More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3149 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3149  histidine kinase  100 
 
 
383 aa  779    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.458506  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4439  sensor histidine kinase  45.53 
 
 
376 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4896  sensor histidine kinase  45.09 
 
 
376 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0579  histidine kinase  44.74 
 
 
375 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1918  sensor histidine kinase  39.84 
 
 
377 aa  265  7e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166178 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2279  histidine kinase  42.22 
 
 
447 aa  262  8e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1997  histidine kinase  40.85 
 
 
371 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.337155  normal  0.0103218 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2123  histidine kinase  40.74 
 
 
373 aa  259  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.71002  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2988  histidine kinase  37.31 
 
 
380 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.539821  normal  0.386359 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6991  histidine kinase  40.47 
 
 
376 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306116  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5936  histidine kinase  40.53 
 
 
373 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6438  histidine kinase  41.05 
 
 
373 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4368  histidine kinase  40.58 
 
 
373 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3968  sensor histidine kinase  37.77 
 
 
372 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.838601  normal  0.0786845 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2123  sensor histidine kinase  38.94 
 
 
306 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.424772  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3518  histidine kinase  36.07 
 
 
364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0278  histidine kinase  39.91 
 
 
405 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0267  histidine kinase  39.91 
 
 
405 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0256  histidine kinase  38.57 
 
 
405 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.459774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0278  histidine kinase  39.29 
 
 
471 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.182643 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1538  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.78 
 
 
394 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.461461  normal  0.397408 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1033  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.16 
 
 
557 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2058  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 
618 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6441  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 
375 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.152019 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0832  histidine kinase  31.67 
 
 
383 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636786  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 
392 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287383  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2150  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.96 
 
 
595 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1605  sensory box histidine kinase  35.44 
 
 
391 aa  133  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.747269  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2321  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 
396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.988363 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3774  PAS  35.02 
 
 
395 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195933  normal  0.315596 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3773  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.66 
 
 
394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719874  normal  0.310272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0619  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0923552  normal  0.109315 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 
734 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.656612  hitchhiker  0.0000890263 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1473  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 
1084 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1606  sensor histidine kinase  36.8 
 
 
403 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2762  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
373 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2395  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
384 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.532876  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5176  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.84 
 
 
570 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0030  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
460 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.292632  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1000  histidine kinase  28.62 
 
 
385 aa  125  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.146298  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1782  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
621 aa  123  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  34.82 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03779  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  30.34 
 
 
410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.601764  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
405 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3993  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.5 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.967169  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0650  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
382 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0539  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.12 
 
 
816 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146269  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3583  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 
397 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
958 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3183  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
442 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319198  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3122  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 
540 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.340394  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2483  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
384 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.395564  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3912  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
912 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.237166  normal  0.236216 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2142  histidine kinase  33.46 
 
 
502 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.000590991  normal  0.0793761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2993  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 
393 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0172  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.83 
 
 
395 aa  112  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2956  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.35 
 
 
752 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.660632  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1671  histidine kinase  32.89 
 
 
755 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408129  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0792  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 
592 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.389456  hitchhiker  0.00398352 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2387  histidine kinase  32.68 
 
 
400 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0912587 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0629  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.67365  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1788  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
763 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0521  multi sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 
1344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
763 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3228  histidine kinase  35.68 
 
 
387 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  34.31 
 
 
728 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2090  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 
763 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163656  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3043  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.44 
 
 
738 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0109423  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0106  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
461 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00764508  normal  0.232997 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3151  histidine kinase  31 
 
 
741 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.105074  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1520  signal transduction histidine kinase (STHK) with CheB and CheR activity  34.06 
 
 
1303 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.124967  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1498  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
1070 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.308131  normal  0.537019 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
503 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  32.07 
 
 
728 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2235  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
716 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.530022  normal  0.014643 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1722  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 
763 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.418059 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
399 aa  106  7e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
885 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.193403  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0833  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.55 
 
 
722 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.357142  unclonable  0.00000000104285 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3795  histidine kinase  34.87 
 
 
725 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.421724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3758  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 
408 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.734482 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2590  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
405 aa  104  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.413696 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0102  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
763 aa  103  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2875  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.75 
 
 
1261 aa  103  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.948484 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2815  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
412 aa  103  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
733 aa  102  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
1070 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0806  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 
587 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3503  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 
1043 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4198  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.07 
 
 
1185 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.996958 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2005  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
408 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.343751 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16710  signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
554 aa  101  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0521739 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  30.93 
 
 
1629 aa  102  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
515 aa  100  3e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.880509  hitchhiker  0.00000493136 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2109  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
408 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 
760 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00762207 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0290  histidine kinase  26.67 
 
 
333 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4482  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
718 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.149473  decreased coverage  0.00105308 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
375 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.745377  normal  0.599724 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2417  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  33.48 
 
 
1535 aa  100  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.117494  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>