More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3486 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  100 
 
 
290 aa  580  1e-164  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  83.1 
 
 
290 aa  490  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  73.7 
 
 
293 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  72.66 
 
 
293 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.73 
 
 
289 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.2 
 
 
293 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.49 
 
 
291 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.14 
 
 
295 aa  343  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.42 
 
 
291 aa  340  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  59.11 
 
 
291 aa  338  5.9999999999999996e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.76 
 
 
291 aa  334  9e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.07 
 
 
293 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.04 
 
 
297 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.33 
 
 
293 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.69 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  57.45 
 
 
296 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.1 
 
 
300 aa  306  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.1 
 
 
296 aa  296  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  56.16 
 
 
300 aa  296  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.17 
 
 
315 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  57.84 
 
 
304 aa  291  9e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  56.69 
 
 
293 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  57.09 
 
 
294 aa  278  6e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  51.72 
 
 
279 aa  264  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  50.17 
 
 
288 aa  262  6e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.49 
 
 
297 aa  259  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  54.87 
 
 
284 aa  258  8e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.96 
 
 
280 aa  253  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  54.67 
 
 
279 aa  251  7e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.17 
 
 
302 aa  241  1e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  52.45 
 
 
277 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.41 
 
 
281 aa  240  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  51.4 
 
 
277 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.64 
 
 
278 aa  235  8e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.77 
 
 
282 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  50 
 
 
276 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.33 
 
 
281 aa  224  1e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  45.27 
 
 
294 aa  219  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.93 
 
 
281 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.02 
 
 
287 aa  209  4e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  45.77 
 
 
281 aa  193  4e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.62 
 
 
287 aa  191  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1951  glutamyl-tRNA synthetase  39.71 
 
 
486 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0884384  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  42.8 
 
 
302 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  41.43 
 
 
323 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  41.64 
 
 
316 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  37.1 
 
 
311 aa  159  5e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4602  glutamyl-tRNA synthetase  39.22 
 
 
447 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.12827  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2622  glutamyl-tRNA synthetase  39.22 
 
 
447 aa  153  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  41.07 
 
 
323 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  41.03 
 
 
323 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  38.75 
 
 
301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2275  glutamyl-tRNA synthetase  36.86 
 
 
441 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.845682  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  38.89 
 
 
297 aa  151  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04741  glutamyl-tRNA synthetase  33.68 
 
 
492 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.633658  normal  0.679149 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  39.86 
 
 
319 aa  149  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  35.49 
 
 
331 aa  149  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05371  glutamyl-tRNA synthetase  32.01 
 
 
493 aa  149  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  35.4 
 
 
313 aa  149  7e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5295  glutamyl-tRNA synthetase  38.81 
 
 
449 aa  148  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.676196 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1396  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  35.05 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.535698  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  42.27 
 
 
337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  37.23 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06791  glutamyl-tRNA synthetase  32.64 
 
 
476 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3636  glutamyl-tRNA synthetase  35.87 
 
 
449 aa  145  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2250  glutamyl-tRNA synthetase  36.77 
 
 
472 aa  144  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000347292  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0935  glutamyl-tRNA synthetase  38.36 
 
 
468 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.355577  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4753  glutamyl-tRNA synthetase  38.81 
 
 
449 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0295087  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04981  glutamyl-tRNA synthetase  30.8 
 
 
476 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.475242  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05281  glutamyl-tRNA synthetase  30.17 
 
 
476 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4722  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  37.82 
 
 
458 aa  142  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1719  glutamyl-tRNA synthetase  35.4 
 
 
477 aa  142  9e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1233  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.69 
 
 
296 aa  142  9e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.447568  normal  0.0288811 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  38.72 
 
 
283 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0641  glutamyl-tRNA synthetase  32.64 
 
 
477 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0670  glutamyl-tRNA synthetase  32.3 
 
 
464 aa  141  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.418683  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5220  glutamyl-tRNA synthetase  38.46 
 
 
449 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0373777 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1806  glutamyl-tRNA synthetase  31.29 
 
 
476 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3419  glutamyl-tRNA synthetase  35.03 
 
 
484 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.464739  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0884  glutamyl-tRNA synthetase  34.16 
 
 
441 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0428129  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3027  glutamate--tRNA ligase  31.89 
 
 
278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal  0.390374 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2799  glutamyl-tRNA synthetase  33.11 
 
 
485 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.285218 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0473  glutamyl-tRNA synthetase  29.49 
 
 
479 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.138189  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2675  glutamyl-tRNA synthetase  40.29 
 
 
444 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193444  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  38.54 
 
 
298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3717  glutamyl-tRNA synthetase  34.69 
 
 
488 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.352208 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2748  glutamyl-tRNA synthetase  36.5 
 
 
440 aa  139  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.042231 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  32.19 
 
 
373 aa  139  7e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3858  glutamyl-tRNA synthetase  34.12 
 
 
484 aa  138  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131091  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0365  Glutamate--tRNA ligase  39.48 
 
 
312 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3450  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  33.78 
 
 
330 aa  138  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2004  glutamyl-tRNA synthetase  32.65 
 
 
329 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.266458  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2455  glutamyl-tRNA synthetase  36 
 
 
441 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0895293 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05291  glutamyl-tRNA synthetase  30.95 
 
 
492 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0717874 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  37.55 
 
 
314 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5029  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37 
 
 
293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  36.52 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4941  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37 
 
 
293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1667  glutamyl-tRNA synthetase  34.29 
 
 
465 aa  136  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0531  glutamyl-tRNA synthetase  34.29 
 
 
465 aa  136  4e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0244203  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>