More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0827 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0827  inner-membrane translocator  100 
 
 		 373 aa  714    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1505  inner-membrane translocator  70.25 
 
 		 371 aa  487  1e-136  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0667876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0318  inner-membrane translocator  59.62 
 
 		 374 aa  421  1e-117  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.936924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1803  inner-membrane translocator  60.61 
 
 		 369 aa  385  1e-106  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.68636 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0601  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 349 aa  162  7e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0444  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 359 aa  155  1e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0590  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 363 aa  152  1e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.293157  hitchhiker  0.0000778251 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1581  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 363 aa  150  4e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1760  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 361 aa  137  2e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0155295  hitchhiker  0.000793372 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1487  inner-membrane translocator  30.22 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1578  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0304091  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0506  inner-membrane translocator  29.94 
 
 		 339 aa  99  1e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.791289  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4469  inner-membrane translocator  28.78 
 
 		 295 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3390  inner-membrane translocator  31.37 
 
 		 295 aa  90.1  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.635342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1828  inner-membrane translocator  27.94 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1113  branched-chain amino-acid ABC transporter, permease protein  25.55 
 
 		 343 aa  85.9  9e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3087  inner-membrane translocator  28.19 
 
 		 504 aa  85.1  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3415  inner-membrane translocator  29.18 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1147  inner-membrane translocator  27.74 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  27.22 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2030  inner-membrane translocator  28.3 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.710077  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  26.72 
 
 		 456 aa  81.3  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6412  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00673549  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6645  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4883  inner-membrane translocator  30.52 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.858319 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  27.39 
 
 		 358 aa  79.3  0.00000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6243  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 295 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.928542  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3157  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 329 aa  79  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.849677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  26.39 
 
 		 357 aa  78.6  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  25.48 
 
 		 463 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25 
 
 		 428 aa  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25 
 
 		 428 aa  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  26.14 
 
 		 356 aa  77.8  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  25.07 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  25.8 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0477  inner-membrane translocator  24.5 
 
 		 345 aa  76.6  0.0000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000104814  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  27.37 
 
 		 464 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0325  inner-membrane translocator  25.63 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.72 
 
 		 427 aa  75.9  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2210  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component  28.3 
 
 		 456 aa  75.9  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.689313  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.64 
 
 		 418 aa  75.5  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3375  inner-membrane translocator  26.25 
 
 		 390 aa  75.9  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1739  inner-membrane translocator  26.23 
 
 		 449 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0332  inner-membrane translocator  25.25 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.55 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  26.49 
 
 		 443 aa  74.7  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.55 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1894  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids  24.03 
 
 		 359 aa  75.1  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0493707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1040  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 436 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.55 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  25.84 
 
 		 398 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3058  inner-membrane translocator  24.79 
 
 		 408 aa  74.7  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.12681  hitchhiker  0.000339523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.55 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.55 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1546  inner-membrane translocator  30.8 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  27.39 
 
 		 407 aa  74.3  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  26.37 
 
 		 463 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.45 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  26.12 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3841  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20620  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  26.87 
 
 		 439 aa  73.2  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.585319  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.64 
 
 		 307 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3967  inner-membrane translocator  26.86 
 
 		 322 aa  72.4  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3572  inner-membrane translocator  28.7 
 
 		 381 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0134037 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5436  inner-membrane translocator  28.46 
 
 		 475 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  25.14 
 
 		 463 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  22.87 
 
 		 452 aa  71.6  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0602  inner-membrane translocator  25.58 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3201  inner-membrane translocator  28.82 
 
 		 428 aa  71.6  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2612  inner-membrane translocator  27.43 
 
 		 461 aa  72  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.16306  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3962  inner-membrane translocator  27.96 
 
 		 295 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.876388  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2933  inner-membrane translocator  25 
 
 		 356 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  26.38 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2494  inner-membrane translocator  24.93 
 
 		 463 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.153579  normal  0.0791512 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5324  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  27.22 
 
 		 446 aa  70.5  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.538003  normal  0.504195 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  24.19 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  24.19 
 
 		 425 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  25 
 
 		 463 aa  69.7  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.19 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2843  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 391 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.123701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.54 
 
 		 459 aa  69.7  0.00000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.19 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 357 aa  69.7  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.19 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4480  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  24.19 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  25.86 
 
 		 435 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.19 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.98 
 
 		 424 aa  69.7  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.19 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  25.89 
 
 		 353 aa  69.3  0.00000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.19 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5684  inner-membrane translocator  25.07 
 
 		 477 aa  69.3  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.08 
 
 		 459 aa  68.9  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  25.13 
 
 		 375 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  25.86 
 
 		 433 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  29.09 
 
 		 474 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  25.13 
 
 		 375 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  25.61 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3064  inner-membrane translocator  29.48 
 
 		 426 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.573213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>