More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2633 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  97.72 
 
 
526 aa  971    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  97.72 
 
 
526 aa  971    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  97.91 
 
 
526 aa  972    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  99.23 
 
 
521 aa  1026    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  72.1 
 
 
538 aa  643    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  97.72 
 
 
526 aa  971    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  100 
 
 
526 aa  1042    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  96.58 
 
 
517 aa  950    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  72.21 
 
 
553 aa  650    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  97.91 
 
 
526 aa  972    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  54.36 
 
 
495 aa  525  1e-148  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  56.92 
 
 
512 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  49.41 
 
 
533 aa  483  1e-135  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.56 
 
 
495 aa  361  2e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  40.53 
 
 
491 aa  347  3e-94  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.6 
 
 
489 aa  345  1e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  40.29 
 
 
493 aa  342  1e-92  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.5 
 
 
489 aa  333  5e-90  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  42.9 
 
 
491 aa  323  3e-87  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  40.43 
 
 
484 aa  321  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  41.76 
 
 
499 aa  320  3e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  38.68 
 
 
480 aa  319  6e-86  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  38.5 
 
 
484 aa  312  1e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  39.91 
 
 
487 aa  311  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  39.71 
 
 
483 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  41.28 
 
 
486 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  41.02 
 
 
488 aa  301  1e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  43.92 
 
 
486 aa  302  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  41.43 
 
 
484 aa  301  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  42.7 
 
 
463 aa  300  6e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  43.37 
 
 
486 aa  298  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  42.42 
 
 
486 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  42.42 
 
 
486 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  42.42 
 
 
486 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  39.62 
 
 
486 aa  298  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  42.82 
 
 
482 aa  295  9e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  38.57 
 
 
483 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  38.13 
 
 
483 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  37.38 
 
 
491 aa  292  8e-78  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  40.54 
 
 
493 aa  291  2e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  41.13 
 
 
484 aa  281  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  41.13 
 
 
484 aa  281  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  40.9 
 
 
481 aa  278  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  35.03 
 
 
477 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  37.14 
 
 
470 aa  259  1e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  38.58 
 
 
506 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.52 
 
 
492 aa  253  5.000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  40.52 
 
 
531 aa  251  3e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.58 
 
 
537 aa  250  6e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  35.1 
 
 
477 aa  238  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.17 
 
 
477 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  41.09 
 
 
483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  41.09 
 
 
483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  38.67 
 
 
497 aa  234  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.94 
 
 
477 aa  234  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  35.2 
 
 
478 aa  233  8.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  40.59 
 
 
512 aa  229  7e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  39.49 
 
 
488 aa  228  2e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.55 
 
 
477 aa  221  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  41.71 
 
 
428 aa  219  7e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  34.21 
 
 
476 aa  218  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  33.57 
 
 
476 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  34.21 
 
 
476 aa  218  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.19 
 
 
478 aa  217  4e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  36.21 
 
 
499 aa  211  4e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  32.9 
 
 
479 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  35.65 
 
 
460 aa  204  4e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  34.4 
 
 
477 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  36.13 
 
 
493 aa  201  3e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  34.18 
 
 
478 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  33.42 
 
 
494 aa  192  9e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  47.12 
 
 
572 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
662 aa  179  1e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.57 
 
 
440 aa  179  1e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  36.54 
 
 
737 aa  179  1e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  32.18 
 
 
646 aa  178  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  36.23 
 
 
748 aa  176  8e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  30.02 
 
 
480 aa  173  7.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  34.83 
 
 
669 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  31.89 
 
 
489 aa  171  3e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  33.72 
 
 
1265 aa  169  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  36.26 
 
 
666 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  36.26 
 
 
666 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  31.25 
 
 
431 aa  166  1.0000000000000001e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  31.94 
 
 
662 aa  165  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  31.52 
 
 
671 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  30.37 
 
 
644 aa  164  3e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  33.52 
 
 
1245 aa  164  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  29.8 
 
 
672 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.43 
 
 
499 aa  164  4.0000000000000004e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  29.93 
 
 
655 aa  162  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  32.95 
 
 
650 aa  161  3e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  32.68 
 
 
669 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.84 
 
 
661 aa  160  5e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  30.9 
 
 
669 aa  159  8e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  35.98 
 
 
665 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  30.81 
 
 
644 aa  159  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  30.75 
 
 
501 aa  159  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  30.66 
 
 
1265 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.03 
 
 
513 aa  157  3e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>