103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2016 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_2016  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
306 aa  611  9.999999999999999e-175  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000701523 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73 
 
 
306 aa  448  1e-125  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.64326  normal  0.538375 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.8 
 
 
300 aa  424  1e-118  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.018451 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0004  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.78 
 
 
300 aa  413  1e-114  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1994  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.87 
 
 
315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.744815  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 
313 aa  135  9.999999999999999e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0773  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
303 aa  72.8  0.000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.224338  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  25.62 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  24.34 
 
 
316 aa  60.1  0.00000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.91 
 
 
429 aa  55.8  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.24 
 
 
506 aa  55.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.9 
 
 
381 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
317 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0105028  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.43 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  29.43 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.43 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.43 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.43 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.43 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.43 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.75 
 
 
327 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
321 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.32 
 
 
320 aa  54.3  0.000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
303 aa  53.9  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.59 
 
 
381 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
330 aa  52.8  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.608202  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
318 aa  52  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.39 
 
 
296 aa  52  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.88 
 
 
318 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
307 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.56 
 
 
307 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.9 
 
 
389 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 
411 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
306 aa  50.1  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  24.05 
 
 
340 aa  50.4  0.00004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.16 
 
 
300 aa  50.1  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.65 
 
 
312 aa  50.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  28.07 
 
 
320 aa  50.1  0.00005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
322 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.36 
 
 
336 aa  49.7  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  29.89 
 
 
366 aa  49.3  0.00007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 
307 aa  49.3  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.6 
 
 
287 aa  48.9  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
311 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 
307 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.11 
 
 
295 aa  47.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.55 
 
 
309 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.77 
 
 
295 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 
309 aa  47.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2247  carbohydrate oxidoreductase, putative  28.64 
 
 
304 aa  47  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.261746  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  27.19 
 
 
332 aa  47  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0727  carbohydrate oxidoreductase, putative  21.9 
 
 
302 aa  47  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
306 aa  47  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.3 
 
 
308 aa  46.6  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2405  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.38 
 
 
284 aa  46.6  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 
294 aa  46.6  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
319 aa  46.6  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  24.83 
 
 
360 aa  46.2  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  32.03 
 
 
332 aa  46.2  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18610  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.79 
 
 
307 aa  46.2  0.0006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.967608  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4508  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
316 aa  46.2  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.137578 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
303 aa  45.8  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
328 aa  45.8  0.0008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17671  predicted protein  25.77 
 
 
397 aa  45.8  0.0008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.659794  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5203  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.41 
 
 
345 aa  45.8  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  28.78 
 
 
294 aa  45.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  22.26 
 
 
320 aa  45.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.28 
 
 
320 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.5 
 
 
340 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.34 
 
 
309 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 
307 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.47 
 
 
318 aa  45.8  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.4 
 
 
319 aa  45.8  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.16 
 
 
299 aa  45.8  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.1 
 
 
357 aa  45.4  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.18 
 
 
309 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
335 aa  45.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  27.75 
 
 
328 aa  44.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.09 
 
 
328 aa  44.7  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  27.75 
 
 
328 aa  44.7  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11128  cholesterol dehydrogenase  22.35 
 
 
370 aa  45.1  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  32.42 
 
 
389 aa  45.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  32.42 
 
 
389 aa  44.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 
308 aa  44.3  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
286 aa  44.3  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  26.98 
 
 
321 aa  43.5  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.08 
 
 
296 aa  43.5  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.79 
 
 
309 aa  43.5  0.004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
352 aa  43.5  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  21.58 
 
 
508 aa  43.5  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.64 
 
 
313 aa  43.5  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4693  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.27 
 
 
317 aa  43.5  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  26.32 
 
 
334 aa  43.5  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
315 aa  42.7  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  24.6 
 
 
317 aa  42.7  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
326 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.73 
 
 
328 aa  42.7  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.53 
 
 
306 aa  42.7  0.008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.64 
 
 
329 aa  42.7  0.008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.75 
 
 
312 aa  42.4  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>