More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2055 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_2055  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 
436 aa  843    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2282  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  69.88 
 
 
425 aa  568  1e-161  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.335323 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0321  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  66.05 
 
 
425 aa  514  1e-144  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.583446  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1800  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  66.36 
 
 
429 aa  495  1e-139  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.916161 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1629  NADH dehydrogenase (quinone)  35.32 
 
 
476 aa  186  6e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.22379  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0650  NADH dehydrogenase (quinone)  36.22 
 
 
476 aa  186  8e-46  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.208373  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0519  NADH dehydrogenase (quinone)  33.51 
 
 
476 aa  171  2e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0654  NADH dehydrogenase (quinone)  34.02 
 
 
474 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1902  NADH dehydrogenase (quinone)  32.73 
 
 
1152 aa  163  6e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.165011  normal  0.0801476 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1305  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.24 
 
 
1128 aa  160  5e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1086  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.48 
 
 
500 aa  155  1e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0284  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit M  28.74 
 
 
517 aa  128  3e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000000106102 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1281  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.85 
 
 
488 aa  124  4e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000193774 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  29.28 
 
 
480 aa  99  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  27.8 
 
 
538 aa  95.1  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.24 
 
 
688 aa  92  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  27.8 
 
 
553 aa  92  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  31.18 
 
 
649 aa  91.3  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  27.6 
 
 
480 aa  90.9  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  28.62 
 
 
480 aa  90.5  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  28.14 
 
 
526 aa  89  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  28.14 
 
 
526 aa  89  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  28.14 
 
 
526 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  27.8 
 
 
526 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  27.8 
 
 
526 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  27.8 
 
 
526 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  28.14 
 
 
521 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  28.22 
 
 
671 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  26.76 
 
 
512 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1077  NADH dehydrogenase (quinone)  32.32 
 
 
430 aa  86.7  7e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00864791  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  36.62 
 
 
640 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  29.06 
 
 
517 aa  84.7  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  28.72 
 
 
644 aa  84.3  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0931  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4  30.45 
 
 
504 aa  82.4  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.743179  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0184  NADH dehydrogenase (quinone)  26.9 
 
 
487 aa  82.8  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3729  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  27.58 
 
 
943 aa  81.6  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.552072  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3531  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.42 
 
 
971 aa  82  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  25.62 
 
 
674 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  26.12 
 
 
643 aa  81.3  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  30.14 
 
 
673 aa  80.9  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  27.54 
 
 
655 aa  80.9  0.00000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2806  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.28 
 
 
997 aa  80.5  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.448623 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0511  NADH ubiquinone/plastoquinone complex subunit, putative  31.83 
 
 
488 aa  80.5  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  29.96 
 
 
637 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  24.53 
 
 
531 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0754  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  25.6 
 
 
501 aa  80.1  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000228157  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  32.7 
 
 
484 aa  79.7  0.00000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  27.44 
 
 
644 aa  79.7  0.00000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  27.83 
 
 
672 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1030  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4  29.46 
 
 
511 aa  79.3  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  27.83 
 
 
672 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1976  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4  27.47 
 
 
534 aa  79  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.304394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2871  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  26.55 
 
 
537 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0408599 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  27.83 
 
 
672 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  29.38 
 
 
431 aa  79.3  0.0000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  28.78 
 
 
672 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  27.24 
 
 
672 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  29.29 
 
 
673 aa  78.6  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  28.43 
 
 
483 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0014  NADH dehydrogenase I, L subunit  26.55 
 
 
655 aa  79  0.0000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.91 
 
 
969 aa  77.8  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0582  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  27.6 
 
 
966 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.041044 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1638  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.91 
 
 
452 aa  77.4  0.0000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3982  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  27.02 
 
 
932 aa  77  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.728427 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0030  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.53 
 
 
973 aa  77  0.0000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2796  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4  27.54 
 
 
537 aa  77  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25200  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhA subunit  29.37 
 
 
981 aa  77  0.0000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  24.34 
 
 
662 aa  76.6  0.0000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  29.89 
 
 
679 aa  76.6  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  27.76 
 
 
672 aa  76.6  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  25.6 
 
 
655 aa  76.6  0.0000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  23.67 
 
 
533 aa  76.3  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1711  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.72 
 
 
452 aa  76.3  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  26.83 
 
 
486 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3811  NADH dehydrogenase subunit L  27.48 
 
 
620 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1700  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  28.23 
 
 
486 aa  75.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282324  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4787  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.16 
 
 
475 aa  75.9  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18571  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4  27.16 
 
 
523 aa  76.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.960985 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  26.83 
 
 
486 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2554  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  25.36 
 
 
650 aa  76.3  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3405  NADH dehydrogenase subunit L  28.48 
 
 
617 aa  76.3  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  26.83 
 
 
486 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5383  NADH dehydrogenase subunit L  26.67 
 
 
620 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.0362e-16 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  27.56 
 
 
483 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3715  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.14 
 
 
952 aa  75.1  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.593151  normal  0.752355 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1367  NADH dehydrogenase subunit M  27.66 
 
 
504 aa  75.5  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.73718  normal  0.0186615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0564  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.87 
 
 
481 aa  74.7  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1747  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  27.89 
 
 
486 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.308611  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1768  NADH dehydrogenase (quinone)  28.8 
 
 
792 aa  74.7  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  26.15 
 
 
620 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  26.13 
 
 
463 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  26.52 
 
 
483 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  31.35 
 
 
666 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1615  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.38 
 
 
485 aa  74.7  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.619005  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0967  NADH dehydrogenase I, L subunit  25.19 
 
 
614 aa  74.3  0.000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.597239  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1673  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.87 
 
 
604 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0693  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  27.03 
 
 
510 aa  74.3  0.000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.378065  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  26.37 
 
 
484 aa  74.3  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1538  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.9 
 
 
953 aa  74.3  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0170317 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3241  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4  29.63 
 
 
561 aa  74.3  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>