More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1024 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1024  ABC transporter related  100 
 
 
362 aa  737    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2120  spermidine/putrescine import ATP-binding protein  63.06 
 
 
376 aa  458  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3271  ABC transporter related  59.15 
 
 
362 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.800565  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0326  ABC transporter related  51.39 
 
 
372 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0820  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (putrescine)  41.55 
 
 
382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768559  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.27 
 
 
384 aa  277  2e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.64 
 
 
380 aa  275  8e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000938132  hitchhiker  0.00113993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.16 
 
 
382 aa  275  8e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.93 
 
 
376 aa  275  9e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.685744  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.93 
 
 
358 aa  274  2.0000000000000002e-72  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.62 
 
 
423 aa  273  3e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2941  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.32 
 
 
388 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1017  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42 
 
 
388 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.46 
 
 
373 aa  272  8.000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.99 
 
 
380 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661243  hitchhiker  0.000000930284 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3948  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.06 
 
 
377 aa  271  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0770122  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2659  ABC transporter related  42 
 
 
363 aa  270  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3424  ABC transporter related  44.01 
 
 
328 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2805  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.23 
 
 
381 aa  268  8.999999999999999e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.593662 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3927  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.46 
 
 
381 aa  268  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.34 
 
 
372 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
377 aa  267  2e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0164  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.65 
 
 
379 aa  267  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.47 
 
 
383 aa  267  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.79 
 
 
355 aa  267  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1611  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  41.16 
 
 
381 aa  267  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2416  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.59 
 
 
338 aa  267  2.9999999999999995e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5881  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (spermidine/putrescine)  42 
 
 
369 aa  267  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.73775  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0916  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.06 
 
 
387 aa  266  5e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1201  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.9 
 
 
327 aa  265  7e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.34 
 
 
388 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.34 
 
 
388 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.34 
 
 
388 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1047  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  50.61 
 
 
345 aa  265  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330018  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.99 
 
 
380 aa  265  8e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1398  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  52.32 
 
 
327 aa  265  1e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.240911  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1199  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  52.32 
 
 
331 aa  265  1e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00119118  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1177  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  52.32 
 
 
331 aa  265  1e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1179  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  52.32 
 
 
331 aa  265  1e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00519424  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1375  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  52.32 
 
 
327 aa  265  1e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000557634 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  40.66 
 
 
381 aa  264  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1297  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  52.32 
 
 
331 aa  265  1e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.72 
 
 
380 aa  265  1e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1439  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  52.32 
 
 
327 aa  265  1e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000273581  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.81 
 
 
373 aa  264  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.5 
 
 
372 aa  263  3e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3724  ABC transporter related  41.94 
 
 
328 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  41.36 
 
 
355 aa  263  3e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.06 
 
 
382 aa  263  3e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41 
 
 
381 aa  263  4e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1484  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  50.8 
 
 
343 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.0950127 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.36 
 
 
355 aa  262  6e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1337  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  51.9 
 
 
327 aa  262  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.819184  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4007  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  51.9 
 
 
327 aa  262  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.124331  hitchhiker  0.00000000114894 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.15 
 
 
447 aa  262  8e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0353  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  39.42 
 
 
366 aa  262  8e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00527297  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0750  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.8 
 
 
352 aa  262  8e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000146357  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4307  ABC transporter related  37.89 
 
 
360 aa  261  8.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0457918  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.4 
 
 
343 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4696  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.79 
 
 
364 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2188  ABC transporter related  41.08 
 
 
331 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.321359  normal  0.0854414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  42.78 
 
 
363 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2920  ABC transporter related  40.86 
 
 
363 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.905219  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.23 
 
 
367 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  41.83 
 
 
369 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1007  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.84 
 
 
327 aa  260  3e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3375  ABC transporter ATP-binding protein  51.5 
 
 
331 aa  260  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.734729 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2789  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.97 
 
 
337 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.669148  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2401  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.94 
 
 
355 aa  259  4e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.17 
 
 
395 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3636  ABC transporter related  38.8 
 
 
369 aa  259  6e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.529666 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0224  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.4 
 
 
359 aa  259  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3533  ABC transporter related  45.45 
 
 
372 aa  259  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4738  ABC transporter related  41.9 
 
 
329 aa  259  7e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1114  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.23 
 
 
376 aa  259  7e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.188638  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3268  ABC transporter related  40.44 
 
 
367 aa  259  7e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0784  ABC transporter related  43.33 
 
 
362 aa  258  8e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294286  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1263  putrescine transport ATP-binding protein PotG  40.74 
 
 
381 aa  258  9e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  41.36 
 
 
355 aa  258  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2167  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.64 
 
 
359 aa  258  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0889  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.4 
 
 
348 aa  258  1e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000209161  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  41.26 
 
 
369 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  42.07 
 
 
365 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.31 
 
 
374 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1366  putative putrescine transport ATP-binding protein  38.18 
 
 
373 aa  257  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1090  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.6 
 
 
369 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.460702  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3217  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.61 
 
 
352 aa  257  2e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0511175  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3307  ABC transporter related  49.4 
 
 
350 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0756989 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3850  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.21 
 
 
356 aa  257  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.72 
 
 
378 aa  256  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3041  ABC transporter related  43.18 
 
 
372 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383047  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2894  putative ABC transporter ATP-binding protein  40.63 
 
 
440 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.103777 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5049  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  38.75 
 
 
386 aa  256  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.207852  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8492  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.53 
 
 
379 aa  256  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19245  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4770  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.63 
 
 
395 aa  256  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0149  ABC transporter-like protein  50.2 
 
 
343 aa  256  6e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.661807  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.54 
 
 
363 aa  256  6e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4198  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  42.99 
 
 
356 aa  255  7e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.722311 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  37.11 
 
 
367 aa  255  7e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0998  ABC transporter related  42.42 
 
 
371 aa  255  7e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.819834  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>