More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1072 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 		 477 aa  939    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  72.78 
 
 		 478 aa  639    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  98.32 
 
 		 477 aa  925    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  69.36 
 
 		 477 aa  643    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  68.63 
 
 		 478 aa  630  1e-179  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  66.3 
 
 		 477 aa  588  1e-167  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  68.11 
 
 		 479 aa  543  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  64.99 
 
 		 477 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  56.12 
 
 		 476 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  56.12 
 
 		 476 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  56.57 
 
 		 476 aa  461  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  55.51 
 
 		 477 aa  435  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  45.48 
 
 		 478 aa  345  8.999999999999999e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  43.16 
 
 		 480 aa  342  5.999999999999999e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  42.89 
 
 		 497 aa  318  9e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  36.1 
 
 		 470 aa  276  4e-73  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  40.05 
 
 		 495 aa  272  9e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.6 
 
 		 495 aa  259  1e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  33.8 
 
 		 480 aa  253  7e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.49 
 
 		 489 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  34.57 
 
 		 512 aa  247  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  37.73 
 
 		 491 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  35.46 
 
 		 484 aa  237  3e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  35.17 
 
 		 526 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  35.17 
 
 		 526 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  35.17 
 
 		 521 aa  234  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  34.42 
 
 		 491 aa  233  4.0000000000000004e-60  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  34.94 
 
 		 526 aa  233  5e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  34.94 
 
 		 526 aa  233  5e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  34.94 
 
 		 526 aa  233  5e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  34.51 
 
 		 483 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  33.72 
 
 		 491 aa  232  1e-59  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  35.17 
 
 		 526 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  34.17 
 
 		 483 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  34.07 
 
 		 484 aa  231  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  33.18 
 
 		 493 aa  229  1e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  38.61 
 
 		 484 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  34.4 
 
 		 517 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  35.92 
 
 		 488 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  35.43 
 
 		 483 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  36.83 
 
 		 487 aa  224  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  34.3 
 
 		 486 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  35.02 
 
 		 486 aa  219  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  37.65 
 
 		 538 aa  219  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  37.62 
 
 		 553 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  32.87 
 
 		 533 aa  217  4e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.69 
 
 		 489 aa  216  9e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  34.43 
 
 		 486 aa  216  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  35.25 
 
 		 481 aa  216  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.69 
 
 		 492 aa  214  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  33.64 
 
 		 486 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  38.67 
 
 		 486 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  38.67 
 
 		 486 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  38.67 
 
 		 486 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  36.19 
 
 		 499 aa  210  4e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  33.49 
 
 		 484 aa  209  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  33.49 
 
 		 484 aa  209  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  38.13 
 
 		 463 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  35.32 
 
 		 506 aa  205  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  36.44 
 
 		 482 aa  206  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  35.18 
 
 		 493 aa  194  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  32.63 
 
 		 512 aa  193  5e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  34.94 
 
 		 428 aa  188  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  39.2 
 
 		 483 aa  186  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  39.2 
 
 		 483 aa  186  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  36.02 
 
 		 488 aa  182  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3279  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.44 
 
 		 480 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.621261  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.16 
 
 		 537 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  32.58 
 
 		 494 aa  164  5.0000000000000005e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  30.04 
 
 		 489 aa  160  3e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.76 
 
 		 572 aa  156  8e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  32.01 
 
 		 531 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  29.1 
 
 		 460 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  31.85 
 
 		 493 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  30.95 
 
 		 499 aa  145  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  35.2 
 
 		 748 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.42 
 
 		 440 aa  139  8.999999999999999e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  32.85 
 
 		 669 aa  136  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  28.25 
 
 		 671 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.58 
 
 		 501 aa  135  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  29.55 
 
 		 673 aa  133  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  32.08 
 
 		 674 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.58 
 
 		 472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0890  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.55 
 
 		 507 aa  131  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50733  normal  0.143167 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  32.52 
 
 		 669 aa  131  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  33.1 
 
 		 683 aa  130  5.0000000000000004e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  30.92 
 
 		 674 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  28.93 
 
 		 650 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  32.87 
 
 		 666 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  30.57 
 
 		 669 aa  128  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  29.79 
 
 		 1265 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  28.65 
 
 		 1265 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1635  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.02 
 
 		 502 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193581  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  27.94 
 
 		 672 aa  125  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.08 
 
 		 659 aa  125  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.37 
 
 		 669 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  29.94 
 
 		 655 aa  124  3e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.97 
 
 		 448 aa  124  3e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  31.16 
 
 		 1245 aa  124  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  29.01 
 
 		 501 aa  124  5e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>