More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0326 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_0326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
194 aa  391  1e-108  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2545  RNA polymerase sigma factor SigX  29.86 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202288  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2501  RNA polymerase sigma factor SigX  29.86 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000120848  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2732  RNA polymerase sigma factor SigX  29.86 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000206332  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2466  RNA polymerase sigma factor SigX  30.56 
 
 
176 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000321511  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2740  RNA polymerase sigma factor SigX  29.17 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.2835e-25 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1985  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.12 
 
 
179 aa  65.1  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0668823 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
167 aa  63.5  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1350  RNA polymerase sigma factor SigL  29.01 
 
 
171 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1621  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.97 
 
 
165 aa  63.2  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.867199 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1049  RNA polymerase sigma factor SigL  28.75 
 
 
166 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1065  RNA polymerase sigma factor SigL  28.75 
 
 
166 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.279523 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.72 
 
 
216 aa  61.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
171 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1270  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.97 
 
 
188 aa  59.7  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000738392 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1077  RNA polymerase sigma factor SigL  28.12 
 
 
166 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.829814  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  29.09 
 
 
190 aa  59.3  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.5 
 
 
171 aa  59.7  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10749  RNA polymerase sigma factor SigL  29.45 
 
 
177 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0300065  normal  0.246355 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 
189 aa  58.5  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 
189 aa  58.2  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  27.06 
 
 
203 aa  58.2  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4279  RNA polymerase sigma factor SigX  26.57 
 
 
176 aa  58.2  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0189569  normal  0.013178 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.24 
 
 
214 aa  58.2  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1023  RNA polymerase sigma factor SigX  26.57 
 
 
176 aa  58.2  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1805  RNA polymerase sigma factor SigX  28.67 
 
 
172 aa  57.8  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.743357 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  27.88 
 
 
183 aa  57.4  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18120  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  29.87 
 
 
299 aa  57.4  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2496  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.39 
 
 
177 aa  57.4  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.420633  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5019  RNA polymerase sigma factor SigL  29.01 
 
 
171 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.424714 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3133  RNA polymerase sigma factor SigX  27.14 
 
 
176 aa  57.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7564  RNA polymerase sigma factor  27.21 
 
 
181 aa  57  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3939  RNA polymerase sigma factor SigX  25.87 
 
 
176 aa  57  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000363461  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3098  RNA polymerase sigma-70 factor  29.81 
 
 
199 aa  57  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.29649 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.45 
 
 
210 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2131  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
166 aa  56.2  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.633257  normal  0.118205 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0091  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  26.28 
 
 
180 aa  55.8  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.405692  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3746  RNA polymerase sigma factor  26.37 
 
 
184 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.352624 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0696  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.4 
 
 
211 aa  56.2  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000147428  decreased coverage  0.0000446652 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0241  RNA polymerase sigma factor  28.05 
 
 
202 aa  55.8  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.421712  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.14 
 
 
190 aa  55.5  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0252  RNA polymerase sigma factor  28.05 
 
 
202 aa  55.5  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.105605  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.38 
 
 
201 aa  55.5  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
176 aa  55.5  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0545  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.63 
 
 
175 aa  55.1  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.54892  normal  0.0924037 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 
188 aa  55.1  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  29.68 
 
 
183 aa  54.7  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0303  RNA polymerase sigma-70 factor  27.41 
 
 
203 aa  54.7  0.0000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000168317 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  26.63 
 
 
203 aa  54.7  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
174 aa  53.9  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1696  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.86 
 
 
327 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.195925  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0161  sigma-70 region 2  28.31 
 
 
188 aa  54.3  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.299304  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2250  RNA polymerase sigma factor SigX  29.17 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 
189 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0550  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.37 
 
 
227 aa  53.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.1 
 
 
204 aa  53.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3807  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.64 
 
 
192 aa  53.5  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.184385  normal  0.356055 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.38 
 
 
203 aa  53.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0644  RNA polymerase sigma factor SigY  25 
 
 
176 aa  53.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.9 
 
 
181 aa  53.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.3 
 
 
246 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.8 
 
 
157 aa  53.1  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.454582  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  27.06 
 
 
203 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  26.7 
 
 
233 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4632  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.92 
 
 
181 aa  52.8  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  30.66 
 
 
171 aa  52.8  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1676  sigma-70 region 2 domain-containing protein  29.11 
 
 
174 aa  52.8  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367954  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.85 
 
 
240 aa  52.8  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1234  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
202 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.541877  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3998  RNA polymerase sigma-70 factor  24.54 
 
 
202 aa  52.4  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.29 
 
 
240 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.13 
 
 
270 aa  52.4  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.22 
 
 
215 aa  52.4  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.14 
 
 
182 aa  52.4  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.08 
 
 
189 aa  52.4  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.206196 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.64 
 
 
182 aa  52.4  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0414375  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  28.77 
 
 
223 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0865  RNA polymerase sigma factor  26.67 
 
 
227 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0900  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.43 
 
 
191 aa  52  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.581812  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1810  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 
250 aa  52  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.816651  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2487  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.38 
 
 
182 aa  52  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0674358 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2686  RNA polymerase sigma factor  25.6 
 
 
202 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.871223  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.32 
 
 
187 aa  52  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.7 
 
 
172 aa  52  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.29032  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
222 aa  52  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.71 
 
 
199 aa  51.6  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5658  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.79 
 
 
190 aa  51.6  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2697  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
211 aa  51.6  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1623  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.25 
 
 
327 aa  51.2  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.3 
 
 
184 aa  51.2  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5152  transcriptional regulator, LuxR family  28.68 
 
 
168 aa  51.2  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.448203  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0090  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.64 
 
 
212 aa  51.6  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000230493  normal  0.0688251 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4650  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.03 
 
 
191 aa  51.2  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.84 
 
 
177 aa  51.2  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.29 
 
 
175 aa  51.2  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1272  RNA polymerase sigma factor  30.4 
 
 
194 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.47 
 
 
171 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
233 aa  50.8  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5400  RNA polymerase sigma M factor  29.27 
 
 
165 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
173 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>