More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4079 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  100 
 
 
281 aa  561  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  65.83 
 
 
277 aa  348  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  63.93 
 
 
282 aa  347  2e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  64.75 
 
 
277 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  63.67 
 
 
276 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  60.85 
 
 
287 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  54.27 
 
 
294 aa  291  7e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.52 
 
 
290 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.39 
 
 
284 aa  230  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.29 
 
 
288 aa  230  2e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.47 
 
 
300 aa  228  8e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.12 
 
 
300 aa  223  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  46.37 
 
 
296 aa  219  5e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.62 
 
 
289 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.93 
 
 
290 aa  217  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.01 
 
 
278 aa  213  3.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.99 
 
 
293 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48.29 
 
 
296 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.7 
 
 
279 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.88 
 
 
281 aa  211  2e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.99 
 
 
293 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.24 
 
 
293 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.86 
 
 
295 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.32 
 
 
293 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.39 
 
 
297 aa  205  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.49 
 
 
291 aa  205  7e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.49 
 
 
291 aa  205  7e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.02 
 
 
293 aa  205  8e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.86 
 
 
291 aa  202  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.04 
 
 
304 aa  202  4e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  46.88 
 
 
280 aa  201  8e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.74 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.14 
 
 
293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.29 
 
 
302 aa  198  7.999999999999999e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  44.25 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.37 
 
 
291 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.71 
 
 
315 aa  196  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  45.96 
 
 
281 aa  192  4e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.42 
 
 
281 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  45.71 
 
 
323 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.75 
 
 
297 aa  182  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  43.93 
 
 
323 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.28 
 
 
287 aa  176  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  46.07 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  46.69 
 
 
279 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  43.85 
 
 
313 aa  170  2e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  44.03 
 
 
309 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  46.07 
 
 
316 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  45.45 
 
 
283 aa  166  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3027  glutamate--tRNA ligase  39.37 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal  0.390374 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3450  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  40.89 
 
 
330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  40.81 
 
 
318 aa  162  8.000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  37.99 
 
 
311 aa  161  9e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  39.46 
 
 
331 aa  161  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  45.04 
 
 
302 aa  159  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  43.53 
 
 
303 aa  159  5e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  0.00000345941 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  41.75 
 
 
327 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  44.88 
 
 
337 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  40.6 
 
 
314 aa  155  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2388  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  40.14 
 
 
294 aa  154  1e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.126082  normal  0.583593 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  40.07 
 
 
297 aa  154  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1396  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  40.88 
 
 
334 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.535698  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  40 
 
 
314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  41.54 
 
 
313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  42.8 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  37.76 
 
 
373 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  41.76 
 
 
295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13470  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  41.25 
 
 
317 aa  152  7e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301512  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2226  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  41.15 
 
 
311 aa  152  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000178146  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  39.45 
 
 
338 aa  152  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0962  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.05 
 
 
298 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.294785  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.75 
 
 
291 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0797  glutamate--tRNA ligase  39 
 
 
303 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000376322  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0982  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.29 
 
 
297 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1703  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.29 
 
 
298 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2315  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.29 
 
 
298 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  39.25 
 
 
310 aa  149  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0605  glutamate--tRNA ligase  38.73 
 
 
316 aa  149  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0324  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.63 
 
 
297 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1915  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.63 
 
 
297 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00194048  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  40.52 
 
 
301 aa  149  7e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.63 
 
 
297 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0827  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.63 
 
 
297 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1195  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.63 
 
 
297 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0519068  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1203  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.63 
 
 
297 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1041  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.63 
 
 
297 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.512398  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1109  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  39.36 
 
 
299 aa  148  8e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  38.1 
 
 
310 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2338  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  40.53 
 
 
298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0246272 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  43.89 
 
 
300 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1982  glutamate--tRNA ligase  40 
 
 
323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.926165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1782  Glutamate--tRNA ligase  40 
 
 
323 aa  145  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  41.79 
 
 
319 aa  145  6e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1251  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.87 
 
 
296 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.540986  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2250  glutamyl-tRNA synthetase  37.01 
 
 
472 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000347292  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3126  Glutamate--tRNA ligase  40.98 
 
 
307 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  36.5 
 
 
466 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0518  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  36.97 
 
 
302 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3294  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.78 
 
 
296 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2234  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  40.53 
 
 
294 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>