More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4885 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  100 
 
 
291 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  73.17 
 
 
293 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.03 
 
 
293 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.83 
 
 
289 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.03 
 
 
293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.49 
 
 
290 aa  402  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.1 
 
 
290 aa  394  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.76 
 
 
291 aa  347  1e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.42 
 
 
291 aa  344  1e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  59.72 
 
 
291 aa  336  1.9999999999999998e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.48 
 
 
297 aa  334  7.999999999999999e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.68 
 
 
295 aa  331  8e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  59.79 
 
 
296 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.76 
 
 
293 aa  326  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  58.33 
 
 
300 aa  323  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.33 
 
 
293 aa  315  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  59.93 
 
 
315 aa  315  8e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  58.8 
 
 
293 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.67 
 
 
300 aa  304  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  55.71 
 
 
300 aa  301  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  54.36 
 
 
296 aa  289  4e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  56.54 
 
 
284 aa  277  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.25 
 
 
294 aa  273  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.61 
 
 
304 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  54.17 
 
 
280 aa  263  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  52.1 
 
 
279 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  53.68 
 
 
297 aa  259  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.6 
 
 
288 aa  254  8e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  54.36 
 
 
281 aa  254  9e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  55.97 
 
 
279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  46.67 
 
 
281 aa  241  1e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.27 
 
 
302 aa  238  9e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.05 
 
 
277 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.52 
 
 
278 aa  231  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  52.26 
 
 
276 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  50.35 
 
 
277 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.55 
 
 
282 aa  225  7e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.44 
 
 
294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48.04 
 
 
287 aa  216  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.42 
 
 
287 aa  202  8e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  44.37 
 
 
281 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  45.42 
 
 
281 aa  190  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  36.65 
 
 
311 aa  165  6.9999999999999995e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  43.38 
 
 
316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  39.25 
 
 
331 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  39.56 
 
 
318 aa  160  3e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  39.32 
 
 
301 aa  157  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1951  glutamyl-tRNA synthetase  38.46 
 
 
486 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0884384  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  41.88 
 
 
319 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  41.11 
 
 
323 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04741  glutamyl-tRNA synthetase  35.29 
 
 
492 aa  152  5e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.633658  normal  0.679149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  38.41 
 
 
297 aa  152  8e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  37.16 
 
 
310 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0526  glutamyl-tRNA synthetase  38.23 
 
 
494 aa  151  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  37.37 
 
 
313 aa  151  1e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06791  glutamyl-tRNA synthetase  33.11 
 
 
476 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  41.32 
 
 
323 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  43.2 
 
 
337 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  41.35 
 
 
283 aa  149  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05371  glutamyl-tRNA synthetase  33.22 
 
 
493 aa  149  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0670  glutamyl-tRNA synthetase  33.22 
 
 
464 aa  148  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.418683  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04981  glutamyl-tRNA synthetase  31.4 
 
 
476 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.475242  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2250  glutamyl-tRNA synthetase  37.41 
 
 
472 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000347292  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0935  glutamyl-tRNA synthetase  40.27 
 
 
468 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.355577  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  40.77 
 
 
323 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05281  glutamyl-tRNA synthetase  31.4 
 
 
476 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1806  glutamyl-tRNA synthetase  33.45 
 
 
476 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0473  glutamyl-tRNA synthetase  31.4 
 
 
479 aa  145  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.138189  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2275  glutamyl-tRNA synthetase  35.11 
 
 
441 aa  146  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.845682  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0641  glutamyl-tRNA synthetase  35.03 
 
 
477 aa  145  7.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  38.75 
 
 
298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  39.93 
 
 
313 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  33.64 
 
 
373 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1396  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  36.43 
 
 
334 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.535698  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  36.63 
 
 
310 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4602  glutamyl-tRNA synthetase  37.32 
 
 
447 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.12827  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  41.76 
 
 
302 aa  143  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05291  glutamyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
492 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0717874 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3196  glutamyl-tRNA synthetase  33.77 
 
 
482 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1480  glutamyl-tRNA synthetase  33.81 
 
 
463 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.499307  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3450  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  37.59 
 
 
330 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5295  glutamyl-tRNA synthetase  38.16 
 
 
449 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.676196 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0434  glutamyl-tRNA synthetase  33.81 
 
 
463 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  34.75 
 
 
467 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  38.32 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4861  glutamyl-tRNA synthetase  31.88 
 
 
481 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000702508  unclonable  0.000000180865 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1305  glutamyl-tRNA synthetase  35 
 
 
463 aa  140  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0605  glutamate--tRNA ligase  38.26 
 
 
316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  41.03 
 
 
291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2357  glutamyl-tRNA synthetase  34.36 
 
 
490 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4302  glutamyl-tRNA synthetase  33.22 
 
 
481 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  38.2 
 
 
314 aa  140  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  34.4 
 
 
467 aa  140  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1719  glutamyl-tRNA synthetase  35.25 
 
 
477 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2455  glutamyl-tRNA synthetase  34.51 
 
 
441 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0895293 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4722  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  38.63 
 
 
458 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1535  glutamyl-tRNA synthetase  35.42 
 
 
456 aa  139  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0382  glutamyl-tRNA synthetase  34.15 
 
 
441 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.699293  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2748  glutamyl-tRNA synthetase  35.38 
 
 
440 aa  137  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.042231 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2622  glutamyl-tRNA synthetase  37.89 
 
 
447 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.179612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>