More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_1304 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
480 aa  941    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  47.18 
 
 
484 aa  419  1e-116  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  40.85 
 
 
495 aa  341  2e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.69 
 
 
495 aa  336  5.999999999999999e-91  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  39.55 
 
 
499 aa  322  9.000000000000001e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  38.12 
 
 
512 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  38.44 
 
 
526 aa  310  4e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  38.44 
 
 
526 aa  310  4e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  38.68 
 
 
521 aa  310  4e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  38.44 
 
 
526 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  38.44 
 
 
526 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  38.44 
 
 
526 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  38.68 
 
 
526 aa  306  6e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  38.32 
 
 
491 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  37.26 
 
 
533 aa  300  4e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  37.12 
 
 
488 aa  295  1e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  39.72 
 
 
553 aa  295  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  36.92 
 
 
487 aa  294  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  37.05 
 
 
517 aa  292  1e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.14 
 
 
489 aa  291  3e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  38.77 
 
 
538 aa  290  5.0000000000000004e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  36.09 
 
 
484 aa  290  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  35.87 
 
 
486 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  35.63 
 
 
484 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  36.53 
 
 
491 aa  281  2e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  35.86 
 
 
493 aa  279  6e-74  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  38.75 
 
 
486 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  36.05 
 
 
483 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  39.94 
 
 
493 aa  272  8.000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  35.94 
 
 
486 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  41.81 
 
 
483 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  35.71 
 
 
463 aa  270  4e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  35.71 
 
 
486 aa  270  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  35.71 
 
 
486 aa  270  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  35.71 
 
 
486 aa  270  5e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  34.58 
 
 
477 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  40.43 
 
 
482 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  37.88 
 
 
486 aa  267  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  41.24 
 
 
483 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  41.08 
 
 
481 aa  263  6e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  33.41 
 
 
491 aa  261  1e-68  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.58 
 
 
489 aa  259  8e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  35.7 
 
 
477 aa  258  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  35.7 
 
 
484 aa  254  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  35.7 
 
 
484 aa  254  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  36.21 
 
 
506 aa  252  9.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  34.61 
 
 
476 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  34.61 
 
 
476 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  34.61 
 
 
476 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.95 
 
 
477 aa  247  3e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  36.71 
 
 
497 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  34.59 
 
 
470 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.95 
 
 
477 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  32.57 
 
 
478 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.86 
 
 
478 aa  233  5e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.71 
 
 
478 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.57 
 
 
477 aa  231  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.29 
 
 
492 aa  229  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  37.03 
 
 
483 aa  227  3e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  37.03 
 
 
483 aa  227  3e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  35.17 
 
 
477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  34.07 
 
 
428 aa  223  8e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  35.14 
 
 
488 aa  223  8e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  35.12 
 
 
531 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.46 
 
 
537 aa  214  3.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  33.86 
 
 
479 aa  207  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  30.25 
 
 
480 aa  202  9.999999999999999e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  36.32 
 
 
431 aa  201  3e-50  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.83 
 
 
440 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.75 
 
 
572 aa  196  1e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  33.61 
 
 
512 aa  195  2e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  29.13 
 
 
460 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  31.61 
 
 
494 aa  175  1.9999999999999998e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  29.59 
 
 
499 aa  168  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  31.96 
 
 
662 aa  162  9e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  30.52 
 
 
493 aa  161  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.96 
 
 
499 aa  161  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.69 
 
 
448 aa  159  9e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.32 
 
 
688 aa  156  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  30.41 
 
 
671 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0890  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.59 
 
 
507 aa  153  5.9999999999999996e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50733  normal  0.143167 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  28.18 
 
 
489 aa  152  2e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  31.05 
 
 
636 aa  150  4e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  31.72 
 
 
673 aa  150  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  28.79 
 
 
655 aa  149  1.0000000000000001e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  27.3 
 
 
1245 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  30.07 
 
 
486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  31.44 
 
 
1253 aa  146  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  26.3 
 
 
1265 aa  146  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  30.42 
 
 
666 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  26.42 
 
 
501 aa  145  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3811  NADH dehydrogenase subunit L  29.83 
 
 
620 aa  145  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.27 
 
 
661 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0149  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.47 
 
 
618 aa  143  6e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000427063  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  30.9 
 
 
666 aa  143  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  28.12 
 
 
646 aa  143  8e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  30.21 
 
 
737 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  28.18 
 
 
655 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  28.61 
 
 
1264 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0374  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.31 
 
 
625 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>