More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3059 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3059  amidase  100 
 
 
473 aa  950    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.477089  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5709  indole acetimide hydrolase  46.45 
 
 
484 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3474  indole acetimide hydrolase  46.12 
 
 
484 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.027239 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1011  indole acetimide hydrolase  45.69 
 
 
484 aa  342  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0836853 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1337  indole acetimide hydrolase  40.13 
 
 
510 aa  300  4e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000844127 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8287  indole acetimide hydrolase  36.11 
 
 
462 aa  279  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0229  amidase  40.79 
 
 
455 aa  271  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7043  indole acetimide hydrolase  40.08 
 
 
500 aa  269  8e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.445138 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2204  indole acetimide hydrolase  40.87 
 
 
467 aa  259  7e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.99043  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6420  Amidase  37.18 
 
 
466 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1234  indole acetimide hydrolase  39.68 
 
 
467 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00177954  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0369  indole acetimide hydrolase  39.68 
 
 
467 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0153606  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1746  indole acetimide hydrolase  39.68 
 
 
467 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.203091  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0409  indole acetimide hydrolase  37.89 
 
 
454 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203824  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1559  indole acetimide hydrolase  39.68 
 
 
467 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.664098  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2995  indole acetimide hydrolase  39.18 
 
 
467 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0342626  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2878  indole acetimide hydrolase  39.45 
 
 
467 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.28076  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3235  amidase  36.94 
 
 
488 aa  230  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0114439  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3977  amidase  39.35 
 
 
425 aa  212  9e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17500  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  39.9 
 
 
441 aa  209  7e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3739  Amidase  33.69 
 
 
446 aa  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.33 
 
 
480 aa  194  4e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7768  amidase  33.69 
 
 
446 aa  190  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1537  amidase  34.27 
 
 
446 aa  189  8e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.108403 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.45 
 
 
491 aa  184  3e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  32.36 
 
 
470 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.28 
 
 
486 aa  183  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06981  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.3 
 
 
487 aa  177  4e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.629931  normal  0.214805 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  32.21 
 
 
470 aa  176  7e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.12 
 
 
485 aa  176  9.999999999999999e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.4 
 
 
461 aa  176  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0436  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.64 
 
 
477 aa  176  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.194973 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1335  Amidase  35.44 
 
 
454 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.844408  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.56 
 
 
475 aa  173  5e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1157  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.32 
 
 
491 aa  170  4e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0758245  normal  0.786366 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09331  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.7 
 
 
486 aa  169  9e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.963624  normal  0.0575081 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0264  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.49 
 
 
486 aa  169  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.41 
 
 
475 aa  168  2e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.69 
 
 
463 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.75 
 
 
495 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3985  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.27 
 
 
489 aa  166  5.9999999999999996e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.825512  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0576  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.24 
 
 
485 aa  166  5.9999999999999996e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.558849  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4434  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  32.26 
 
 
486 aa  166  9e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.689377  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  35.38 
 
 
463 aa  166  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0402  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.5 
 
 
477 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0325637  hitchhiker  0.0000425632 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1749  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.06 
 
 
485 aa  164  3e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.307691 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0352  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.08 
 
 
498 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0292  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.96 
 
 
499 aa  164  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0085  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.11 
 
 
496 aa  162  9e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.43524 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.15 
 
 
494 aa  162  9e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15821  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.04 
 
 
486 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10291  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.63 
 
 
484 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.484565  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4752  amidase  33.68 
 
 
457 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0731  amidase  34.95 
 
 
382 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.425958  normal  0.0567025 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.41 
 
 
485 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0322  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.54 
 
 
497 aa  161  3e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1213  amidase  33.48 
 
 
471 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4802  Amidase  34 
 
 
468 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.271791  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0068  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.47 
 
 
474 aa  158  2e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000049622 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.9 
 
 
486 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0465  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.83 
 
 
474 aa  156  8e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.67 
 
 
486 aa  155  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0827  Amidase  31.85 
 
 
470 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0223449  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5120  amidase family protein  28.86 
 
 
519 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.22 
 
 
482 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2168  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.81 
 
 
485 aa  155  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1033  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.89 
 
 
492 aa  154  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.49 
 
 
486 aa  155  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.59 
 
 
484 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7797  amidase  32.8 
 
 
447 aa  154  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986021  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1500  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  30.99 
 
 
476 aa  154  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0473179 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0434  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29 
 
 
475 aa  153  7e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2489  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.91 
 
 
490 aa  153  8e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.111465  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3747  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.31 
 
 
486 aa  152  8.999999999999999e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.814256  normal  0.927124 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0399  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.4 
 
 
476 aa  152  8.999999999999999e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6340  amidase  39.46 
 
 
440 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0761  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.34 
 
 
486 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09141  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.04 
 
 
482 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0049  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.68 
 
 
499 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1458  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.14 
 
 
488 aa  151  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09121  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.04 
 
 
482 aa  150  5e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.159101  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1096  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.29 
 
 
489 aa  149  9e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1541  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  29.58 
 
 
486 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.859243  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0464  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  28.97 
 
 
491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2615  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.8 
 
 
482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0258  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.46 
 
 
485 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  36.21 
 
 
463 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0853  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.99 
 
 
480 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0220  amidase  30.59 
 
 
471 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.855119  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.59 
 
 
482 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.78 
 
 
484 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  31.91 
 
 
459 aa  147  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29 
 
 
479 aa  147  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.846109  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0287  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.9 
 
 
486 aa  147  5e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000251975  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.42 
 
 
491 aa  147  6e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1700  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.81 
 
 
483 aa  147  6e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6767  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.67 
 
 
501 aa  146  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1444  amidase  29.96 
 
 
456 aa  146  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223813  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3252  allophanate hydrolase  27.82 
 
 
607 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.274052 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1302  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.14 
 
 
491 aa  146  8.000000000000001e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.584243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>