More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1281 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  71.64 
 
 		 526 aa  658    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  71.64 
 
 		 526 aa  658    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  72.69 
 
 		 526 aa  660    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  71.64 
 
 		 526 aa  658    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  100 
 
 		 538 aa  1058    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  71.85 
 
 		 526 aa  660    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  70.59 
 
 		 517 aa  641    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  71.85 
 
 		 526 aa  660    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  85.2 
 
 		 553 aa  843    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  72.48 
 
 		 521 aa  667    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  58.78 
 
 		 512 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  54.77 
 
 		 495 aa  524  1e-147  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  50 
 
 		 533 aa  491  1e-137  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.79 
 
 		 495 aa  360  4e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  38.68 
 
 		 491 aa  354  2e-96  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40 
 
 		 489 aa  336  5e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  37.61 
 
 		 493 aa  335  1e-90  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  44.27 
 
 		 484 aa  335  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  39.81 
 
 		 491 aa  333  4e-90  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  41.3 
 
 		 499 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.18 
 
 		 489 aa  327  4.0000000000000003e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  38.58 
 
 		 487 aa  323  7e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  38.77 
 
 		 480 aa  318  1e-85  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  44.73 
 
 		 486 aa  316  6e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  39.22 
 
 		 488 aa  316  8e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  44.51 
 
 		 486 aa  310  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  43.94 
 
 		 463 aa  307  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  41 
 
 		 491 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  39.29 
 
 		 484 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  44.32 
 
 		 486 aa  306  9.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  43.49 
 
 		 486 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  43.49 
 
 		 486 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  43.49 
 
 		 486 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  40.05 
 
 		 483 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  38.36 
 
 		 484 aa  302  9e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  38.48 
 
 		 483 aa  300  6e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  39.92 
 
 		 493 aa  299  1e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  39.06 
 
 		 483 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  41 
 
 		 484 aa  295  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  41 
 
 		 484 aa  295  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  39.47 
 
 		 486 aa  294  3e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  41.53 
 
 		 482 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  41.67 
 
 		 481 aa  280  3e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.63 
 
 		 492 aa  259  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.45 
 
 		 537 aa  256  6e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  40.6 
 
 		 506 aa  254  3e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  34.74 
 
 		 477 aa  252  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  34.67 
 
 		 470 aa  252  1e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  39.08 
 
 		 497 aa  248  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  37.59 
 
 		 531 aa  243  6e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.65 
 
 		 477 aa  239  8e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.65 
 
 		 477 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  36.32 
 
 		 477 aa  233  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  40.05 
 
 		 483 aa  232  2e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  40.05 
 
 		 483 aa  232  2e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  36.66 
 
 		 512 aa  226  6e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  36.38 
 
 		 478 aa  225  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  35.85 
 
 		 476 aa  225  2e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  35.85 
 
 		 476 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  35.85 
 
 		 476 aa  225  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  41.42 
 
 		 488 aa  224  4e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.4 
 
 		 478 aa  219  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.8 
 
 		 477 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  36.56 
 
 		 428 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  36.03 
 
 		 477 aa  208  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  36.66 
 
 		 493 aa  203  7e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  33.48 
 
 		 479 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  36.07 
 
 		 499 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  35.78 
 
 		 460 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  33.24 
 
 		 494 aa  193  6e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.83 
 
 		 572 aa  191  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  32.4 
 
 		 478 aa  189  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  32.97 
 
 		 646 aa  179  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.49 
 
 		 440 aa  178  2e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  37.4 
 
 		 666 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  37.89 
 
 		 666 aa  176  9e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  34.22 
 
 		 489 aa  171  2e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  34.38 
 
 		 748 aa  171  4e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  34.51 
 
 		 669 aa  171  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  31.22 
 
 		 662 aa  170  5e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  38.18 
 
 		 665 aa  169  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  30.97 
 
 		 737 aa  167  4e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  31.35 
 
 		 1245 aa  167  5e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  33.15 
 
 		 671 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  30.75 
 
 		 480 aa  162  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  32.52 
 
 		 480 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  31.44 
 
 		 1265 aa  161  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  31.94 
 
 		 1265 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.1 
 
 		 688 aa  161  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  31.76 
 
 		 431 aa  160  4e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  34.78 
 
 		 668 aa  160  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30 
 
 		 513 aa  160  6e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  34.04 
 
 		 674 aa  159  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  35.58 
 
 		 674 aa  159  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  32.61 
 
 		 669 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  27.09 
 
 		 499 aa  157  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.72 
 
 		 448 aa  157  5.0000000000000005e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3279  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.63 
 
 		 480 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.621261  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  31.41 
 
 		 672 aa  157  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  30.43 
 
 		 577 aa  156  7e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>