More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4896 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4896  sensor histidine kinase  100 
 
 
376 aa  763    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4439  sensor histidine kinase  87.23 
 
 
376 aa  676    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0579  histidine kinase  65.87 
 
 
375 aa  462  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3149  histidine kinase  45.09 
 
 
383 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.458506  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2279  histidine kinase  42.06 
 
 
447 aa  300  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1918  sensor histidine kinase  41.76 
 
 
377 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166178 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2123  histidine kinase  40.27 
 
 
373 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.71002  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6991  histidine kinase  40.16 
 
 
376 aa  264  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306116  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2988  histidine kinase  39.1 
 
 
380 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.539821  normal  0.386359 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3968  sensor histidine kinase  39.41 
 
 
372 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.838601  normal  0.0786845 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5936  histidine kinase  39.52 
 
 
373 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1997  histidine kinase  39.47 
 
 
371 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.337155  normal  0.0103218 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6438  histidine kinase  39.26 
 
 
373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4368  histidine kinase  37.93 
 
 
373 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3518  histidine kinase  37.23 
 
 
364 aa  230  4e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2123  sensor histidine kinase  40.54 
 
 
306 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.424772  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1782  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
621 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2150  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.01 
 
 
595 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2058  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.01 
 
 
618 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2762  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  32.25 
 
 
373 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0278  histidine kinase  37 
 
 
405 aa  154  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0030  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.29 
 
 
460 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.292632  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0256  histidine kinase  37 
 
 
405 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.459774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 
734 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.656612  hitchhiker  0.0000890263 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0267  histidine kinase  36.56 
 
 
405 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0650  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
382 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1033  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 
557 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3774  PAS  36.82 
 
 
395 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195933  normal  0.315596 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0629  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 
382 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.67365  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1538  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
394 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.461461  normal  0.397408 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3228  histidine kinase  36.09 
 
 
387 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5387  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 
375 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0971839 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1605  sensory box histidine kinase  35.86 
 
 
391 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.747269  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0106  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
461 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00764508  normal  0.232997 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3993  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.22 
 
 
390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.967169  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 
375 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.745377  normal  0.599724 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2321  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
396 aa  133  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.988363 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0619  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
379 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0923552  normal  0.109315 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0278  histidine kinase  34.51 
 
 
471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.182643 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3183  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
442 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319198  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
405 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03779  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  32.94 
 
 
410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.601764  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3773  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  36.36 
 
 
394 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719874  normal  0.310272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1606  sensor histidine kinase  37.23 
 
 
403 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
392 aa  129  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287383  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4207  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.05 
 
 
370 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1473  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
1084 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2993  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
393 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3912  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
912 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.237166  normal  0.236216 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  34.53 
 
 
396 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2395  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.532876  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2237  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.93 
 
 
381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.5102  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2325  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.93 
 
 
381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.830525  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6441  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 
375 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.152019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3583  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
397 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2802  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 
406 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2483  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
384 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.395564  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  31.22 
 
 
728 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1000  histidine kinase  25.91 
 
 
385 aa  108  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.146298  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  30.38 
 
 
728 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2235  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 
716 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.530022  normal  0.014643 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1740  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
377 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0832  histidine kinase  27.62 
 
 
383 aa  105  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636786  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1870  histidine kinase  34.23 
 
 
462 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.302467 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3781  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
592 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.233259  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1623  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
377 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.632325  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2765  histidine kinase  33.08 
 
 
450 aa  103  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000790139 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
404 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
592 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.130733  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
958 aa  103  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
730 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.996582  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5176  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
570 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4726  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
368 aa  102  7e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3370  PAS sensor protein  29.28 
 
 
713 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.277761  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
815 aa  102  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 
431 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.105208  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6537  histidine kinase  31.58 
 
 
742 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4054  histidine kinase  30.97 
 
 
547 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3541  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
495 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.350249  normal  0.353489 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
1070 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
1069 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.095908  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1495  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.38 
 
 
389 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1522  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
389 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 
733 aa  100  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0214  sensor histidine kinase  29.07 
 
 
455 aa  100  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178766  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2120  multisensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 
682 aa  100  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0253  sensor histidine kinase  29.07 
 
 
455 aa  100  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.16897e-16 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3165  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
389 aa  100  6e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00426594  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0172  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
395 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1732  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
408 aa  99.4  9e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0544412  decreased coverage  0.000497213 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0496  histidine kinase  31.36 
 
 
554 aa  99  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000434752 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0783  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
479 aa  99  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1822  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
488 aa  99  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 
431 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.163384  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0792  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
592 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.389456  hitchhiker  0.00398352 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.75 
 
 
1352 aa  98.2  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2109  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 
408 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2715  sensor histidine kinase/response regulator  29.92 
 
 
393 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.615592  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
592 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4696  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  30.07 
 
 
1214 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>