More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2993 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2993  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
393 aa  800    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1605  sensory box histidine kinase  47.8 
 
 
391 aa  359  5e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.747269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3774  PAS  46.56 
 
 
395 aa  352  4e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195933  normal  0.315596 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3183  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.05 
 
 
442 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319198  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0619  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.41 
 
 
379 aa  196  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0923552  normal  0.109315 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6441  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.55 
 
 
375 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.152019 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1782  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 
621 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2058  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.62 
 
 
618 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2150  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.09 
 
 
595 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2762  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 
373 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.96 
 
 
776 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.103963 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5296  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.75 
 
 
776 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1918  sensor histidine kinase  32.25 
 
 
377 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166178 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3773  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.76 
 
 
394 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719874  normal  0.310272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2123  sensor histidine kinase  37.27 
 
 
306 aa  136  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.424772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4439  sensor histidine kinase  32.95 
 
 
376 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1473  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
1084 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1538  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.93 
 
 
394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.461461  normal  0.397408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3968  sensor histidine kinase  29.67 
 
 
372 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.838601  normal  0.0786845 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3912  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
912 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.237166  normal  0.236216 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0030  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
460 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.292632  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2279  histidine kinase  33.88 
 
 
447 aa  123  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3583  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 
397 aa  124  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
734 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.656612  hitchhiker  0.0000890263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4896  sensor histidine kinase  32.8 
 
 
376 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2988  histidine kinase  31.82 
 
 
380 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.539821  normal  0.386359 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1606  sensor histidine kinase  32.16 
 
 
403 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2483  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
384 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.395564  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0278  histidine kinase  34.27 
 
 
405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3228  histidine kinase  35.22 
 
 
387 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0256  histidine kinase  34.27 
 
 
405 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.459774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0267  histidine kinase  34.27 
 
 
405 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 
733 aa  116  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1033  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 
557 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2395  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.532876  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
392 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287383  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03779  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  31.25 
 
 
410 aa  112  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.601764  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3149  histidine kinase  30.33 
 
 
383 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.458506  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  29.18 
 
 
396 aa  112  9e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  35.15 
 
 
728 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 
405 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2321  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 
396 aa  111  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.988363 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0106  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
461 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00764508  normal  0.232997 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4726  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
368 aa  109  8.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  34.65 
 
 
728 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0579  histidine kinase  31.36 
 
 
375 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3993  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
390 aa  109  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.967169  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  45.45 
 
 
757 aa  108  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4250  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
969 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356606  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3165  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 
389 aa  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00426594  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0650  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 
382 aa  106  8e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0832  histidine kinase  31.8 
 
 
383 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636786  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0278  histidine kinase  31.03 
 
 
471 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.182643 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3084  histidine kinase  29.25 
 
 
496 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000309277  hitchhiker  0.00206907 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0547  histidine kinase  31.96 
 
 
527 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0629  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
382 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.67365  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4077  putative PAS/PAC sensor protein  45.1 
 
 
135 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6991  histidine kinase  29.58 
 
 
376 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306116  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5642  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.73 
 
 
768 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.203801 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1500  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 
590 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1000  histidine kinase  27.23 
 
 
385 aa  101  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.146298  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6390  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.88 
 
 
770 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.186908 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0619  putative PAS/PAC sensor protein  43.85 
 
 
391 aa  100  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5176  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 
570 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0290  histidine kinase  31.22 
 
 
333 aa  100  6e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2878  PAS sensor protein  29.55 
 
 
372 aa  100  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587986  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
640 aa  99.8  7e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3393  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
607 aa  99.8  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.391866  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3852  putative PAS/PAC sensor protein  38.81 
 
 
391 aa  99  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.83404  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4207  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 
370 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2038  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 
363 aa  99  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.253762  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1732  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
408 aa  98.6  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0544412  decreased coverage  0.000497213 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7014  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.72 
 
 
781 aa  97.8  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3503  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 
1043 aa  97.4  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5936  histidine kinase  27.78 
 
 
373 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
431 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.105208  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
592 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3518  histidine kinase  32.03 
 
 
364 aa  97.1  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 
518 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.315276 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4719  sensory box histidine kinase PhoR  31.88 
 
 
587 aa  96.3  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1810  PAS sensor protein  28.76 
 
 
829 aa  96.7  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000473758 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0053  two component sensor histidine kinase  31.51 
 
 
867 aa  96.3  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 
857 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485802  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1908  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 
487 aa  96.3  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0218614  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2521  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.9 
 
 
457 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4483  sensory box histidine kinase PhoR  31.88 
 
 
587 aa  95.9  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4318  phosphate regulon sensor protein  31.88 
 
 
587 aa  95.9  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4329  phosphate regulon sensor protein  31.88 
 
 
587 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2062  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 
358 aa  95.5  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.27635  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4832  sensory box histidine kinase PhoR  31.88 
 
 
587 aa  95.9  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.714625  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.17 
 
 
584 aa  95.9  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1528  histidine kinase  26.56 
 
 
389 aa  95.9  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2632  putative PAS/PAC sensor protein  40.31 
 
 
427 aa  95.9  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4418  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
587 aa  95.5  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4703  sensory box histidine kinase PhoR  31.88 
 
 
587 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53621e-18 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.02 
 
 
958 aa  95.1  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4713  sensory box histidine kinase PhoR  31.88 
 
 
587 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3541  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 
495 aa  94.7  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.350249  normal  0.353489 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6083  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.98 
 
 
360 aa  95.1  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
608 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.765653  hitchhiker  0.000174254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>