More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1027 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1027  signal recognition particle protein  100 
 
 
450 aa  905    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.588339  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4758  signal recognition particle protein  61.87 
 
 
439 aa  567  1e-160  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.259533  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2754  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  60.31 
 
 
443 aa  565  1e-160  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1327  signal recognition particle protein  62.13 
 
 
441 aa  567  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.609194 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1493  signal recognition particle protein  60.31 
 
 
449 aa  552  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.00000265163  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0067  signal recognition particle protein  60.56 
 
 
446 aa  551  1e-156  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3390  signal recognition particle protein  60.05 
 
 
440 aa  543  1e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202247  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0805  Signal recognition particle protein  60.54 
 
 
451 aa  543  1e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.104742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1525  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  59.42 
 
 
449 aa  542  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000514832  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1291  signal recognition particle protein  59.18 
 
 
449 aa  539  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0012852  normal  0.892865 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1788  signal recognition particle protein  59.95 
 
 
442 aa  540  9.999999999999999e-153  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0241232  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1399  signal recognition particle protein  58.74 
 
 
449 aa  535  1e-151  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000293601  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1014  signal recognition particle protein  58.96 
 
 
449 aa  531  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000130193  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0965  Signal recognition particle protein  58.74 
 
 
449 aa  528  1e-149  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000000805339  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1115  signal recognition particle protein  61.24 
 
 
445 aa  526  1e-148  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.814901 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2056  signal recognition particle protein  57.34 
 
 
446 aa  526  1e-148  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000690531  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05915  signal recognition particle protein  60.57 
 
 
442 aa  516  1.0000000000000001e-145  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.414308  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0244  signal recognition particle protein  57.48 
 
 
450 aa  518  1.0000000000000001e-145  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.450094  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1773  hypothetical protein  55.43 
 
 
442 aa  506  9.999999999999999e-143  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.128152 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0709  signal recognition particle protein  55.79 
 
 
448 aa  504  1e-141  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000338232  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3761  signal recognition particle protein  54.52 
 
 
453 aa  503  1e-141  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000277324  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1417  signal recognition particle protein  55.58 
 
 
445 aa  503  1e-141  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  unclonable  0.0000000188375  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1351  signal recognition particle protein  53.2 
 
 
479 aa  500  1e-140  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0023431  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1713  signal recognition particle protein  54.5 
 
 
446 aa  489  1e-137  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000859311  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0655  signal recognition particle protein  55.99 
 
 
452 aa  489  1e-137  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000216081  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07290  signal recognition particle protein  53.65 
 
 
444 aa  489  1e-137  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.3957e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1196  signal recognition particle protein  51.95 
 
 
449 aa  487  1e-136  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0364721  normal  0.124331 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0966  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  55.3 
 
 
447 aa  488  1e-136  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570112  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1296  signal recognition particle protein  52.42 
 
 
455 aa  479  1e-134  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000399025  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1321  signal recognition particle protein  52.42 
 
 
455 aa  479  1e-134  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465855  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2872  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  54.88 
 
 
452 aa  478  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107321  hitchhiker  0.00000141752 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0777  signal recognition particle protein  52.34 
 
 
441 aa  478  1e-134  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3683  signal recognition particle protein  55.79 
 
 
444 aa  480  1e-134  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0770  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  54.55 
 
 
446 aa  481  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000241723  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3304  signal recognition particle protein  53.23 
 
 
492 aa  476  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2497  signal recognition particle protein  52.42 
 
 
449 aa  476  1e-133  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000243009  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0967  signal recognition particle protein  52.66 
 
 
443 aa  476  1e-133  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000109658  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0803  signal recognition particle protein  51.5 
 
 
455 aa  473  1e-132  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000079449  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3887  signal recognition particle protein  51.96 
 
 
449 aa  472  1e-132  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000347799  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3586  signal recognition particle protein  51.96 
 
 
449 aa  472  1e-132  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000116729  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3604  signal recognition particle protein  51.96 
 
 
449 aa  472  1e-132  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000432061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3893  signal recognition particle protein  51.96 
 
 
449 aa  472  1e-132  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3859  signal recognition particle protein  51.96 
 
 
449 aa  472  1e-132  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.8952e-61 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1498  signal recognition particle protein  51.84 
 
 
448 aa  474  1e-132  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.225316  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3696  signal recognition particle protein  51.73 
 
