More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2120 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2120  spermidine/putrescine import ATP-binding protein  100 
 
 
376 aa  774    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1024  ABC transporter related  63.06 
 
 
362 aa  432  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3271  ABC transporter related  58.33 
 
 
362 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.800565  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0326  ABC transporter related  50.84 
 
 
372 aa  358  6e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0101  ABC transporter related protein  41.32 
 
 
366 aa  281  1e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.98 
 
 
380 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000938132  hitchhiker  0.00113993 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.45 
 
 
373 aa  280  3e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.33 
 
 
358 aa  279  6e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.96 
 
 
423 aa  278  8e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3948  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.48 
 
 
377 aa  278  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0770122  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1017  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.94 
 
 
388 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.56 
 
 
376 aa  276  3e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.685744  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.19 
 
 
384 aa  275  7e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.62 
 
 
380 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661243  hitchhiker  0.000000930284 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.94 
 
 
345 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.65462  normal  0.048511 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7452  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.33 
 
 
374 aa  271  9e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.252559 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2805  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.82 
 
 
381 aa  270  2.9999999999999997e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.593662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1114  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  39.68 
 
 
376 aa  269  8e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.188638  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.88 
 
 
388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.88 
 
 
388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.88 
 
 
388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  39.94 
 
 
355 aa  266  5e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.92 
 
 
380 aa  265  7e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1788  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.71 
 
 
370 aa  265  7e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0916  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.61 
 
 
387 aa  265  7e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2941  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.02 
 
 
388 aa  265  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.73 
 
 
372 aa  265  1e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17640  polyamine transport protein PotA  43.37 
 
 
363 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5049  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  41.26 
 
 
386 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.207852  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.55 
 
 
377 aa  263  3e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1510  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.53 
 
 
390 aa  263  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.177429 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3862  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.16 
 
 
360 aa  262  6.999999999999999e-69  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.000929662  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0820  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (putrescine)  38.67 
 
 
382 aa  262  6.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768559  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.8 
 
 
355 aa  261  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6329  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.71 
 
 
386 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1766  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.71 
 
 
386 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1750  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.71 
 
 
386 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0082  ABC transporter related protein  42.3 
 
 
367 aa  260  3e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.193863  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  38.76 
 
 
355 aa  260  3e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.83 
 
 
355 aa  260  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2023  ABC transporter related  42.57 
 
 
366 aa  260  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2277  putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.58 
 
 
386 aa  259  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273233  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4770  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.27 
 
 
395 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1735  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.94 
 
 
368 aa  259  5.0000000000000005e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000353928 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.39 
 
 
365 aa  259  6e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.22 
 
 
370 aa  259  6e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0433  ferric transporter ATP-binding subunit  49.17 
 
 
348 aa  259  6e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2188  ABC transporter related  42.41 
 
 
331 aa  259  7e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.321359  normal  0.0854414 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.94 
 
 
360 aa  259  7e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  40.61 
 
 
365 aa  258  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1951  ABC polyamine transporter, ATPase subunit  40.48 
 
 
388 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.118481  normal  0.624286 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4307  ABC transporter related  37.63 
 
 
360 aa  258  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0457918  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0390  ABC transporter related  42.99 
 
 
352 aa  257  2e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.911608  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1768  ABC transporter related  41.21 
 
 
361 aa  258  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4466  ABC transporter-like  44.52 
 
 
351 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.486534  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2167  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.71 
 
 
359 aa  258  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1908  ABC transporter ATP-binding protein  39.84 
 
 
368 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.33 
 
 
366 aa  258  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2401  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.48 
 
 
355 aa  257  2e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0627  ferric transporter ATP-binding subunit  49.18 
 
 
351 aa  257  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1263  putrescine transport ATP-binding protein PotG  41.11 
 
 
381 aa  256  4e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1177  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  49.18 
 
 
331 aa  256  5e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1179  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  49.18 
 
 
331 aa  256  5e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00519424  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0939  ABC putrescine transporter, ATPase subunit PotG  39.44 
 
 
387 aa  256  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301968  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1199  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  49.18 
 
 
331 aa  255  7e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00119118  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4007  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  50.21 
 
 
327 aa  256  7e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.124331  hitchhiker  0.00000000114894 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1297  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  49.18 
 
 
331 aa  255  7e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4663  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.29 
 
 
387 aa  255  7e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1337  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  50.21 
 
 
327 aa  256  7e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.819184  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0831  ferric transporter ATP-binding subunit  47.64 
 
 
348 aa  255  8e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4043  ABC transporter related  41.34 
 
 
353 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0310974  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2789  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.41 
 
 
337 aa  255  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.669148  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.84 
 
 
385 aa  255  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1057  putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.05 
 
 
386 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.305313  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1300  putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.05 
 
 
378 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2309  putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.05 
 
 
386 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  41.5 
 
 
367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2178  putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.05 
 
 
386 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.455758  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0224  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.86 
 
 
359 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0320  ABC transporter related protein  43.84 
 
 
382 aa  254  1.0000000000000001e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.362306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1787  putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.05 
 
 
386 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.5 
 
 
367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.84 
 
 
372 aa  254  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2991  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.73 
 
 
384 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1007  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.58 
 
 
327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0108  putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.05 
 
 
386 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.432666  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.95 
 
 
367 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2122  putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  40.05 
 
 
386 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499153  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1201  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.37 
 
 
327 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3343  ABC transporter related protein  48.39 
 
 
348 aa  253  3e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1398  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  49.79 
 
 
327 aa  253  3e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.240911  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1375  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  49.79 
 
 
327 aa  253  3e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000557634 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1439  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  49.79 
 
 
327 aa  253  3e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000273581  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0164  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.41 
 
 
379 aa  253  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1278  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.11 
 
 
387 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.296404  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04880  ABC-type spermidine/putrescine transport system ATPase component  40 
 
 
368 aa  253  4.0000000000000004e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1935  ABC transporter related  47.62 
 
 
352 aa  253  4.0000000000000004e-66  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1534  polyamine transport protein PotA  41.95 
 
 
359 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0323  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.16 
 
 
357 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000345783  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000765  ABC transporter, ATP-binding protein  40 
 
 
368 aa  253  4.0000000000000004e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>