More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_2712 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  71.76 
 
 		 526 aa  667    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  71.76 
 
 		 526 aa  667    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  70.71 
 
 		 517 aa  651    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  71.97 
 
 		 526 aa  669    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  72.59 
 
 		 521 aa  675    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  100 
 
 		 553 aa  1092    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  85.2 
 
 		 538 aa  852    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  72.8 
 
 		 526 aa  667    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  71.76 
 
 		 526 aa  667    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  71.97 
 
 		 526 aa  669    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  58.54 
 
 		 512 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  54.53 
 
 		 495 aa  529  1e-149  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  51.22 
 
 		 533 aa  487  1e-136  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.56 
 
 		 495 aa  360  4e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  38.79 
 
 		 491 aa  354  2.9999999999999997e-96  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  40.55 
 
 		 499 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.08 
 
 		 489 aa  337  3.9999999999999995e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  43.72 
 
 		 484 aa  335  9e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  38.37 
 
 		 493 aa  330  5.0000000000000004e-89  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  38.51 
 
 		 491 aa  329  7e-89  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.03 
 
 		 489 aa  327  4.0000000000000003e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  39.72 
 
 		 480 aa  325  1e-87  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  40.25 
 
 		 491 aa  320  5e-86  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  44.47 
 
 		 486 aa  318  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  39.91 
 
 		 487 aa  315  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  38.52 
 
 		 488 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  44.23 
 
 		 463 aa  310  4e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  44.51 
 
 		 486 aa  309  8e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  39.95 
 
 		 483 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  43.94 
 
 		 486 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  43.94 
 
 		 486 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  43.94 
 
 		 486 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  43.82 
 
 		 486 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  38.94 
 
 		 483 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  37.69 
 
 		 484 aa  303  6.000000000000001e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  39.38 
 
 		 483 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  42.34 
 
 		 484 aa  300  6e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  39.38 
 
 		 486 aa  295  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  39.72 
 
 		 493 aa  291  2e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  39.86 
 
 		 484 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  39.86 
 
 		 484 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  42.39 
 
 		 482 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  38.46 
 
 		 481 aa  285  2.0000000000000002e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  43.25 
 
 		 492 aa  262  1e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.45 
 
 		 537 aa  260  6e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  33.62 
 
 		 470 aa  258  3e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  41.05 
 
 		 506 aa  254  3e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  35.76 
 
 		 477 aa  248  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  38.56 
 
 		 531 aa  246  6e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  38.25 
 
 		 497 aa  246  8e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.62 
 
 		 477 aa  239  8e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.38 
 
 		 477 aa  236  6e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  41.09 
 
 		 483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  41.09 
 
 		 483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  36.02 
 
 		 477 aa  233  7.000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  37.94 
 
 		 512 aa  233  8.000000000000001e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  35.9 
 
 		 478 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  35.22 
 
 		 476 aa  223  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  35.22 
 
 		 476 aa  223  8e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  41.12 
 
 		 488 aa  223  8e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  35.22 
 
 		 476 aa  223  8e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.63 
 
 		 478 aa  221  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  37.44 
 
 		 428 aa  216  7e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.8 
 
 		 477 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  36.82 
 
 		 477 aa  208  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  36.95 
 
 		 493 aa  206  1e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  36.66 
 
 		 499 aa  205  2e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  35.87 
 
 		 460 aa  203  6e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  33.48 
 
 		 479 aa  203  7e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  31.57 
 
 		 494 aa  194  3e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.12 
 
 		 572 aa  194  4e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  32.41 
 
 		 478 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  34.61 
 
 		 646 aa  186  7e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.05 
 
 		 440 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  38.75 
 
 		 666 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  38.75 
 
 		 666 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  34.41 
 
 		 489 aa  174  5e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  35.5 
 
 		 748 aa  172  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  32.19 
 
 		 662 aa  170  7e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  38.18 
 
 		 665 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  35.44 
 
 		 669 aa  168  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  32.08 
 
 		 1245 aa  168  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  30.29 
 
 		 431 aa  167  5e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  32.33 
 
 		 480 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  33.61 
 
 		 737 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  29.1 
 
 		 473 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  32.87 
 
 		 671 aa  163  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3279  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.89 
 
 		 480 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.621261  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  31.89 
 
 		 1265 aa  163  9e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.39 
 
 		 688 aa  162  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  31.2 
 
 		 480 aa  161  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  30.99 
 
 		 662 aa  161  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  31.3 
 
 		 1265 aa  160  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  32.32 
 
 		 655 aa  157  4e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  33.24 
 
 		 672 aa  157  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  31.03 
 
 		 674 aa  157  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.29 
 
 		 661 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.51 
 
 		 513 aa  157  4e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  30.8 
 
 		 577 aa  157  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  33.24 
 
 		 672 aa  157  7e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>