More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2887 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0368  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  66.79 
 
 		 515 aa  640    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.600679 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3618  signal recognition particle protein  86.01 
 
 		 521 aa  762    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0128303 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2887  signal recognition particle protein  100 
 
 		 522 aa  1013    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2779  Signal recognition particle protein  64.85 
 
 		 516 aa  654    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0765286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0662  signal recognition particle protein  84.38 
 
 		 520 aa  801    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0689127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0353  signal recognition particle protein  67.42 
 
 		 514 aa  635    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.547183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3578  signal recognition particle protein  65.09 
 
 		 511 aa  660    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.715062  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0651  signal recognition particle protein  84.38 
 
 		 520 aa  803    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971217  normal  0.157335 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3683  signal recognition particle protein  89.58 
 
 		 526 aa  835    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104777 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3351  signal recognition particle protein  62.88 
 
 		 551 aa  639    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.31296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0630  signal recognition particle protein  84.48 
 
 		 520 aa  786    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2983  signal recognition particle protein  66.29 
 
 		 540 aa  639    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.13756 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0510  signal recognition particle protein  66.6 
 
 		 517 aa  631  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.659229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1464  signal recognition particle protein  67.87 
 
 		 513 aa  626  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.517812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0221  signal recognition particle protein  65.58 
 
 		 514 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.115082  hitchhiker  0.0089568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0246  signal recognition particle protein  67.64 
 
 		 516 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1418  signal recognition particle protein  66.6 
 
 		 504 aa  598  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1826  signal recognition particle protein  72.71 
 
 		 523 aa  588  1e-167  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1758  signal recognition particle protein  72.71 
 
 		 523 aa  589  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1077  signal recognition particle protein  72 
 
 		 523 aa  568  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.624173  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3341  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  72.47 
 
 		 522 aa  569  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.819089  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3095  signal recognition particle protein  73.18 
 
 		 514 aa  568  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4203  signal recognition particle protein  73.18 
 
 		 526 aa  561  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0068  signal recognition particle protein  60.88 
 
 		 515 aa  564  1.0000000000000001e-159  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.206889  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3750  signal recognition particle protein  70.59 
 
 		 527 aa  554  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4073  signal recognition particle protein  70.12 
 
 		 525 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1184  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  64.75 
 
 		 504 aa  546  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0353  signal recognition particle protein  63.7 
 
 		 504 aa  530  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1053  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  59.88 
 
 		 505 aa  529  1e-149  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2714  signal recognition particle protein  60.08 
 
 		 505 aa  531  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  0.0233143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2656  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  64.39 
 
 		 491 aa  526  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1404  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  60.95 
 
 		 491 aa  518  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.294047  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4887  signal recognition particle protein  56.92 
 
 		 511 aa  515  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2154  signal recognition particle protein  61.81 
 
 		 457 aa  513  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.995378  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3878  signal recognition particle protein  57.22 
 
 		 498 aa  511  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515054  normal  0.639996 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3275  signal recognition particle protein  62.47 
 
 		 461 aa  510  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0976333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2603  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  61.41 
 
 		 514 aa  502  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.44624  hitchhiker  0.00700873 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0176  signal recognition particle protein  59.06 
 
 		 501 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2728  signal recognition particle protein  60.23 
 
 		 484 aa  491  1e-137  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2894  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  63.57 
 
 		 521 aa  491  1e-137  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0757  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  63.47 
 
 		 501 aa  486  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0503  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  57.28 
 
 		 462 aa  465  1e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  53.83 
 
 		 458 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  53.83 
 
 		 458 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0384  signal recognition particle protein  54.15 
 
 		 451 aa  458  1e-127  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2872  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  53.73 
 
 		 452 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107321  hitchhiker  0.00000141752 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0642  signal recognition particle protein  53.51 
 
 		 452 aa  449  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0127185  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3764  signal recognition particle protein  51.79 
 
 		 449 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000380679  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  51.91 
 
 		 463 aa  439  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1099  signal recognition particle protein  54.42 
 
 		 453 aa  440  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000944997  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  52.89 
 
 		 457 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0845  signal recognition particle protein  52.52 
 
 		 453 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1707  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50.89 
 
 		 511 aa  437  1e-121  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0983445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0592  signal recognition particle protein  51.15 
 
 		 515 aa  435  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  435  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1938  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  54.31 
 
 		 456 aa  437  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.730231 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02499  Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1064  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203805  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2894  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000003333  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3091  signal recognition particle protein  53.07 
 
 		 453 aa  432  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.113189  normal  0.0737969 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2769  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2999  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000534435  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3494  signal recognition particle protein  53.33 
 
 		 453 aa  432  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.28336e-32 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1985  signal recognition particle protein  50.78 
 
 		 515 aa  435  1e-120  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.421506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1670  signal recognition particle protein  50.79 
 
 		 458 aa  435  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1027  signal recognition particle protein  50.11 
 
 		 450 aa  434  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.588339  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  51.07 
 
 		 485 aa  432  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3849  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000605639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02463  hypothetical protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259356  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2873  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110714  normal  0.0858138 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1073  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  normal  0.0192406 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3432  signal recognition particle protein  53.33 
 
 		 453 aa  430  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000327935  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  51.54 
 
 		 458 aa  428  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0990  signal recognition particle protein  51.61 
 
 		 453 aa  426  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00945365  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1304  signal recognition particle protein  51.91 
 
 		 445 aa  426  1e-118  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000911633  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1087  signal recognition particle protein  52.04 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000240128  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1804  signal recognition particle protein  52.71 
 
 		 512 aa  426  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0197886  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1417  signal recognition particle protein  51.84 
 
 		 445 aa  428  1e-118  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  unclonable  0.0000000188375  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  50.22 
 
 		 457 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2449  signal recognition particle protein  51.05 
 
 		 463 aa  426  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000152943  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1150  signal recognition particle protein  53.74 
 
 		 458 aa  426  1e-118  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1978  signal recognition particle protein  52.04 
 
 		 469 aa  424  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2888  signal recognition particle protein  51.03 
 
 		 518 aa  423  1e-117  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403346 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  50.67 
 
 		 453 aa  425  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0559  signal recognition particle protein  50.8 
 
 		 461 aa  422  1e-117  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000306608  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3402  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.97 
 
 		 458 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.625555 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0998  signal recognition particle protein  52.53 
 
 		 459 aa  424  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1624  signal recognition particle, subunit FFH/SRP54  51.03 
 
 		 467 aa  424  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.170579  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3304  signal recognition particle protein  50.23 
 
 		 492 aa  422  1e-117  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1227  signal recognition particle protein  50 
 
 		 433 aa  423  1e-117  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121808  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1228  signal recognition particle protein  50.46 
 
 		 433 aa  423  1e-117  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000301134  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1498  signal recognition particle protein  52.57 
 
 		 448 aa  422  1e-117  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.225316  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1048  signal recognition particle protein  51.34 
 
 		 457 aa  421  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000196553  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2134  signal recognition particle protein  51.44 
 
 		 449 aa  419  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1158  signal recognition particle protein  48.46 
 
 		 457 aa  421  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000642448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1351  signal recognition particle protein  49.36 
 
 		 479 aa  421  1e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0023431  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>