 		 252 aa  62  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 250 aa  60.5  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  32.94 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.71 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0125  extracellular solute-binding protein family 3  39.13 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  31.75 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1324  amino acid ABC transporter (binding protein)  26.17 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216539  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1178  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.241034  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.77 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  32.53 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.2 
 
 		 248 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.4 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  30.4 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.47 
 
 		 248 aa  57  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.2 
 
 		 248 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.2 
 
 		 248 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.2 
 
 		 248 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.2 
 
 		 248 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2979  extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 		 265 aa  57  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1630  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 247 aa  57  0.0000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  33.7 
 
 		 260 aa  57  0.0000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  33.7 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5989  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0564  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.323644  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0283  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.37574  hitchhiker  0.000912938 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0948  extracellular solute-binding protein family 3  36.05 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.476623  normal  0.138146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.6 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  30.08 
 
 		 244 aa  55.8  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.91 
 
 		 247 aa  55.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 252 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2760  extracellular solute-binding protein  38.75 
 
 		 277 aa  55.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.5 
 
 		 262 aa  55.5  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  28.03 
 
 		 272 aa  54.7  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 283 aa  54.3  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0520  amino acid  25.37 
 
 		 270 aa  54.7  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0438  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  26.47 
 
 		 480 aa  53.9  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.126368  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 		 261 aa  53.5  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  30.15 
 
 		 257 aa  53.5  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  28.23 
 
 		 736 aa  53.1  0.000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  30.89 
 
 		 266 aa  52.8  0.000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.4 
 
 		 257 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1806  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 		 253 aa  52.4  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0263139  unclonable  0.0000000066734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>