More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2526 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  100 
 
 
297 aa  597  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.84 
 
 
291 aa  355  5e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.77 
 
 
293 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.49 
 
 
291 aa  353  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.49 
 
 
291 aa  351  7e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.43 
 
 
293 aa  346  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.84 
 
 
293 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.48 
 
 
291 aa  334  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.39 
 
 
295 aa  333  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.48 
 
 
289 aa  330  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.39 
 
 
290 aa  325  4.0000000000000003e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  59.44 
 
 
293 aa  325  7e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.74 
 
 
293 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  57.88 
 
 
300 aa  319  3e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.04 
 
 
290 aa  317  2e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  54.3 
 
 
300 aa  310  2.9999999999999997e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  54.45 
 
 
296 aa  298  9e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.52 
 
 
315 aa  294  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.46 
 
 
296 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  50.7 
 
 
300 aa  277  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.28 
 
 
294 aa  270  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  53.61 
 
 
304 aa  263  4e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.48 
 
 
280 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  50 
 
 
293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  55.84 
 
 
284 aa  253  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.99 
 
 
279 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.31 
 
 
297 aa  249  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.27 
 
 
288 aa  239  2.9999999999999997e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.76 
 
 
277 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.59 
 
 
279 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  51.06 
 
 
277 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.84 
 
 
278 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.12 
 
 
294 aa  232  5e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  50.35 
 
 
281 aa  227  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.68 
 
 
281 aa  224  2e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48 
 
 
302 aa  219  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.74 
 
 
282 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  48.77 
 
 
276 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.98 
 
 
287 aa  209  6e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  45.39 
 
 
281 aa  205  7e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.09 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.74 
 
 
281 aa  199  3.9999999999999996e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  43.93 
 
 
316 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  38.01 
 
 
323 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06791  glutamyl-tRNA synthetase  36.14 
 
 
476 aa  158  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1951  glutamyl-tRNA synthetase  41.38 
 
 
486 aa  157  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0884384  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  35.36 
 
 
311 aa  156  3e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  39.04 
 
 
323 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  41.98 
 
 
302 aa  151  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  36.3 
 
 
323 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  39.18 
 
 
301 aa  149  5e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  41.52 
 
 
283 aa  149  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  36.79 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  35.87 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  37.23 
 
 
313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1302  glutamyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 
535 aa  147  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  36.11 
 
 
313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4049  glutamate--tRNA ligase  40 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963278  normal  0.0953958 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3196  glutamyl-tRNA synthetase  35.79 
 
 
482 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4753  glutamyl-tRNA synthetase  36.24 
 
 
449 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0295087  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2226  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  37.02 
 
 
311 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000178146  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4861  glutamyl-tRNA synthetase  34.78 
 
 
481 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000702508  unclonable  0.000000180865 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0641  glutamyl-tRNA synthetase  35.21 
 
 
477 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09840  glutamyl-tRNA synthetase  34.88 
 
 
492 aa  144  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.224887 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  36.57 
 
 
310 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  41.44 
 
 
300 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05371  glutamyl-tRNA synthetase  31.05 
 
 
493 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5295  glutamyl-tRNA synthetase  35.54 
 
 
449 aa  143  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.676196 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  39.39 
 
 
291 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0670  glutamyl-tRNA synthetase  33.45 
 
 
464 aa  144  3e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.418683  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  34.33 
 
 
331 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0473  glutamyl-tRNA synthetase  32.03 
 
 
479 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.138189  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04981  glutamyl-tRNA synthetase  31.67 
 
 
476 aa  142  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.475242  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  39.79 
 
 
338 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2250  glutamyl-tRNA synthetase  34.28 
 
 
472 aa  142  9e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000347292  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0075  glutamyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
464 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  38.43 
 
 
327 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08460  glutamyl-tRNA synthetase  35.92 
 
 
498 aa  141  9.999999999999999e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.842364  normal  0.487414 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  34.05 
 
 
467 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  38.85 
 
 
298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  34.27 
 
 
467 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0996  glutamyl-tRNA synthetase  34.77 
 
 
464 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.990972 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3060  glutamyl-tRNA synthetase  34.78 
 
 
481 aa  140  3e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000448328  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4302  glutamyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
481 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05281  glutamyl-tRNA synthetase  31.67 
 
 
476 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5220  glutamyl-tRNA synthetase  35.89 
 
 
449 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0373777 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0184  glutamyl-tRNA synthetase  35.74 
 
 
480 aa  139  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.527143 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  38.06 
 
 
295 aa  139  7e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  35.45 
 
 
310 aa  139  7e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  37.04 
 
 
314 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  32.63 
 
 
373 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1409  glutamyl-tRNA synthetase  35.23 
 
 
463 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0526  glutamyl-tRNA synthetase  34.63 
 
 
494 aa  138  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4722  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  35.23 
 
 
458 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0188  glutamate--tRNA(Gln) ligase / glutamyl-tRNA synthetase  33.68 
 
 
881 aa  137  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2408  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.19 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2004  glutamyl-tRNA synthetase  34.15 
 
 
329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.266458  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  35.79 
 
 
319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1719  glutamyl-tRNA synthetase  35.13 
 
 
477 aa  136  4e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  36.59 
 
 
309 aa  136  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>