More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3852 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3852  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
391 aa  763    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.83404  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2643  putative PAS/PAC sensor protein  48.12 
 
 
456 aa  316  5e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.351947 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2632  putative PAS/PAC sensor protein  48.86 
 
 
427 aa  299  6e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2893  putative PAS/PAC sensor protein  45.55 
 
 
393 aa  298  1e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2937  putative PAS/PAC sensor protein  45.55 
 
 
393 aa  298  1e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2923  putative PAS/PAC sensor protein  45.29 
 
 
393 aa  295  8e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.212662 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3857  putative PAS/PAC sensor protein  43.92 
 
 
388 aa  279  7e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.116252 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0619  putative PAS/PAC sensor protein  47.46 
 
 
391 aa  262  6.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2742  protein phosphatase 2C domain-containing protein  44.26 
 
 
438 aa  159  7e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0101851  normal  0.919668 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0619  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.6 
 
 
379 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0923552  normal  0.109315 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3436  protein serine/threonine phosphatase  44.57 
 
 
488 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0107895  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  50.81 
 
 
757 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1690  putative PAS/PAC sensor protein  36.76 
 
 
377 aa  123  5e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.074722  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4077  putative PAS/PAC sensor protein  52.68 
 
 
135 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4364  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.2 
 
 
572 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.07 
 
 
584 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  41.5 
 
 
437 aa  117  5e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0145  protein serine/threonine phosphatase  38.85 
 
 
425 aa  117  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5539  putative GAF sensor protein  39.29 
 
 
431 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.509272  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5158  serine phosphatase  38.89 
 
 
431 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5247  putative GAF sensor protein  38.89 
 
 
431 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0186  protein serine/threonine phosphatase  38.49 
 
 
512 aa  113  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3183  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.69 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319198  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5296  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 
776 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3774  PAS  41.55 
 
 
395 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195933  normal  0.315596 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2911  protein serine/threonine phosphatase  41.18 
 
 
658 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 
776 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.103963 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2162  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.56 
 
 
1017 aa  107  5e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266871  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  39.38 
 
 
581 aa  106  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6441  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.35 
 
 
375 aa  106  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.152019 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0541  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.61 
 
 
445 aa  106  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1196  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.02 
 
 
1004 aa  105  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.472848  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1605  sensory box histidine kinase  42.19 
 
 
391 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.747269  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.65 
 
 
1051 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0864  putative PAS/PAC sensor protein  36.1 
 
 
633 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  42.86 
 
 
738 aa  102  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5090  protein serine/threonine phosphatase  36.73 
 
 
487 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000290329  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3103  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.13 
 
 
619 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.2 
 
 
688 aa  100  4e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2993  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.81 
 
 
393 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 
765 aa  98.2  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1421  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.82 
 
 
995 aa  97.8  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  35.85 
 
 
438 aa  97.8  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  35.52 
 
 
847 aa  96.3  9e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4921  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.97 
 
 
549 aa  95.9  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.923256  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  36.02 
 
 
744 aa  95.5  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4764  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  26.05 
 
 
482 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0579698  hitchhiker  0.0000553449 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  33.88 
 
 
585 aa  94.7  3e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4657  serine phosphatase  35.57 
 
 
467 aa  94  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.767582  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1031  putative GAF sensor protein  40.74 
 
 
525 aa  93.2  7e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0663  protein serine/threonine phosphatase  37.44 
 
 
846 aa  92.8  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.2 
 
 
728 aa  92.8  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2931  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.28 
 
 
563 aa  92.4  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0258566  normal  0.261187 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  34.68 
 
 
385 aa  92.4  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
832 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2520  stage II sporulation E family protein  32 
 
 
683 aa  92.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.700414 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.68 
 
 
560 aa  91.7  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  38.86 
 
 
697 aa  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  34.11 
 
 
743 aa  90.9  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0643  stage II sporulation E family protein  31.48 
 
 
708 aa  91.3  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  33.47 
 
 
776 aa  90.9  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
1578 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2554  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.04 
 
 
997 aa  89.7  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0376  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
408 aa  89.7  7e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000066026  normal  0.449331 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3932  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.22 
 
 
388 aa  89.7  8e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.380742 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8733  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.89 
 
 
532 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4441  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.7 
 
 
792 aa  87.8  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.794262  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.76 
 
 
1611 aa  87.4  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.85 
 
 
1332 aa  87  5e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.24 
 
 
523 aa  87  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  37.37 
 
 
716 aa  86.7  6e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  37.56 
 
 
693 aa  86.7  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1524  putative PAS/PAC sensor protein  28.9 
 
 
409 aa  86.7  7e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2204  serine phosphatase  30.11 
 
 
644 aa  86.7  7e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.206885  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  38.24 
 
 
713 aa  86.3  8e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0739  serine phosphatase  29.74 
 
 
474 aa  86.3  8e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.339985  normal  0.531865 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  36 
 
 
453 aa  86.3  9e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  33.06 
 
 
693 aa  86.3  9e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  33.2 
 
 
830 aa  85.9  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5805  putative GAF sensor protein  38.5 
 
 
550 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1652  stage II sporulation E family protein  29.74 
 
 
687 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.0030302 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0665  protein serine/threonine phosphatase  35.08 
 
 
800 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1584  protein serine/threonine phosphatase  31.85 
 
 
649 aa  85.5  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.63374 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0278  Serine phosphatase  31.22 
 
 
463 aa  84.7  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0060  serine phosphatase  28.5 
 
 
706 aa  84.7  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0461367 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 
1711 aa  85.1  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  36.89 
 
 
851 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  35.64 
 
 
692 aa  84.7  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.79 
 
 
616 aa  84.7  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2264  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.73 
 
 
525 aa  84.7  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2066  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.48 
 
 
507 aa  84.3  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  33.07 
 
 
574 aa  84.7  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  36.86 
 
 
760 aa  84  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1825  putative PAS/PAC sensor protein  28.1 
 
 
642 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000986123 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  29.28 
 
 
721 aa  83.6  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
1370 aa  83.6  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3323  serine phosphatase  37.97 
 
 
550 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3385  stage II sporulation E family protein  37.97 
 
 
550 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.115844  normal  0.0708395 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3334  stage II sporulation E family protein  37.97 
 
 
550 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.231097 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4104  stage II sporulation E family protein  36.04 
 
 
694 aa  83.6  0.000000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>