More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1605 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1605  sensory box histidine kinase  100 
 
 
391 aa  791    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.747269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3774  PAS  87.47 
 
 
395 aa  710    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195933  normal  0.315596 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2993  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.8 
 
 
393 aa  359  5e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3183  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 
442 aa  329  4e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319198  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0619  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 
379 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0923552  normal  0.109315 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6441  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 
375 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.152019 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2150  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.92 
 
 
595 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2058  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.92 
 
 
618 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1782  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.55 
 
 
621 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.18 
 
 
776 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.103963 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5296  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.59 
 
 
776 aa  156  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0278  histidine kinase  39.11 
 
 
405 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0030  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.25 
 
 
460 aa  150  5e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.292632  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0267  histidine kinase  38.4 
 
 
405 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0256  histidine kinase  40.64 
 
 
405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.459774  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3583  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 
397 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1473  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 
1084 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1033  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.12 
 
 
557 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0278  histidine kinase  38.84 
 
 
471 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.182643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1918  sensor histidine kinase  33.83 
 
 
377 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166178 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.81 
 
 
734 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.656612  hitchhiker  0.0000890263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2123  sensor histidine kinase  37.61 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.424772  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2279  histidine kinase  36.53 
 
 
447 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4439  sensor histidine kinase  34.18 
 
 
376 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4896  sensor histidine kinase  35.86 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3228  histidine kinase  37.18 
 
 
387 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2321  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.988363 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2988  histidine kinase  33.21 
 
 
380 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.539821  normal  0.386359 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3149  histidine kinase  35.44 
 
 
383 aa  133  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.458506  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3773  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.2 
 
 
394 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719874  normal  0.310272 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2762  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3968  sensor histidine kinase  35.32 
 
 
372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.838601  normal  0.0786845 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2395  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
384 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.532876  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0106  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 
461 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00764508  normal  0.232997 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1538  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 
394 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.461461  normal  0.397408 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
405 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2483  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.95 
 
 
384 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.395564  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1606  sensor histidine kinase  34.35 
 
 
403 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0579  histidine kinase  33.47 
 
 
375 aa  121  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6991  histidine kinase  33.19 
 
 
376 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306116  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
392 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287383  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  30.33 
 
 
396 aa  114  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1870  histidine kinase  34.48 
 
 
462 aa  113  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.302467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4726  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 
368 aa  113  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4368  histidine kinase  32.11 
 
 
373 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  31.18 
 
 
728 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4077  putative PAS/PAC sensor protein  45.19 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  33.64 
 
 
728 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  44.83 
 
 
757 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6438  histidine kinase  33.06 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0650  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
382 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3993  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
390 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.967169  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5936  histidine kinase  32.23 
 
 
373 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0629  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
382 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.67365  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1111  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.93 
 
 
463 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5176  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 
570 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03779  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  30.52 
 
 
410 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.601764  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3852  putative PAS/PAC sensor protein  42.19 
 
 
391 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.83404  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2632  putative PAS/PAC sensor protein  44 
 
 
427 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3518  histidine kinase  30.53 
 
 
364 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0118  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
381 aa  103  6e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000583665  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1997  histidine kinase  30.25 
 
 
371 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.337155  normal  0.0103218 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3005  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 
549 aa  103  8e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.303527  normal  0.898724 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 
933 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2123  histidine kinase  30.42 
 
 
373 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.71002  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5387  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
375 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0971839 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3912  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
912 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.237166  normal  0.236216 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2878  PAS sensor protein  30.37 
 
 
372 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587986  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3541  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 
495 aa  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.350249  normal  0.353489 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 
1741 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3503  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.26 
 
 
1043 aa  100  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1171  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
601 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.764922  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1239  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
601 aa  99.8  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0474  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
759 aa  99.4  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.453015  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0619  putative PAS/PAC sensor protein  41.86 
 
 
391 aa  99  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 
431 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.163384  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
375 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.745377  normal  0.599724 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2643  putative PAS/PAC sensor protein  43.1 
 
 
456 aa  98.2  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.351947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  31.14 
 
 
993 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1430  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.47 
 
 
737 aa  97.4  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.224344 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0645  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
467 aa  97.4  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0694  external sensor signal transduction histidine kinase  29.04 
 
 
592 aa  97.8  3e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.52754  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1012  response regulator, histidine kinase  27.99 
 
 
578 aa  97.4  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2680  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 
431 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0421491  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4207  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 
370 aa  97.1  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 
431 aa  96.7  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.105208  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3517  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 
407 aa  96.7  7e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 
503 aa  96.3  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1628  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.96 
 
 
1026 aa  96.3  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.677715  normal  0.19967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  31.14 
 
 
1003 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2893  putative PAS/PAC sensor protein  40.62 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2937  putative PAS/PAC sensor protein  40.62 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1810  PAS sensor protein  28.31 
 
 
829 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000473758 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2329  histidine kinase  33.19 
 
 
470 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0792  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  27.82 
 
 
476 aa  94  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0106036 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4364  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.56 
 
 
572 aa  94  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0832  histidine kinase  29.95 
 
 
383 aa  94  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636786  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2923  putative PAS/PAC sensor protein  39.84 
 
 
393 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.212662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4422  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  26.86 
 
 
1274 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.381764  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2230  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.36 
 
 
707 aa  93.6  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.129446  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>