More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4004 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  100 
 
 
300 aa  603  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  63.41 
 
 
293 aa  348  6e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  62.72 
 
 
293 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  59.51 
 
 
291 aa  333  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.13 
 
 
291 aa  328  6e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.88 
 
 
297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.79 
 
 
291 aa  324  9e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  56.6 
 
 
295 aa  322  5e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.93 
 
 
293 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  56.55 
 
 
293 aa  318  9e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.19 
 
 
289 aa  315  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.71 
 
 
293 aa  308  5e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  56.4 
 
 
290 aa  305  9.000000000000001e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.71 
 
 
291 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  56.16 
 
 
290 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  53.63 
 
 
300 aa  296  3e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.7 
 
 
300 aa  291  1e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  53.79 
 
 
296 aa  287  1e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.39 
 
 
315 aa  268  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  49.48 
 
 
296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.45 
 
 
288 aa  256  4e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  50 
 
 
293 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.9 
 
 
294 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  49.82 
 
 
280 aa  249  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  50.17 
 
 
304 aa  249  6e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  50.35 
 
 
297 aa  236  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.48 
 
 
281 aa  236  3e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  50.18 
 
 
284 aa  228  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.92 
 
 
279 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.5 
 
 
282 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.33 
 
 
279 aa  215  5.9999999999999996e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.43 
 
 
302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  49.13 
 
 
277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.78 
 
 
277 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  44.78 
 
 
294 aa  210  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  41.9 
 
 
281 aa  208  8e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.84 
 
 
278 aa  207  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  46.58 
 
 
276 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  44.6 
 
 
281 aa  202  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.04 
 
 
287 aa  196  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  43.26 
 
 
281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  44.87 
 
 
287 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0670  glutamyl-tRNA synthetase  34.78 
 
 
464 aa  165  9e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.418683  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1951  glutamyl-tRNA synthetase  36.69 
 
 
486 aa  161  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0884384  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  40.15 
 
 
316 aa  159  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  36.52 
 
 
313 aa  156  4e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  35.31 
 
 
311 aa  155  7e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3636  glutamyl-tRNA synthetase  34.27 
 
 
449 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0935  glutamyl-tRNA synthetase  37.72 
 
 
468 aa  152  5e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.355577  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  34.19 
 
 
331 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0504  glutamyl-tRNA synthetase  33.56 
 
 
504 aa  152  5.9999999999999996e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0630842  normal  0.758869 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06791  glutamyl-tRNA synthetase  37.45 
 
 
476 aa  152  8e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08460  glutamyl-tRNA synthetase  35.31 
 
 
498 aa  150  2e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.842364  normal  0.487414 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09840  glutamyl-tRNA synthetase  34.16 
 
 
492 aa  150  3e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.224887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4602  glutamyl-tRNA synthetase  36.77 
 
 
447 aa  150  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.12827  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2275  glutamyl-tRNA synthetase  35.11 
 
 
441 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.845682  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2250  glutamyl-tRNA synthetase  36.3 
 
 
472 aa  149  7e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000347292  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  36.4 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1667  glutamyl-tRNA synthetase  33.92 
 
 
465 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0531  glutamyl-tRNA synthetase  33.92 
 
 
465 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0244203  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1302  glutamyl-tRNA synthetase  34.03 
 
 
535 aa  147  3e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  37.97 
 
 
314 aa  145  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  36.4 
 
 
323 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  37.28 
 
 
314 aa  145  9e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2919  glutamyl-tRNA synthetase  34.52 
 
 
469 aa  145  9e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000159151  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  36.56 
 
 
318 aa  144  2e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5295  glutamyl-tRNA synthetase  35.47 
 
 
449 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.676196 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0184  glutamyl-tRNA synthetase  33.22 
 
 
480 aa  143  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.527143 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  37.74 
 
 
301 aa  142  8e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2748  glutamyl-tRNA synthetase  34.75 
 
 
440 aa  142  9e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.042231 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  38.79 
 
 
337 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2681  glutamyl-tRNA synthetase  33.57 
 
 
462 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  40.7 
 
 
302 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  37.11 
 
 
298 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2622  glutamyl-tRNA synthetase  36.43 
 
 
447 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49888  predicted protein  33.45 
 
 
546 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.757825  normal  0.413505 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  35.25 
 
 
297 aa  139  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  39.06 
 
 
283 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  36.04 
 
 
323 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  38.24 
 
 
327 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  39.69 
 
 
300 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2222  glutamyl-tRNA synthetase  35.25 
 
 
508 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.493461  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2455  glutamyl-tRNA synthetase  34.04 
 
 
441 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0895293 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2102  glutamyl-tRNA synthetase  30.47 
 
 
479 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00226932  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1876  glutamyl-tRNA synthetase  35.25 
 
 
482 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000140035  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1645  glutamyl-tRNA synthetase  38.03 
 
 
475 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.821622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  35.69 
 
 
310 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  36.43 
 
 
310 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4753  glutamyl-tRNA synthetase  33.67 
 
 
449 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0295087  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1554  glutamyl-tRNA synthetase  35.27 
 
 
469 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000003282  normal  0.0351282 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2947  glutamyl-tRNA synthetase  35.27 
 
 
469 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000528448  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2822  glutamyl-tRNA synthetase  35.27 
 
 
469 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000059188  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2802  glutamyl-tRNA synthetase  35.27 
 
 
469 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000260001  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1719  glutamyl-tRNA synthetase  34.88 
 
 
477 aa  136  5e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0986  glutamyl-tRNA synthetase / glutamate--tRNA(Gln) ligase  31.6 
 
 
445 aa  136  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.159101  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01271  glutamyl-tRNA synthetase  33.7 
 
 
475 aa  136  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0844  glutamyl-tRNA synthetase  30.63 
 
 
485 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000194011  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4049  glutamate--tRNA ligase  38.38 
 
 
312 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963278  normal  0.0953958 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  38.67 
 
 
291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0382  glutamyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
441 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.699293  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>