More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3279 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3279  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 		 480 aa  951    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.621261  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  32.37 
 
 		 476 aa  201  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  32.37 
 
 		 476 aa  201  3e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  32.37 
 
 		 476 aa  200  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  30.4 
 
 		 477 aa  193  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.44 
 
 		 477 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.7 
 
 		 477 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  31.27 
 
 		 477 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  32.54 
 
 		 477 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.56 
 
 		 477 aa  173  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.45 
 
 		 478 aa  173  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  28.81 
 
 		 478 aa  170  6e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  29.63 
 
 		 479 aa  169  8e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  27.18 
 
 		 470 aa  168  2e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  30.43 
 
 		 495 aa  163  8.000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  27.39 
 
 		 491 aa  160  4e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  25.81 
 
 		 495 aa  160  5e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.17 
 
 		 489 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  29.11 
 
 		 526 aa  156  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  29.11 
 
 		 526 aa  156  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  29.11 
 
 		 526 aa  156  9e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  29.11 
 
 		 526 aa  156  9e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  29.11 
 
 		 526 aa  156  9e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  29.89 
 
 		 553 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  28.84 
 
 		 526 aa  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  30.06 
 
 		 478 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  28.73 
 
 		 491 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  30.29 
 
 		 499 aa  154  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  28.84 
 
 		 521 aa  153  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  28.84 
 
 		 517 aa  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  28.57 
 
 		 533 aa  152  8.999999999999999e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  29.82 
 
 		 497 aa  152  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  31.29 
 
 		 538 aa  151  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  29.22 
 
 		 491 aa  151  2e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  26.91 
 
 		 512 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  25.95 
 
 		 493 aa  145  1e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  25.69 
 
 		 484 aa  143  5e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  25.57 
 
 		 480 aa  143  8e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  26.98 
 
 		 460 aa  139  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  26.06 
 
 		 483 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  26.37 
 
 		 480 aa  138  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  25.19 
 
 		 488 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  26.67 
 
 		 493 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  25.22 
 
 		 484 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  25.21 
 
 		 483 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  29.83 
 
 		 499 aa  133  6.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  26.28 
 
 		 483 aa  133  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.94 
 
 		 489 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.29 
 
 		 537 aa  131  3e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  25.35 
 
 		 481 aa  128  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.08 
 
 		 492 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  26 
 
 		 484 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  28.75 
 
 		 428 aa  126  7e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  26.39 
 
 		 482 aa  124  5e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  24.3 
 
 		 487 aa  123  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  26.63 
 
 		 484 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  26.51 
 
 		 486 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  27.22 
 
 		 486 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  26.63 
 
 		 484 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  26.19 
 
 		 486 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  28.79 
 
 		 512 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  26.33 
 
 		 486 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  28.73 
 
 		 493 aa  115  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  25.76 
 
 		 506 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  26.81 
 
 		 486 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  26.81 
 
 		 486 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  25.87 
 
 		 488 aa  114  3e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  26.81 
 
 		 486 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  26.61 
 
 		 463 aa  113  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  28.27 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  28.27 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  33.82 
 
 		 646 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  25.69 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  26.67 
 
 		 531 aa  108  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  36.02 
 
 		 654 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  25.23 
 
 		 525 aa  107  5e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  26.44 
 
 		 500 aa  106  9e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4834  NADH dehydrogenase (quinone)  28.26 
 
 		 585 aa  106  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  28.61 
 
 		 662 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.21 
 
 		 522 aa  105  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  23.46 
 
 		 440 aa  105  2e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0648  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  25.85 
 
 		 498 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  28.08 
 
 		 501 aa  105  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0663  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  25.85 
 
 		 498 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000080828  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  27.72 
 
 		 488 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.05 
 
 		 642 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  26.26 
 
 		 1265 aa  104  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  31.8 
 
 		 654 aa  103  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  27.86 
 
 		 1265 aa  103  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0714  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  27.01 
 
 		 496 aa  103  8e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0167768  decreased coverage  0.000183119 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  25.13 
 
 		 476 aa  103  9e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  25.9 
 
 		 499 aa  102  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.43 
 
 		 669 aa  102  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  30.29 
 
 		 672 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  23.85 
 
 		 643 aa  101  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.11 
 
 		 513 aa  101  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.32 
 
 		 448 aa  101  3e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  26.7 
 
 		 473 aa  101  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1741  NADH dehydrogenase subunit M  24.93 
 
 		 604 aa  101  4e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.56797  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0772  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  27.38 
 
 		 496 aa  100  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.256181  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>