More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3296 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3296  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  438  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2913  two component transcriptional regulator  91.52 
 
 		 224 aa  410  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3471  putative two-component response regulator  66.36 
 
 		 224 aa  291  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4950  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 235 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1280  two component transcriptional regulator  51.82 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 220 aa  188  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1764  DNA-binding response regulator  47.27 
 
 		 224 aa  185  5e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2423  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 234 aa  185  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.265311  normal  0.432431 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 235 aa  184  8e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1764  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807336  hitchhiker  0.00538862 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 222 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4141  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0723203  normal  0.19792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3669  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54510  two-component response regulator  47.06 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.377152 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 220 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0526  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0788787  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3270  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424776  normal  0.538433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4119  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386662  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6288  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0171319  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4247  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29812  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0160  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.6 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4764  two-component response regulator  46.4 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343356  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 220 aa  182  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 222 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3120  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5059  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.09 
 
 		 222 aa  180  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1627  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 247 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1127  DNA-binding response regulator TctD  46.82 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4080  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 224 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  46.82 
 
 		 287 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  45.29 
 
 		 221 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  46.82 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1724  DNA-binding response regulator TctD  46.82 
 
 		 267 aa  179  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0825207  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  46.82 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  46.82 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  46.82 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1421  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283266  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3715  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  39.73 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0642  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.743353  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.2 
 
 		 220 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.2 
 
 		 220 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1725  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 237 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.2 
 
 		 220 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3439  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 224 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0271  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 247 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0018  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 247 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2671  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 247 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84234  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2405  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 250 aa  178  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0552978  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2732  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  42.6 
 
 		 221 aa  177  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2042  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 282 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143055  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0498  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313695 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  40.18 
 
 		 224 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2682  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2574  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2700  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 282 aa  176  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.469389  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5339  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.64 
 
 		 222 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2653  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  45 
 
 		 260 aa  176  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5197  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47869  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5980  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 273 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0635726 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.45 
 
 		 223 aa  175  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  42.73 
 
 		 221 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0670  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 266 aa  175  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4638  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 		 224 aa  175  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0649  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0876  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.52 
 
 		 279 aa  174  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 220 aa  174  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.52 
 
 		 244 aa  174  8e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4231  DNA-binding response regulator TctD  46.02 
 
 		 223 aa  174  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0439  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 253 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  41.41 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4343  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3965  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.22 
 
 		 223 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49450  response regulator TctD  45.5 
 
 		 223 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.537816  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0454  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 220 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4016  DNA-binding transcriptional regulator BasR  41.96 
 
 		 222 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.727043  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0310  DNA-binding transcriptional regulator BasR  39.73 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214332  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1354  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.776412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 236 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.5 
 
 		 219 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3057  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 223 aa  172  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 225 aa  171  5.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3386  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2924  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_4004  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2983  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3339  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  41.82 
 
 		 225 aa  171  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4078  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0729773  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>