83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3044 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3044  lambda family phage portal protein  100 
 
 		 497 aa  1018    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426475  normal  0.205307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1197  lambda family phage portal protein  83.71 
 
 		 488 aa  828    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3410  portal protein  81.17 
 
 		 493 aa  817    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.797214  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1875  lambda family phage portal protein  48.8 
 
 		 495 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2048  lambda family phage portal protein  45.17 
 
 		 494 aa  404  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2897  lambda family phage portal protein  45.57 
 
 		 494 aa  401  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1260  lambda family phage portal protein  45.57 
 
 		 494 aa  399  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0857  bacteriophage-like protein  45.59 
 
 		 508 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.122714 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2576  lambda family phage portal protein  45.49 
 
 		 494 aa  387  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189282 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2818  lambda family phage portal protein  44.97 
 
 		 494 aa  386  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2746  lambda family phage portal protein  46.68 
 
 		 494 aa  386  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621282 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1325  lambda family phage portal protein  46.68 
 
 		 494 aa  386  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3432  lambda family phage portal protein  43.4 
 
 		 588 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2660  prophage LambdaMc01, lambda family portal protein  45.38 
 
 		 502 aa  369  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0679  Phage portal protein, lambda  41.92 
 
 		 482 aa  369  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.468195  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3207  phage portal protein, lambda family  45.16 
 
 		 499 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5773  phage portal protein, lambda family  42.92 
 
 		 530 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3359  lambda family phage portal protein  42.01 
 
 		 496 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.591009 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3860  phage portal protein, lambda family  42.23 
 
 		 537 aa  345  8.999999999999999e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3783  bacteriophage-related protein lambda family phage portal protein  42.01 
 
 		 496 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.401598  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0281  phage portal protein, lambda family  40.57 
 
 		 539 aa  342  1e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6669  phage portal protein, lambda family  41.52 
 
 		 511 aa  333  3e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2822  lambda family phage portal protein  41.3 
 
 		 472 aa  306  6e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.386904 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0733  Phage portal protein, lambda  35.24 
 
 		 487 aa  230  4e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.660834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1172  phage portal protein, lambda family  34.74 
 
 		 489 aa  229  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.751074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0808  Phage portal protein, lambda  33.79 
 
 		 511 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.343711  normal  0.0107339 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2308  lambda family phage portal protein  32.52 
 
 		 510 aa  203  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0803517  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1505  lambda family phage portal protein  29.82 
 
 		 516 aa  202  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0136  lambda family phage portal protein  31.92 
 
 		 443 aa  189  8e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4684  lambda family phage portal protein  31.33 
 
 		 500 aa  186  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.892524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2191  lambda family phage portal protein  32.41 
 
 		 497 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000483953 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6598  lambda family phage portal protein  29.08 
 
 		 512 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1151  phage-related portal protein  27.55 
 
 		 528 aa  137  4e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0412  phage-related portal protein  27.55 
 
 		 528 aa  137  4e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1171  lambda family phage portal protein  27.08 
 
 		 528 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3174  phage portal protein, lambda  25.78 
 
 		 536 aa  134  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2254  lambda family phage portal protein  26.58 
 
 		 529 aa  129  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.347018  normal  0.189888 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1300  phage portal protein, lambda  26.99 
 
 		 537 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.616273 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1204  lambda family phage portal protein  23.63 
 
 		 531 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4921  lambda family phage portal protein  25.54 
 
 		 524 aa  110  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.149822 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0120  phage portal protein, lambda  29.02 
 
 		 281 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0615825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1062  lambda family phage portal protein  26.61 
 
 		 517 aa  106  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.544007 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0596  phage portal protein, lambda family  26.96 
 
 		 532 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1784  lambda family phage portal protein  26.52 
 
 		 431 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1070  phage portal protein lambda family  25.65 
 
 		 515 aa  94.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.815422  hitchhiker  0.0000926741 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1142  phage portal protein, lambda family  25.65 
 
 		 515 aa  94.7  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.57853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1658  lambda family phage portal protein  22.22 
 
 		 574 aa  93.6  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0805551  normal  0.257873 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1407  phage portal protein, lambda family  25.43 
 
 		 515 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  hitchhiker  0.000144883 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2813  phage portal protein lambda family  23.44 
 
 		 526 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.579589 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1288  phage portal protein, lambda family  23.08 
 
 		 530 aa  91.3  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1456  phage portal protein, lambda family  23.17 
 
 		 530 aa  90.9  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2775  phage portal protein, lambda family  23.03 
 
 		 530 aa  87  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1188  phage portal protein, lambda family  23.03 
 
 		 530 aa  87  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1863  phage portal protein, lambda family  24.49 
 
 		 500 aa  87  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3203  phage portal protein, lambda family  24.49 
 
 		 500 aa  87  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00254824 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1677  phage portal protein, lambda family protein  24.29 
 
 		 519 aa  86.7  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0694  phage portal protein, lambda family  25 
 
 		 511 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000299773 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3250  phage portal protein, lambda  27.02 
 
 		 524 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1785  phage portal protein, lambda family  20.16 
 
 		 533 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0988466 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2093  lambda family phage portal protein  20.28 
 
 		 533 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0127798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1622  phage portal protein, lambda family  20.16 
 
 		 533 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0251357 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1887  lambda family phage portal protein  22.95 
 
 		 556 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000167275 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3134  putative phage portal protein, lambda family  25.55 
 
 		 1156 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244044 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10038  capsid component  19.88 
 
 		 533 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00733  hypothetical protein  19.88 
 
 		 533 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01980  hypothetical protein  20.21 
 
 		 518 aa  76.6  0.0000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0782  phage portal protein, lambda family  25.21 
 
 		 524 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.339104 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0786  lambda family phage portal protein  24.64 
 
 		 524 aa  73.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0469703 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2092  lambda family phage portal protein  24.35 
 
 		 524 aa  72.8  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.778496  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3599  lambda family phage portal protein  24.64 
 
 		 524 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0755  lambda family phage portal protein  24.93 
 
 		 524 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0370  putative phage related protein  28.49 
 
 		 210 aa  68.9  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4145  lambda family phage portal protein  21.4 
 
 		 534 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.178947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2462  phage portal protein, lambda family  22.29 
 
 		 536 aa  60.8  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1445  lambda family phage portal protein  25.28 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3064  putative phage portal protein Gp17  21.99 
 
 		 551 aa  53.9  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0202724  hitchhiker  0.000118688 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1335  Bacteriophage capsid protein-like protein  19.67 
 
 		 466 aa  53.1  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0058198 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2391  phage portal protein, lambda  21.82 
 
 		 538 aa  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3545  portal protein lambda  23.85 
 
 		 453 aa  51.6  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0434761  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2512  lambda family phage portal protein  27.33 
 
 		 245 aa  49.3  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0895  phage portal protein, lambda family  21.6 
 
 		 257 aa  45.8  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2128  Bacteriophage capsid protein-like protein  21.34 
 
 		 494 aa  45.8  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2312  Bacteriophage capsid protein  22.52 
 
 		 545 aa  44.3  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>