57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0120 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0120  phage portal protein, lambda  100 
 
 		 281 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0615825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0808  Phage portal protein, lambda  70.93 
 
 		 511 aa  397  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.343711  normal  0.0107339 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1505  lambda family phage portal protein  48.71 
 
 		 516 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2308  lambda family phage portal protein  48.11 
 
 		 510 aa  268  8.999999999999999e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0803517  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0733  Phage portal protein, lambda  41.08 
 
 		 487 aa  190  2.9999999999999997e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.660834 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3207  phage portal protein, lambda family  37.81 
 
 		 499 aa  175  8e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2660  prophage LambdaMc01, lambda family portal protein  37.81 
 
 		 502 aa  171  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1172  phage portal protein, lambda family  38 
 
 		 489 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.751074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0857  bacteriophage-like protein  37.1 
 
 		 508 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.122714 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2822  lambda family phage portal protein  39.22 
 
 		 472 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.386904 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6598  lambda family phage portal protein  36.8 
 
 		 512 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1260  lambda family phage portal protein  35.71 
 
 		 494 aa  155  6e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2048  lambda family phage portal protein  34.64 
 
 		 494 aa  155  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2818  lambda family phage portal protein  34.64 
 
 		 494 aa  155  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2897  lambda family phage portal protein  34.25 
 
 		 494 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1325  lambda family phage portal protein  33.56 
 
 		 494 aa  153  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2576  lambda family phage portal protein  33.56 
 
 		 494 aa  153  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189282 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2746  lambda family phage portal protein  33.56 
 
 		 494 aa  153  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5773  phage portal protein, lambda family  35.74 
 
 		 530 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4684  lambda family phage portal protein  30.61 
 
 		 500 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.892524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6669  phage portal protein, lambda family  32.83 
 
 		 511 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2191  lambda family phage portal protein  32.26 
 
 		 497 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000483953 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3359  lambda family phage portal protein  32.72 
 
 		 496 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.591009 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3860  phage portal protein, lambda family  33.08 
 
 		 537 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3783  bacteriophage-related protein lambda family phage portal protein  31.99 
 
 		 496 aa  125  9e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.401598  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0281  phage portal protein, lambda family  33.33 
 
 		 539 aa  116  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0136  lambda family phage portal protein  34.31 
 
 		 443 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1875  lambda family phage portal protein  31.52 
 
 		 495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1197  lambda family phage portal protein  29.67 
 
 		 488 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3044  lambda family phage portal protein  29.02 
 
 		 497 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426475  normal  0.205307 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3432  lambda family phage portal protein  29.2 
 
 		 588 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3410  portal protein  27.43 
 
 		 493 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.797214  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3174  phage portal protein, lambda  29.81 
 
 		 536 aa  93.6  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0679  Phage portal protein, lambda  29.6 
 
 		 482 aa  89  8e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.468195  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1784  lambda family phage portal protein  27.2 
 
 		 431 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1171  lambda family phage portal protein  27.38 
 
 		 528 aa  75.9  0.0000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0412  phage-related portal protein  27.2 
 
 		 528 aa  73.9  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1151  phage-related portal protein  27.2 
 
 		 528 aa  73.9  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1062  lambda family phage portal protein  27.27 
 
 		 517 aa  69.7  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.544007 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1300  phage portal protein, lambda  25.29 
 
 		 537 aa  69.3  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.616273 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0370  putative phage related protein  32.68 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1658  lambda family phage portal protein  26.34 
 
 		 574 aa  62.4  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0805551  normal  0.257873 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1204  lambda family phage portal protein  26.81 
 
 		 531 aa  61.6  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0596  phage portal protein, lambda family  27.2 
 
 		 532 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3545  portal protein lambda  25 
 
 		 453 aa  53.9  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0434761  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1407  phage portal protein, lambda family  28.4 
 
 		 515 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  hitchhiker  0.000144883 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2254  lambda family phage portal protein  27.06 
 
 		 529 aa  53.5  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.347018  normal  0.189888 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1070  phage portal protein lambda family  27.98 
 
 		 515 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.815422  hitchhiker  0.0000926741 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0694  phage portal protein, lambda family  25.42 
 
 		 511 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000299773 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1142  phage portal protein, lambda family  27.16 
 
 		 515 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.57853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1887  lambda family phage portal protein  25.29 
 
 		 556 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000167275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2391  phage portal protein, lambda  22.86 
 
 		 538 aa  47.4  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4921  lambda family phage portal protein  23.77 
 
 		 524 aa  45.8  0.0009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.149822 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1863  phage portal protein, lambda family  25.2 
 
 		 500 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3203  phage portal protein, lambda family  25.2 
 
 		 500 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00254824 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3064  putative phage portal protein Gp17  24.52 
 
 		 551 aa  43.9  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0202724  hitchhiker  0.000118688 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2813  phage portal protein lambda family  23.64 
 
 		 526 aa  42  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.579589 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>