More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1135 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  100 
 
 
289 aa  581  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  72.82 
 
 
293 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  73.17 
 
 
293 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  68.64 
 
 
290 aa  411  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.73 
 
 
290 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  71.43 
 
 
293 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.83 
 
 
291 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.46 
 
 
291 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.11 
 
 
291 aa  353  2e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.76 
 
 
291 aa  352  5e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.46 
 
 
295 aa  344  7e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.48 
 
 
297 aa  330  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  58.74 
 
 
296 aa  326  3e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.33 
 
 
293 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  56.6 
 
 
293 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  57.19 
 
 
300 aa  311  6.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.99 
 
 
300 aa  310  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.9 
 
 
315 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.01 
 
 
300 aa  306  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  56.18 
 
 
293 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  54.9 
 
 
288 aa  287  1e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  57.39 
 
 
294 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  55.48 
 
 
284 aa  268  7e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.76 
 
 
280 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.08 
 
 
296 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.92 
 
 
304 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  57.73 
 
 
279 aa  260  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.35 
 
 
279 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.39 
 
 
302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.57 
 
 
281 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.64 
 
 
282 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.1 
 
 
297 aa  237  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.52 
 
 
278 aa  237  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.92 
 
 
277 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  51.22 
 
 
277 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  45.58 
 
 
294 aa  228  9e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  43.42 
 
 
281 aa  224  1e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  49.13 
 
 
276 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.62 
 
 
281 aa  218  7.999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48.4 
 
 
287 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.1 
 
 
287 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  45.86 
 
 
281 aa  196  3e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  43.18 
 
 
316 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  37.37 
 
 
311 aa  167  2e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  42.5 
 
 
323 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  36.52 
 
 
331 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1951  glutamyl-tRNA synthetase  39.71 
 
 
486 aa  158  9e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0884384  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  42.14 
 
 
323 aa  155  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06791  glutamyl-tRNA synthetase  32.65 
 
 
476 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5295  glutamyl-tRNA synthetase  39.5 
 
 
449 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.676196 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4602  glutamyl-tRNA synthetase  38.49 
 
 
447 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.12827  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  37.37 
 
 
313 aa  154  2e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  41.06 
 
 
283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04741  glutamyl-tRNA synthetase  32.18 
 
 
492 aa  152  8.999999999999999e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.633658  normal  0.679149 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0867  Glutamate--tRNA ligase  37.88 
 
 
327 aa  150  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1396  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  35.27 
 
 
334 aa  149  5e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.535698  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1806  glutamyl-tRNA synthetase  32.65 
 
 
476 aa  149  6e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  36.96 
 
 
318 aa  149  6e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3196  glutamyl-tRNA synthetase  34.83 
 
 
482 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  38.08 
 
 
297 aa  149  7e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  38.35 
 
 
313 aa  148  8e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0641  glutamyl-tRNA synthetase  34.26 
 
 
477 aa  148  9e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05291  glutamyl-tRNA synthetase  32.87 
 
 
492 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0717874 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  40.93 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1719  glutamyl-tRNA synthetase  34.14 
 
 
477 aa  147  3e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2275  glutamyl-tRNA synthetase  37.09 
 
 
441 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.845682  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  38.95 
 
 
291 aa  146  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  40.74 
 
 
302 aa  145  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  38.17 
 
 
298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  37.97 
 
 
301 aa  144  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  38.03 
 
 
319 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4722  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  39.07 
 
 
458 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4753  glutamyl-tRNA synthetase  37.37 
 
 
449 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0295087  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  40 
 
 
303 aa  143  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  0.00000345941 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4861  glutamyl-tRNA synthetase  33.11 
 
 
481 aa  143  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000702508  unclonable  0.000000180865 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2622  glutamyl-tRNA synthetase  37.41 
 
 
447 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2210  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  39.7 
 
 
315 aa  142  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895513  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3027  glutamate--tRNA ligase  33.9 
 
 
278 aa  142  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal  0.390374 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3126  Glutamate--tRNA ligase  38.6 
 
 
307 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5440  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.57 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2748  glutamyl-tRNA synthetase  37.23 
 
 
440 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.042231 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2250  glutamyl-tRNA synthetase  36.36 
 
 
472 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000347292  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3450  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  34.14 
 
 
330 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  42.6 
 
 
337 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0414  Glutamate--tRNA ligase  35.09 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  37.87 
 
 
314 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3586  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.92 
 
 
294 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  32.62 
 
 
373 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62510  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.57 
 
 
293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.632499  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2014  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.52 
 
 
311 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05371  glutamyl-tRNA synthetase  29.63 
 
 
493 aa  139  6e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0986  glutamyl-tRNA synthetase / glutamate--tRNA(Gln) ligase  32.96 
 
 
445 aa  139  6e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.159101  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2455  glutamyl-tRNA synthetase  35.84 
 
 
441 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0895293 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3674  glutamyl-tRNA synthetase  34.41 
 
 
450 aa  139  7e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.351322  normal  0.059122 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04981  glutamyl-tRNA synthetase  30.29 
 
 
476 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.475242  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0429  glutamyl-tRNA synthetase  36.43 
 
 
443 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0454904  normal  0.497743 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5563  glutamyl-tRNA synthetase  37.86 
 
 
446 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1305  glutamyl-tRNA synthetase  33.46 
 
 
463 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49888  predicted protein  32.46 
 
 
546 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.757825  normal  0.413505 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0526  glutamyl-tRNA synthetase  32.88 
 
 
494 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>