More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0396 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010525  Tneu_1056  formate dehydrogenase  73.89 
 
 		 1168 aa  1842    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1994  molybdopterin oxidoreductase  70.38 
 
 		 1168 aa  1778    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.00248434  normal  0.623022 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1408  formate dehydrogenase  69.92 
 
 		 1170 aa  1745    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0396  formate dehydrogenase alpha subunit  100 
 
 		 1175 aa  2417    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0603241 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0954  molybdopterin oxidoreductase  73.79 
 
 		 1168 aa  1844    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.859689  normal  0.0860777 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.15 
 
 		 1059 aa  278  4e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.67 
 
 		 879 aa  273  2e-71  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.14 
 
 		 1010 aa  270  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1059  formate dehydrogenase alpha subunit  29.63 
 
 		 1010 aa  264  6e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.080154 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1789  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.01 
 
 		 1020 aa  262  3e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  29.06 
 
 		 1010 aa  261  4e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.27 
 
 		 1061 aa  260  9e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1868  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.89 
 
 		 1020 aa  259  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.81 
 
 		 1009 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.68 
 
 		 925 aa  256  2.0000000000000002e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.87 
 
 		 988 aa  253  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.87 
 
 		 988 aa  252  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3266  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.92 
 
 		 988 aa  249  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271284  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4582  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.08 
 
 		 989 aa  249  3e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.656955 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0827  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.3 
 
 		 1050 aa  248  4e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.798346  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5043  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.08 
 
 		 989 aa  248  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.331865  normal  0.361747 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.43 
 
 		 898 aa  248  4.9999999999999997e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6171  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.17 
 
 		 989 aa  247  6.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.796652 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0401  formate dehydrogenase alpha subunit  31.28 
 
 		 964 aa  245  3e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.298134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1109  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.48 
 
 		 963 aa  245  3.9999999999999997e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.612386  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0293  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.92 
 
 		 989 aa  245  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0057  twin-arginine translocation pathway signal  31.02 
 
 		 949 aa  244  9e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0337  molybdopterin oxidoreductase  30.24 
 
 		 949 aa  243  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4136  molybdopterin oxidoreductase  30.15 
 
 		 950 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.448434  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0233  molybdopterin oxidoreductase  30.15 
 
 		 950 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00484847 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.38 
 
 		 945 aa  241  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4072  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.23 
 
 		 957 aa  241  9e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4106  molybdopterin oxidoreductase  30 
 
 		 950 aa  240  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4224  molybdopterin oxidoreductase  30 
 
 		 950 aa  240  1e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3720  formate dehydrogenase alpha subunit  30.18 
 
 		 950 aa  240  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.933728 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3470  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.1 
 
 		 963 aa  239  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.873157  normal  0.153183 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1570  formate dehydrogenase, alpha subunit  26.77 
 
 		 1014 aa  238  4e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3791  formate dehydrogenase alpha subunit  30.03 
 
 		 950 aa  238  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1915  formate dehydrogenase alpha subunit  29.7 
 
 		 953 aa  238  5.0000000000000005e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3916  formate dehydrogenase alpha subunit  30.03 
 
 		 950 aa  238  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.733885 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  26 
 
 		 900 aa  237  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2365  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.19 
 
 		 1005 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2797  formate dehydrogenase, alpha subunit  30 
 
 		 961 aa  237  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.265518  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4509  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.97 
 
 		 949 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.22 
 
 		 927 aa  236  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2427  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.18 
 
 		 929 aa  235  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.56 
 
 		 924 aa  235  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.05 
 
 		 904 aa  235  4.0000000000000004e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3609  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.18 
 
 		 950 aa  234  7.000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2449  twin-arginine translocation pathway signal  30.27 
 
 		 973 aa  234  7.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0843  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.51 
 
 		 994 aa  234  8.000000000000001e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1120  putative formate dehydrogenase, alpha subunit  30.58 
 
 		 951 aa  234  8.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.13 
 
 		 933 aa  233  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.39 
 
 		 937 aa  234  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.84 
 
 		 893 aa  234  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1453  formate dehydrogenase  30.03 
 
 		 951 aa  233  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4421  molybdopterin oxidoreductase  30.67 
 
 		 949 aa  234  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0099  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  26.87 
 
 		 1004 aa  233  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4813  molybdopterin oxidoreductase  29.82 
 
 		 949 aa  233  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.517826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3613  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.57 
 
 		 949 aa  233  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.982249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0104  formate dehydrogenase, alpha subunit  26.9 
 
 		 1004 aa  233  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.27 
 
 		 686 aa  233  2e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0413343  normal  0.361775 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003494  formate dehydrogenase-O major subunit  29.64 
 
 		 951 aa  231  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3464  molybdopterin oxidoreductase  29.53 
 
 		 989 aa  231  5e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4119  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.13 
 
 		 754 aa  231  6e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0834  molybdopterin oxidoreductase  30.19 
 
 		 991 aa  231  6e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02278  hypothetical protein  29.51 
 
 		 951 aa  231  7e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.23 
 
 		 1011 aa  231  9e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5491  molybdopterin oxidoreductase  30.42 
 
 		 973 aa  229  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3894  formate dehydrogenase, alpha subunit  26.51 
 
 		 1028 aa  229  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3810  formate dehydrogenase, alpha subunit  26.59 
 
 		 1028 aa  229  3e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  29.04 
 
 		 695 aa  229  3e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4137  molybdopterin oxidoreductase  29.64 
 
 		 949 aa  229  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2352  molybdopterin oxidoreductase  33.48 
 
 		 1111 aa  229  3e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  30.16 
 
 		 745 aa  228  4e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0504  formate dehydrogenase alpha chain  31.29 
 
 		 986 aa  228  4e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0707  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  26.83 
 
 		 1023 aa  228  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  27.57 
 
 		 1015 aa  227  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1700  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  27.57 
 
 		 1015 aa  227  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.3444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3045  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.18 
 
 		 1015 aa  227  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  26.26 
 
 		 1016 aa  226  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  26.26 
 
 		 1016 aa  226  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  26.26 
 
 		 1016 aa  226  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0063  molybdopterin oxidoreductase  28.79 
 
 		 951 aa  225  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  26.26 
 
 		 1016 aa  226  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3203  molybdopterin oxidoreductase  30.03 
 
 		 980 aa  225  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.542235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  27.46 
 
 		 1015 aa  225  4e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2373  formate dehydrogenase large subunit  35.42 
 
 		 999 aa  225  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446398 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3795  formate dehydrogenase alpha subunit  29.02 
 
 		 950 aa  225  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3920  formate dehydrogenase alpha subunit  29.02 
 
 		 950 aa  225  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.922429 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  29.82 
 
 		 689 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3724  formate dehydrogenase alpha subunit  29.02 
 
 		 950 aa  225  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0457  molybdopterin oxidoreductase  30.12 
 
 		 980 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.23 
 
 		 1015 aa  224  8e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0389  molybdopterin oxidoreductase  29.88 
 
 		 980 aa  224  9e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0913  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.28 
 
 		 668 aa  224  9.999999999999999e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0196  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.59 
 
 		 689 aa  223  1.9999999999999999e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.202612  hitchhiker  0.00634005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3087  molybdopterin oxidoreductase  29.67 
 
 		 987 aa  223  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0421  molybdopterin oxidoreductase  29.88 
 
 		 980 aa  223  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273483  normal  0.81793 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  28 
 
 		 1003 aa  223  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>