More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_1428 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  100 
 
 
431 aa  835    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  50.83 
 
 
440 aa  342  1e-92  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  34.6 
 
 
480 aa  213  7e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.6 
 
 
448 aa  199  9e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  32.52 
 
 
484 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  33.85 
 
 
484 aa  187  3e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  32.76 
 
 
487 aa  186  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  32.1 
 
 
484 aa  186  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.18 
 
 
495 aa  183  6e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  33.9 
 
 
512 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  32.83 
 
 
491 aa  181  2e-44  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.68 
 
 
489 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  30.7 
 
 
506 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  33.68 
 
 
428 aa  177  3e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  33.77 
 
 
486 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  35.16 
 
 
486 aa  177  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  35.55 
 
 
486 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  30.96 
 
 
533 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  33.08 
 
 
486 aa  171  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  36.02 
 
 
483 aa  170  6e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  33.7 
 
 
486 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  33.7 
 
 
486 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  33.7 
 
 
486 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  36.02 
 
 
483 aa  170  6e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  34.29 
 
 
463 aa  169  7e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.38 
 
 
492 aa  168  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  33.6 
 
 
484 aa  168  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  32.7 
 
 
499 aa  168  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  33.52 
 
 
526 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  31.68 
 
 
495 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  33.52 
 
 
526 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  33.6 
 
 
484 aa  168  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  33.52 
 
 
526 aa  167  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  33.52 
 
 
526 aa  167  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  33.52 
 
 
526 aa  167  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  34.1 
 
 
521 aa  167  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  34.1 
 
 
526 aa  167  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  35.17 
 
 
483 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  31.69 
 
 
488 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  34.39 
 
 
482 aa  163  6e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  33.6 
 
 
512 aa  162  9e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  31.78 
 
 
483 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  31.65 
 
 
553 aa  161  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  35.62 
 
 
517 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  32.9 
 
 
481 aa  160  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  33.24 
 
 
538 aa  159  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  33.52 
 
 
531 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  31.51 
 
 
483 aa  156  8e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.88 
 
 
489 aa  155  1e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  28.98 
 
 
491 aa  155  1e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  30.55 
 
 
470 aa  153  5e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  32.75 
 
 
493 aa  151  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  31.94 
 
 
497 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.91 
 
 
537 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  29.98 
 
 
488 aa  147  3e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  27.7 
 
 
493 aa  146  8.000000000000001e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  30.33 
 
 
1265 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  28.86 
 
 
491 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  31.65 
 
 
476 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  29.22 
 
 
500 aa  140  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  28.93 
 
 
1245 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  29.71 
 
 
477 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  28.94 
 
 
476 aa  133  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  28.65 
 
 
476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  28.65 
 
 
476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.56 
 
 
661 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0987  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  29.41 
 
 
476 aa  130  3e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.740525 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.92 
 
 
477 aa  131  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  31.05 
 
 
494 aa  130  5.0000000000000004e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.06 
 
 
513 aa  130  7.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.92 
 
 
477 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  30.51 
 
 
1265 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.59 
 
 
572 aa  127  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.47 
 
 
660 aa  127  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.3 
 
 
478 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  27.61 
 
 
501 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.03 
 
 
472 aa  124  4e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  31.78 
 
 
737 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0184  NADH dehydrogenase (quinone)  34.01 
 
 
487 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  28.06 
 
 
477 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0374  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.3 
 
 
625 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  29.77 
 
 
669 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  29.52 
 
 
478 aa  121  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  31.21 
 
 
666 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  30.89 
 
 
577 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.94 
 
 
688 aa  120  6e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  31.33 
 
 
672 aa  119  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  30.65 
 
 
646 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  27.3 
 
 
478 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.72 
 
 
659 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  31.33 
 
 
672 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  31.71 
 
 
669 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  30.81 
 
 
723 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.14 
 
 
659 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  31.01 
 
 
672 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  31.01 
 
 
672 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  25 
 
 
748 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  31.01 
 
 
672 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  27.84 
 
 
499 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  31.01 
 
 
672 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>