 
449 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000361017  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3944  signal recognition particle protein  51.73 
 
 
449 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000995401  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1368  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.65 
 
 
447 aa  468  1.0000000000000001e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018858  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3668  signal recognition particle protein  51.72 
 
 
449 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000016406  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3764  signal recognition particle protein  53.97 
 
 
449 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000380679  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3983  signal recognition particle protein  51.73 
 
 
449 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000408298  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1299  signal recognition particle protein  51.73 
 
 
449 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000157828  unclonable  2.8199000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1978  signal recognition particle protein  53.16 
 
 
469 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2310  signal recognition particle protein  52.07 
 
 
443 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0985246  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1087  signal recognition particle protein  53.07 
 
 
446 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000240128  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0642  signal recognition particle protein  53.97 
 
 
452 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0127185  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2225  signal recognition particle protein  52.77 
 
 
451 aa  468  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000252662  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1155  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50.88 
 
 
481 aa  466  9.999999999999999e-131  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000491114  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1228  signal recognition particle protein  53.94 
 
 
433 aa  462  1e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000301134  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3035  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.51 
 
 
454 aa  464  1e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296692  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0785  Signal recognition particle GTPase  50.69 
 
 
476 aa  462  1e-129  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000113263  unclonable  1.02574e-27 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2671  signal recognition particle protein  51.96 
 
 
450 aa  459  9.999999999999999e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000192246  unclonable  0.0000000276763 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1450  signal recognition particle protein  52.2 
 
 
443 aa  461  9.999999999999999e-129  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1304  signal recognition particle protein  53.21 
 
 
445 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000911633  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4622  signal recognition particle protein  51.14 
 
 
449 aa  460  9.999999999999999e-129  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000364274  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1227  signal recognition particle protein  53.7 
 
 
433 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121808  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1099  signal recognition particle protein  52.86 
 
 
453 aa  460  9.999999999999999e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000944997  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1418  signal recognition particle protein  52.53 
 
 
447 aa  455  1e-127  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000224408  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3424  signal recognition particle protein  53.24 
 
 
524 aa  456  1e-127  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0016197  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1804  signal recognition particle protein  53.49 
 
 
512 aa  456  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0197886  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2373  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  53.9 
 
 
447 aa  456  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.377557 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4358  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.87 
 
 
490 aa  457  1e-127  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366323  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1611  signal recognition particle protein  52.83 
 
 
522 aa  455  1e-127  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.000856469  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2449  signal recognition particle protein  51.49 
 
 
463 aa  457  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000152943  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0559  signal recognition particle protein  51.84 
 
 
461 aa  452  1.0000000000000001e-126  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000306608  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0978  signal recognition particle protein  52.3 
 
 
508 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.304091  normal  0.442389 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1667  signal recognition particle protein  51.12 
 
 
444 aa  451  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000671364  hitchhiker  0.00227852 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0849  signal recognition particle protein  53.97 
 
 
459 aa  454  1.0000000000000001e-126  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.265552 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2888  signal recognition particle protein  51.93 
 
 
518 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403346 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  53.21 
 
 
457 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  52.49 
 
 
463 aa  448  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1624  signal recognition particle, subunit FFH/SRP54  51.84 
 
 
467 aa  451  1e-125  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.170579  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1387  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.27 
 
 
443 aa  449  1e-125  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2081  signal recognition particle protein  51.68 
 
 
517 aa  451  1e-125  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0503  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  53.54 
 
 
462 aa  450  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05710  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.64 
 
 
470 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000640801  normal  0.0289565 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  52.68 
 
 
453 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1100  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.97 
 
 
512 aa  445  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1862  signal recognition particle protein  52.91 
 
 
444 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000295764  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4178  signal recognition particle protein  51.26 
 
 
488 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1050  signal recognition particle GTPase  51.24 
 
 
544 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  52.68 
 
 
453 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  52.68 
 
 
453 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1286  signal recognition particle protein  51.12 
 
 
444 aa  447  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.524326  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1563  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.95 
 
 
551 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.333794  normal  0.0756555 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3266  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  53.33 
 
 
523 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0903561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  52.45 
 
 
453 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0592  signal recognition particle protein  51.02 
 
 
515 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  52.68 
 
 
453 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  50.99 
 
 
485 aa  445  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23770  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.36 
 
 
527 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.645209  normal  0.354043 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>