More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3193 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 		 659 aa  1276    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  95.45 
 
 		 659 aa  1150    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  55.25 
 
 		 661 aa  628  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0336  NADH dehydrogenase (quinone)  54.64 
 
 		 665 aa  613  9.999999999999999e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  49.32 
 
 		 669 aa  587  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  52.17 
 
 		 668 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  49.02 
 
 		 669 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.71 
 
 		 660 aa  559  1e-158  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  48.99 
 
 		 666 aa  546  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  49.46 
 
 		 666 aa  542  1e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.18 
 
 		 669 aa  531  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.69 
 
 		 666 aa  526  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  48.49 
 
 		 667 aa  512  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2560  NADH dehydrogenase (quinone)  48.98 
 
 		 663 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  43.8 
 
 		 654 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  41.03 
 
 		 662 aa  368  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  41.48 
 
 		 577 aa  365  2e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  41.04 
 
 		 646 aa  361  3e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  50 
 
 		 654 aa  340  7e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3796  NADH dehydrogenase (quinone)  45.85 
 
 		 654 aa  339  8e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273036  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  38.71 
 
 		 748 aa  327  6e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  36.72 
 
 		 723 aa  326  6e-88  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0778  NADH dehydrogenase (quinone)  38.44 
 
 		 682 aa  319  9e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.590886  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  35.79 
 
 		 644 aa  317  3e-85  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3713  NADH dehydrogenase (quinone)  50.26 
 
 		 654 aa  317  6e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.117424  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  37.21 
 
 		 673 aa  316  9e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.18 
 
 		 688 aa  315  1.9999999999999998e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  41.15 
 
 		 665 aa  313  5.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  37.62 
 
 		 683 aa  312  1e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  35.58 
 
 		 672 aa  312  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  35.09 
 
 		 672 aa  312  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.27 
 
 		 661 aa  311  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  34.66 
 
 		 672 aa  310  5e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  34.66 
 
 		 672 aa  310  5e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  35.35 
 
 		 672 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  34.86 
 
 		 672 aa  310  6.999999999999999e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  47.79 
 
 		 666 aa  310  6.999999999999999e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  35.05 
 
 		 644 aa  310  8e-83  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  32.9 
 
 		 662 aa  309  1.0000000000000001e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  35.93 
 
 		 673 aa  306  6e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  36.59 
 
 		 649 aa  303  6.000000000000001e-81  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  36.29 
 
 		 674 aa  301  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  35.96 
 
 		 672 aa  300  5e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  47.37 
 
 		 666 aa  297  4e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  33.65 
 
 		 637 aa  297  4e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  36.35 
 
 		 679 aa  295  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  37.04 
 
 		 617 aa  294  4e-78  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  38.98 
 
 		 687 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  37.58 
 
 		 671 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  35.09 
 
 		 674 aa  290  4e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  35.68 
 
 		 674 aa  287  5e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  33.62 
 
 		 643 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2474  hydrogenase 4 subunit B  35.26 
 
 		 669 aa  282  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  37.73 
 
 		 672 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  32.67 
 
 		 633 aa  278  2e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  34.95 
 
 		 669 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  44.5 
 
 		 737 aa  276  1.0000000000000001e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  37.31 
 
 		 672 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  37.12 
 
 		 681 aa  273  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  34.81 
 
 		 669 aa  269  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1396  hydrogenase 4 subunit B  37.76 
 
 		 671 aa  269  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  34.88 
 
 		 669 aa  265  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  34.53 
 
 		 668 aa  258  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2149  hydrogenase 4 subunit B  38.94 
 
 		 660 aa  257  5e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.33721  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1807  hydrogenase 4 subunit B  38.94 
 
 		 660 aa  257  5e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  35.42 
 
 		 668 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  35.42 
 
 		 668 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  32.3 
 
 		 655 aa  253  6e-66  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  32.28 
 
 		 655 aa  253  7e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3276  NADH dehydrogenase (quinone)  36.71 
 
 		 671 aa  250  5e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4703  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.89 
 
 		 662 aa  246  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  35.5 
 
 		 640 aa  246  9.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3780  NADH dehydrogenase (quinone)  47.41 
 
 		 670 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0116247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  30.67 
 
 		 650 aa  243  6e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4469  NADH dehydrogenase (quinone)  34.09 
 
 		 664 aa  243  7.999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  36.83 
 
 		 674 aa  239  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2985  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.96 
 
 		 674 aa  223  6e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0690807  hitchhiker  0.0074409 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1862  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.52 
 
 		 646 aa  218  2e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000307213  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3196  formate hydrogenlyase subunit 3  32.31 
 
 		 608 aa  204  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3974  formate hydrogenlyase subunit 3  31.85 
 
 		 608 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0966  NADH dehydrogenase (quinone)  31.64 
 
 		 608 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3011  formate hydrogenlyase subunit 3  31.85 
 
 		 608 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2848  formate hydrogenlyase subunit 3  31.85 
 
 		 608 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264273 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02573  NADH dehydrogenase subunit N  31.64 
 
 		 608 aa  198  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.621394  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2859  formate hydrogenlyase subunit 3  31.64 
 
 		 608 aa  198  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0989  formate hydrogenlyase subunit 3  31.64 
 
 		 608 aa  197  5.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.180245 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3054  formate hydrogenlyase subunit 3  31.3 
 
 		 608 aa  194  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.920212  normal  0.22505 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3038  formate hydrogenlyase subunit 3  31.5 
 
 		 608 aa  188  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000419635 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3161  formate hydrogenlyase subunit 3  31.3 
 
 		 608 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2787  NADH dehydrogenase (quinone)  30.35 
 
 		 633 aa  187  7e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2795  NADH dehydrogenase (quinone)  30.35 
 
 		 633 aa  187  7e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3003  formate hydrogenlyase subunit 3  31.3 
 
 		 608 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2972  formate hydrogenlyase subunit 3  31.3 
 
 		 608 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  36.06 
 
 		 1253 aa  181  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  35.74 
 
 		 1264 aa  179  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.64 
 
 		 522 aa  178  3e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2432  NADH dehydrogenase (quinone)  36.56 
 
 		 622 aa  178  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.96835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0184  NADH dehydrogenase (quinone)  35.82 
 
 		 487 aa  178  3e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  34.04 
 
 		 1265 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  32.69 
 
 		 500 aa  172  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>