More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4668 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  72.65 
 
 		 486 aa  643    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  72.65 
 
 		 486 aa  643    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  74.53 
 
 		 486 aa  685    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  73.65 
 
 		 463 aa  649    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  79.55 
 
 		 484 aa  794    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  84.68 
 
 		 487 aa  825    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  75.26 
 
 		 486 aa  684    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  74.69 
 
 		 486 aa  689    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  100 
 
 		 484 aa  963    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  72.65 
 
 		 486 aa  643    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  57.29 
 
 		 488 aa  546  1e-154  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  55.44 
 
 		 484 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  55.44 
 
 		 484 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  53.35 
 
 		 483 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  52.9 
 
 		 483 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  51.67 
 
 		 483 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  55.71 
 
 		 486 aa  451  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  51.56 
 
 		 481 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  53.29 
 
 		 482 aa  412  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  47.27 
 
 		 538 aa  317  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  43.26 
 
 		 521 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  47.08 
 
 		 553 aa  315  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  43.41 
 
 		 526 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  43.41 
 
 		 526 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.05 
 
 		 495 aa  314  1.9999999999999998e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  43.26 
 
 		 526 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  43.15 
 
 		 526 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  43.15 
 
 		 526 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  43.15 
 
 		 526 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  41.3 
 
 		 495 aa  311  1e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  38.95 
 
 		 512 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  43.58 
 
 		 517 aa  302  7.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  39.68 
 
 		 499 aa  302  7.000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  39.43 
 
 		 484 aa  295  1e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  36.09 
 
 		 480 aa  290  6e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  42.72 
 
 		 493 aa  289  6e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  36.29 
 
 		 533 aa  286  5e-76  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  38.48 
 
 		 491 aa  282  8.000000000000001e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.13 
 
 		 489 aa  277  4e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  37.22 
 
 		 493 aa  276  8e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  35.61 
 
 		 491 aa  273  4.0000000000000004e-72  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  36.2 
 
 		 491 aa  271  2e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.09 
 
 		 489 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.52 
 
 		 537 aa  251  1e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  39.72 
 
 		 428 aa  241  2e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  33.57 
 
 		 470 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  36.48 
 
 		 531 aa  239  9e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.35 
 
 		 492 aa  236  9e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  39 
 
 		 488 aa  231  2e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  37.21 
 
 		 506 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  36.89 
 
 		 497 aa  223  7e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.07 
 
 		 477 aa  221  3e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  37.89 
 
 		 483 aa  219  7.999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  37.89 
 
 		 483 aa  219  7.999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.5 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  31.32 
 
 		 460 aa  212  1e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  30.63 
 
 		 499 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  36.94 
 
 		 476 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  36.94 
 
 		 476 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  33.85 
 
 		 477 aa  205  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  36.94 
 
 		 476 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  32 
 
 		 493 aa  201  3e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  37.85 
 
 		 478 aa  201  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  31.14 
 
 		 494 aa  200  5e-50  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  35.41 
 
 		 512 aa  193  6e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  35.53 
 
 		 477 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.28 
 
 		 477 aa  188  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.8 
 
 		 478 aa  186  6e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  46.03 
 
 		 572 aa  183  6e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  30.63 
 
 		 489 aa  182  1e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  34.39 
 
 		 477 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.07 
 
 		 478 aa  178  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.98 
 
 		 440 aa  177  3e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  36.07 
 
 		 480 aa  175  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  32.03 
 
 		 431 aa  174  2.9999999999999996e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.72 
 
 		 448 aa  170  7e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  30.05 
 
 		 1265 aa  164  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  37.68 
 
 		 479 aa  160  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.02 
 
 		 499 aa  155  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  30.89 
 
 		 669 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  29.56 
 
 		 662 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  31.79 
 
 		 737 aa  152  1e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  30.11 
 
 		 674 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  30.46 
 
 		 1265 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  31.2 
 
 		 674 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  29.81 
 
 		 669 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0184  NADH dehydrogenase (quinone)  31.79 
 
 		 487 aa  146  8.000000000000001e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  30.17 
 
 		 669 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  27.49 
 
 		 476 aa  144  4e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  28.49 
 
 		 1253 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  30.81 
 
 		 668 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  32.49 
 
 		 637 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.26 
 
 		 688 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  31.37 
 
 		 668 aa  140  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  31.37 
 
 		 668 aa  140  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  28.07 
 
 		 643 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  31.43 
 
 		 662 aa  139  8.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  27.69 
 
 		 1264 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  34 
 
 		 666 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  28.83 
 
 		 646 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>