More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0925 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  100 
 
 
293 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  81.57 
 
 
293 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  78.08 
 
 
293 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  73.7 
 
 
290 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  73.17 
 
 
289 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.93 
 
 
290 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.03 
 
 
291 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.51 
 
 
291 aa  349  3e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.02 
 
 
295 aa  349  3e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.48 
 
 
291 aa  347  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.17 
 
 
291 aa  346  3e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.99 
 
 
293 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.99 
 
 
293 aa  329  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.74 
 
 
297 aa  323  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.8 
 
 
296 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  56.55 
 
 
300 aa  311  6.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.34 
 
 
300 aa  308  9e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.33 
 
 
300 aa  299  3e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.52 
 
 
315 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  54.86 
 
 
296 aa  291  7e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  55.48 
 
 
293 aa  291  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.9 
 
 
294 aa  277  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.71 
 
 
304 aa  276  4e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.04 
 
 
288 aa  273  3e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  56.57 
 
 
284 aa  270  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  53.82 
 
 
280 aa  265  8e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.24 
 
 
297 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.52 
 
 
279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.35 
 
 
279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  54.58 
 
 
302 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.94 
 
 
281 aa  249  4e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.92 
 
 
282 aa  236  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.6 
 
 
281 aa  236  5.0000000000000005e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  45.92 
 
 
294 aa  232  6e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.8 
 
 
277 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  48.11 
 
 
277 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.97 
 
 
278 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  46.21 
 
 
276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  50 
 
 
287 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.72 
 
 
281 aa  209  6e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.02 
 
 
281 aa  205  8e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.91 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  38.52 
 
 
311 aa  175  7e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  40 
 
 
331 aa  172  9e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  42.35 
 
 
298 aa  170  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  41.64 
 
 
316 aa  163  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  40.21 
 
 
297 aa  162  6e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  38.91 
 
 
318 aa  161  1e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  41.78 
 
 
323 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1951  glutamyl-tRNA synthetase  38.38 
 
 
486 aa  159  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0884384  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0641  glutamyl-tRNA synthetase  34.38 
 
 
477 aa  157  1e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  39.52 
 
 
313 aa  157  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  39.56 
 
 
314 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  38.08 
 
 
313 aa  156  3e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2250  glutamyl-tRNA synthetase  38.57 
 
 
472 aa  156  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000347292  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0867  Glutamate--tRNA ligase  38.83 
 
 
327 aa  155  6e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1396  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  37.67 
 
 
334 aa  155  9e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.535698  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0670  glutamyl-tRNA synthetase  32.73 
 
 
464 aa  155  1e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.418683  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4602  glutamyl-tRNA synthetase  39.86 
 
 
447 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.12827  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04741  glutamyl-tRNA synthetase  32.99 
 
 
492 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.633658  normal  0.679149 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  39.18 
 
 
301 aa  154  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  40.96 
 
 
323 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  40.07 
 
 
303 aa  154  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  0.00000345941 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  41.33 
 
 
302 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06791  glutamyl-tRNA synthetase  31.97 
 
 
476 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1806  glutamyl-tRNA synthetase  32.65 
 
 
476 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  34.17 
 
 
373 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  40.89 
 
 
337 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1325  glutamyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
478 aa  150  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1233  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.87 
 
 
296 aa  150  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.447568  normal  0.0288811 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05291  glutamyl-tRNA synthetase  32.31 
 
 
492 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0717874 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08460  glutamyl-tRNA synthetase  33.68 
 
 
498 aa  150  3e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.842364  normal  0.487414 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0204  glutamyl-tRNA synthetase  30.1 
 
 
506 aa  149  5e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000464542  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4861  glutamyl-tRNA synthetase  33.8 
 
 
481 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000702508  unclonable  0.000000180865 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0884  glutamyl-tRNA synthetase  34.18 
 
 
441 aa  149  6e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0428129  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  35.4 
 
 
467 aa  149  6e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  38.66 
 
 
314 aa  149  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  40.27 
 
 
323 aa  149  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3196  glutamyl-tRNA synthetase  32.78 
 
 
482 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2004  glutamyl-tRNA synthetase  34.36 
 
 
329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.266458  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4722  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  40.5 
 
 
458 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1844  glutamyl-tRNA synthetase  35.27 
 
 
496 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.339002  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1719  glutamyl-tRNA synthetase  31.6 
 
 
477 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  35.66 
 
 
467 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0365  Glutamate--tRNA ligase  40.3 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0504  glutamyl-tRNA synthetase  32.26 
 
 
504 aa  147  3e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0630842  normal  0.758869 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4753  glutamyl-tRNA synthetase  38.14 
 
 
449 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0295087  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2622  glutamyl-tRNA synthetase  39.13 
 
 
447 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2675  glutamyl-tRNA synthetase  40 
 
 
444 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193444  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5295  glutamyl-tRNA synthetase  37.8 
 
 
449 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.676196 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0414  Glutamate--tRNA ligase  36.84 
 
 
309 aa  146  5e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  37.59 
 
 
319 aa  145  6e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1133  glutamyl-tRNA synthetase  33.56 
 
 
466 aa  145  9e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.484042  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05281  glutamyl-tRNA synthetase  30.28 
 
 
476 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1709  glutamyl-tRNA synthetase  36.26 
 
 
491 aa  145  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2275  glutamyl-tRNA synthetase  36 
 
 
441 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.845682  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  36.62 
 
 
327 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  35.29 
 
 
466 aa  143  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0429  glutamyl-tRNA synthetase  37.99 
 
 
443 aa  144  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0454904  normal  0.497743 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2455  glutamyl-tRNA synthetase  35.38 
 
 
441 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0895293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>