More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3286 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  100 
 
 
296 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  62.15 
 
 
300 aa  357  1.9999999999999998e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  59.79 
 
 
291 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.74 
 
 
289 aa  326  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.14 
 
 
290 aa  321  9.999999999999999e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  59.11 
 
 
293 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.45 
 
 
290 aa  312  2.9999999999999996e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  56.8 
 
 
293 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.09 
 
 
293 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  54.83 
 
 
291 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  53.61 
 
 
295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.05 
 
 
300 aa  300  2e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  54.45 
 
 
297 aa  298  9e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  54.17 
 
 
291 aa  297  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  53.82 
 
 
291 aa  293  2e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.99 
 
 
280 aa  291  8e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  54.04 
 
 
293 aa  288  7e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  51.4 
 
 
300 aa  283  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  54.01 
 
 
304 aa  280  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.88 
 
 
294 aa  277  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.06 
 
 
288 aa  276  2e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.92 
 
 
296 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  51.81 
 
 
293 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  52.48 
 
 
284 aa  267  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.36 
 
 
293 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  50.67 
 
 
315 aa  259  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  54.55 
 
 
279 aa  255  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.28 
 
 
278 aa  253  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.3 
 
 
297 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.26 
 
 
282 aa  232  6e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.52 
 
 
277 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.16 
 
 
279 aa  230  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.67 
 
 
302 aa  230  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  47.52 
 
 
277 aa  228  8e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  48.57 
 
 
276 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.37 
 
 
281 aa  219  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.98 
 
 
281 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.59 
 
 
281 aa  215  7e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  46.81 
 
 
287 aa  212  5.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  43.55 
 
 
294 aa  211  7.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.06 
 
 
287 aa  188  8e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  44.24 
 
 
281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  41.99 
 
 
323 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1396  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  37.91 
 
 
334 aa  165  9e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.535698  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  37.13 
 
 
311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  38.21 
 
 
331 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3450  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  36.71 
 
 
330 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  37.72 
 
 
318 aa  160  2e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  35.19 
 
 
373 aa  160  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  39.93 
 
 
313 aa  160  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  40.67 
 
 
316 aa  160  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  41.84 
 
 
323 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  40.93 
 
 
323 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  44.84 
 
 
337 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1951  glutamyl-tRNA synthetase  40 
 
 
486 aa  156  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0884384  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2250  glutamyl-tRNA synthetase  38.79 
 
 
472 aa  155  6e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000347292  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  42.15 
 
 
302 aa  155  9e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0935  glutamyl-tRNA synthetase  39.18 
 
 
468 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.355577  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0867  Glutamate--tRNA ligase  36.95 
 
 
327 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2004  glutamyl-tRNA synthetase  34.04 
 
 
329 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.266458  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  37.93 
 
 
301 aa  151  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3027  glutamate--tRNA ligase  34.46 
 
 
278 aa  149  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal  0.390374 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  40.44 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  0.00000345941 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0108  glutamyl-tRNA synthetase  37.72 
 
 
477 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1302  glutamyl-tRNA synthetase  33.68 
 
 
535 aa  147  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2357  glutamyl-tRNA synthetase  35.59 
 
 
490 aa  146  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1586  glutamyl-tRNA synthetase  34.49 
 
 
369 aa  145  6e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  37.22 
 
 
314 aa  145  9e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1667  glutamyl-tRNA synthetase  35.59 
 
 
465 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  40.23 
 
 
283 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  38.58 
 
 
298 aa  145  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0531  glutamyl-tRNA synthetase  35.59 
 
 
465 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0244203  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06791  glutamyl-tRNA synthetase  34.04 
 
 
476 aa  142  9e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3126  Glutamate--tRNA ligase  40.52 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  38.01 
 
 
314 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09840  glutamyl-tRNA synthetase  33.94 
 
 
492 aa  140  3e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.224887 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08460  glutamyl-tRNA synthetase  34.16 
 
 
498 aa  140  3e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.842364  normal  0.487414 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0365  Glutamate--tRNA ligase  39.39 
 
 
312 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05371  glutamyl-tRNA synthetase  32.16 
 
 
493 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  37.78 
 
 
319 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  38.31 
 
 
313 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0473  glutamyl-tRNA synthetase  30.96 
 
 
479 aa  139  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.138189  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1806  glutamyl-tRNA synthetase  31.67 
 
 
476 aa  139  6e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  34.41 
 
 
467 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0641  glutamyl-tRNA synthetase  34.41 
 
 
477 aa  139  7.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  35.61 
 
 
297 aa  138  8.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0510  glutamyl-tRNA synthetase  35.86 
 
 
466 aa  138  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05291  glutamyl-tRNA synthetase  31.67 
 
 
492 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0717874 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0087  tRNA synthetase class I (E and Q), catalytic domain protein  33.01 
 
 
374 aa  138  1e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000462423 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  34.41 
 
 
467 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0414  Glutamate--tRNA ligase  34.8 
 
 
309 aa  138  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1719  glutamyl-tRNA synthetase  34.29 
 
 
477 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2222  glutamyl-tRNA synthetase  36.55 
 
 
508 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.493461  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1876  glutamyl-tRNA synthetase  36.55 
 
 
482 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000140035  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0670  glutamyl-tRNA synthetase  32.97 
 
 
464 aa  137  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.418683  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  36.82 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2648  glutamyl-tRNA synthetase  35.84 
 
 
464 aa  136  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0051  glutamyl-tRNA synthetase / glutamate--tRNA(Gln) ligase  32.53 
 
 
518 aa  136  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1325  glutamyl-tRNA synthetase  32.65 
 
 
478 aa  136  5e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05281  glutamyl-tRNA synthetase  30.6 
 
 
476 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>