More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1673 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1673  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 
604 aa  1178    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0681  NADH dehydrogenase (quinone)  43.98 
 
 
584 aa  306  6e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.389184 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5103  NADH dehydrogenase (quinone)  40.04 
 
 
584 aa  288  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4834  NADH dehydrogenase (quinone)  32.67 
 
 
585 aa  200  6e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.76 
 
 
525 aa  195  2e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.46 
 
 
513 aa  191  4e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.55 
 
 
522 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  30.79 
 
 
500 aa  181  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.56 
 
 
499 aa  179  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0955  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.47 
 
 
523 aa  178  3e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00424687  normal  0.153051 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2525  NADH dehydrogenase (quinone)  30.54 
 
 
505 aa  170  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0751  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.09 
 
 
501 aa  169  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00659406  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3984  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.87 
 
 
503 aa  169  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2967  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.18 
 
 
501 aa  168  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.37012 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  30.61 
 
 
525 aa  166  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1357  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.16 
 
 
503 aa  165  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.726443  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3221  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.74 
 
 
500 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2654  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.15 
 
 
503 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0994  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  34.15 
 
 
503 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.949709  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.85 
 
 
492 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2032  NADH dehydrogenase (quinone)  31.02 
 
 
504 aa  162  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.61 
 
 
538 aa  162  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35440  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  32.78 
 
 
540 aa  160  6e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1138  NADH dehydrogenase (quinone)  30.94 
 
 
470 aa  160  6e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1281  NADH dehydrogenase (quinone)  30.5 
 
 
493 aa  159  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0077  NADH dehydrogenase (quinone)  30.99 
 
 
500 aa  159  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0230  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.44 
 
 
503 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104393  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  30.11 
 
 
748 aa  159  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  30.34 
 
 
500 aa  158  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  31.75 
 
 
501 aa  159  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.156897  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000416  Na(+) H(+) antiporter subunit D  33.43 
 
 
498 aa  159  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5212  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.87 
 
 
523 aa  159  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0000590255  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.84 
 
 
538 aa  157  4e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1540  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.45 
 
 
540 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.010926 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2341  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.29 
 
 
504 aa  157  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.56 
 
 
492 aa  157  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1772  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  27.68 
 
 
499 aa  156  9e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3229  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.98 
 
 
488 aa  156  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.121013 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  31.72 
 
 
498 aa  155  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3807  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.73 
 
 
506 aa  155  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.5869 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0121  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  24.7 
 
 
491 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  30.65 
 
 
501 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  31.98 
 
 
486 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0663  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.3 
 
 
498 aa  154  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000080828  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3816  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.07 
 
 
505 aa  154  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19533  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0648  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.3 
 
 
498 aa  154  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4892  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.72 
 
 
552 aa  154  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405552  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.49 
 
 
492 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2858  NADH dehydrogenase (quinone)  30.4 
 
 
504 aa  153  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.356875  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.97 
 
 
472 aa  152  1e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0496  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.47 
 
 
565 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3658  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.14 
 
 
562 aa  153  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1160  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.33 
 
 
495 aa  152  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2851  NADH dehydrogenase (quinone)  29.55 
 
 
505 aa  153  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12060  NADH dehydrogenase I subunit L  31.91 
 
 
506 aa  151  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000252399  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14770  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.71 
 
 
510 aa  151  4e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.18278  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0179  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  24.32 
 
 
491 aa  150  5e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.490475  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0867  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.06 
 
 
519 aa  150  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335998  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3816  NADH dehydrogenase (quinone)  33.01 
 
 
509 aa  150  9e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.818014  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0097  NADH dehydrogenase (quinone)  28.87 
 
 
505 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.988192  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0403  sodium/proton antiporter protein  27.9 
 
 
499 aa  148  3e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.62 
 
 
535 aa  148  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0584  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.62 
 
 
535 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0596  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.62 
 
 
535 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.395006 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0061  NADH dehydrogenase (quinone)  29.83 
 
 
508 aa  147  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0980  NADH dehydrogenase (quinone)  29.31 
 
 
502 aa  147  7.0000000000000006e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.723018  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3871  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.77 
 
 
539 aa  147  8.000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4614  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.74 
 
 
561 aa  146  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.354108  hitchhiker  0.00768927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5079  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.74 
 
 
551 aa  146  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.793582 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3855  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.58 
 
 
511 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2871  NADH dehydrogenase (quinone)  29.04 
 
 
490 aa  146  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2863  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.44 
 
 
498 aa  145  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.845476  normal  0.745609 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  29.63 
 
 
480 aa  145  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0901  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.18 
 
 
503 aa  144  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  29.37 
 
 
480 aa  144  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0890  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.14 
 
 
507 aa  144  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50733  normal  0.143167 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5266  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.84 
 
 
543 aa  144  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3455  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.59 
 
 
488 aa  144  6e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.112327  normal  0.0281996 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.86 
 
 
545 aa  144  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.15 
 
 
499 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.65 
 
 
969 aa  143  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  27.88 
 
 
498 aa  143  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.805314  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0032  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  26.68 
 
 
540 aa  142  9.999999999999999e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1107  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.54 
 
 
488 aa  142  1.9999999999999998e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.980044  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1102  NADH dehydrogenase (quinone)  30.94 
 
 
507 aa  141  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.164573  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1771  NADH dehydrogenase (quinone)  27.75 
 
 
500 aa  142  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1635  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.33 
 
 
502 aa  140  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193581  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1136  NADH dehydrogenase (quinone)  29.11 
 
 
476 aa  140  7.999999999999999e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6653  Na(+)/H(+) antiporter subunit D  32.49 
 
 
529 aa  140  7.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.27 
 
 
656 aa  140  8.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.83 
 
 
538 aa  139  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18950  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.75 
 
 
543 aa  139  1e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0699  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.44 
 
 
530 aa  139  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1443  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  33.48 
 
 
501 aa  139  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0476084  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2437  NADH dehydrogenase (quinone)  31.39 
 
 
530 aa  139  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.366515 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0580  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.18 
 
 
510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0135154 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25180  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  29.98 
 
 
526 aa  137  5e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0648794  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2223  NADH dehydrogenase (quinone)  37.31 
 
 
496 aa  137  5e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0210  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.42 
 
 
525 aa  136  9.999999999999999e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.924509  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0731  quinone dependent NADH dehydrogenase  28.41 
 
 
511 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.156813  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>