More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3565 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3565  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  599  1e-170  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167033  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1036  transcriptional regulator, LysR family  64.83 
 
 		 331 aa  343  1e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10370  transcriptional regulator  41.03 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0429972  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0644  regulatory protein, LysR  41.18 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 343 aa  90.5  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 305 aa  89.7  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4431  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  27.46 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  25.18 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  30.29 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1449  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319275 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  31.98 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4734  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897259 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.77 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  36.22 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  32.35 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.56 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.56 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2910  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.75 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.857006  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  24.48 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 300 aa  79  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  33.18 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  35.81 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2060  hypothetical protein  24.38 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0066  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3128  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3299  LysR family transcriptional regulator  23 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0793122  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  31.61 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.52 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  30.42 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  35.98 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2050  hypothetical protein  23.55 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>