More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3304 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2888  signal recognition particle protein  72.71 
 
 		 518 aa  666    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403346 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3304  signal recognition particle protein  100 
 
 		 492 aa  988    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1100  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  68.03 
 
 		 512 aa  622  1e-177  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2141  signal recognition particle protein  68.99 
 
 		 508 aa  623  1e-177  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2026  signal recognition particle protein  69.03 
 
 		 493 aa  616  1e-175  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000241588  hitchhiker  0.00894206 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1804  signal recognition particle protein  68.54 
 
 		 512 aa  597  1e-169  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0197886  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0642  signal recognition particle protein  62.97 
 
 		 452 aa  556  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0127185  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2225  signal recognition particle protein  61.23 
 
 		 451 aa  555  1e-157  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000252662  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2872  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.53 
 
 		 452 aa  556  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107321  hitchhiker  0.00000141752 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3764  signal recognition particle protein  63.49 
 
 		 449 aa  554  1e-156  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000380679  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1099  signal recognition particle protein  63.95 
 
 		 453 aa  552  1e-156  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000944997  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2310  signal recognition particle protein  62.24 
 
 		 443 aa  554  1e-156  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0985246  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2449  signal recognition particle protein  63.11 
 
 		 463 aa  544  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000152943  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3432  signal recognition particle protein  62.88 
 
 		 453 aa  536  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000327935  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3494  signal recognition particle protein  62.18 
 
 		 453 aa  530  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.28336e-32 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1351  signal recognition particle protein  54.49 
 
 		 479 aa  520  1e-146  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0023431  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2056  signal recognition particle protein  58.93 
 
 		 446 aa  512  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000690531  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1417  signal recognition particle protein  58.2 
 
 		 445 aa  511  1e-143  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  unclonable  0.0000000188375  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0966  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  59.15 
 
 		 447 aa  509  1e-143  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1196  signal recognition particle protein  57.17 
 
 		 449 aa  509  1e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0364721  normal  0.124331 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1713  signal recognition particle protein  58.74 
 
 		 446 aa  503  1e-141  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000859311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3893  signal recognition particle protein  57.54 
 
 		 449 aa  499  1e-140  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3887  signal recognition particle protein  57.54 
 
 		 449 aa  499  1e-140  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000347799  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3586  signal recognition particle protein  57.54 
 
 		 449 aa  499  1e-140  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000116729  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3604  signal recognition particle protein  57.54 
 
 		 449 aa  499  1e-140  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000432061  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3944  signal recognition particle protein  57.31 
 
 		 449 aa  499  1e-140  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000995401  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1296  signal recognition particle protein  55.29 
 
 		 455 aa  501  1e-140  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000399025  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1321  signal recognition particle protein  55.29 
 
 		 455 aa  501  1e-140  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465855  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3859  signal recognition particle protein  57.54 
 
 		 449 aa  499  1e-140  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.8952e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3668  signal recognition particle protein  57.31 
 
 		 449 aa  498  1e-140  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000016406  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2996  signal recognition particle protein  58.91 
 
 		 454 aa  501  1e-140  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000641047  normal  0.948328 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3038  signal recognition particle protein  58.91 
 
 		 454 aa  501  1e-140  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000193458  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1299  signal recognition particle protein  57.31 
 
 		 449 aa  499  1e-140  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000157828  unclonable  2.8199000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0803  signal recognition particle protein  55.07 
 
 		 455 aa  496  1e-139  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000079449  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3696  signal recognition particle protein  57.31 
 
 		 449 aa  498  1e-139  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000361017  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3761  signal recognition particle protein  57.67 
 
 		 453 aa  498  1e-139  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000277324  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3983  signal recognition particle protein  57.31 
 
 		 449 aa  498  1e-139  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000408298  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07290  signal recognition particle protein  56.56 
 
 		 444 aa  496  1e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.3957e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1450  signal recognition particle protein  55.51 
 
 		 443 aa  495  1e-139  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0709  signal recognition particle protein  58.19 
 
 		 448 aa  493  9.999999999999999e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000338232  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0770  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  58.65 
 
 		 446 aa  492  9.999999999999999e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000241723  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2497  signal recognition particle protein  56.84 
 
 		 449 aa  491  1e-137  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000243009  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0967  signal recognition particle protein  55.38 
 
 		 443 aa  488  1e-137  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000109658  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1087  signal recognition particle protein  58.43 
 
 		 446 aa  490  1e-137  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000240128  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1978  signal recognition particle protein  57.78 
 
 		 469 aa  489  1e-137  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1498  signal recognition particle protein  56.64 
 
 		 448 aa  489  1e-137  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.225316  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1862  signal recognition particle protein  56.07 
 
 		 444 aa  480  1e-134  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000295764  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0777  signal recognition particle protein  53.08 
 
 		 441 aa  480  1e-134  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3683  signal recognition particle protein  54.11 
 
 		 444 aa  481  1e-134  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1027  signal recognition particle protein  53.23 
 
 		 450 aa  476  1e-133  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.588339  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  52.06 
 
 		 458 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  54.91 
 
 		 457 aa  472  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1368  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  54.87 
 
 		 447 aa  473  1e-132  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018858  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  52.06 
 
 		 458 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1228  signal recognition particle protein  55.53 
 
 		 433 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000301134  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0998  signal recognition particle protein  55.1 
 
 		 459 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  54.13 
 
 		 453 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  55.73 
 
 		 457 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1227  signal recognition particle protein  54.84 
 
 		 433 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121808  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2671  signal recognition particle protein  54.76 
 
 		 450 aa  467  9.999999999999999e-131  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000192246  unclonable  0.0000000276763 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3035  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.4 
 
 		 454 aa  465  9.999999999999999e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0785  Signal recognition particle GTPase  51.32 
 
 		 476 aa  467  9.999999999999999e-131  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000113263  unclonable  1.02574e-27 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0655  signal recognition particle protein  57.21 
 
 		 452 aa  468  9.999999999999999e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000216081  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4622  signal recognition particle protein  52.61 
 
 		 449 aa  468  9.999999999999999e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000364274  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  53.81 
 
 		 485 aa  465  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02499  Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)  54.35 
 
 		 453 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1064  signal recognition particle protein  54.35 
 
 		 453 aa  462  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203805  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1338  signal recognition particle protein  54.28 
 
 		 452 aa  464  1e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2409  signal recognition particle protein  53.21 
 
 		 454 aa  463  1e-129  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000225745  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1048  signal recognition particle protein  54.49 
 
 		 457 aa  462  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000196553  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1073  signal recognition particle protein  54.35 
 
 		 453 aa  462  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  normal  0.0192406 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02463  hypothetical protein  54.35 
 
 		 453 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1253  signal recognition particle protein  54.49 
 
 		 457 aa  462  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000049947  hitchhiker  0.0000752283 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  54.35 
 
 		 453 aa  464  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2769  signal recognition particle protein  54.35 
 
 		 453 aa  462  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2894  signal recognition particle protein  54.35 
 
 		 453 aa  462  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000003333  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1387  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.05 
 
 		 443 aa  465  1e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2999  signal recognition particle protein  54.35 
 
 		 453 aa  462  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000534435  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3849  signal recognition particle protein  54.35 
 
 		 453 aa  462  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000605639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0503  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.8 
 
 		 462 aa  462  1e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  53.7 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0384  signal recognition particle protein  52.33 
 
 		 451 aa  460  9.999999999999999e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1155  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50.78 
 
 		 481 aa  461  9.999999999999999e-129  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000491114  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2873  signal recognition particle protein  53.7 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110714  normal  0.0858138 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  53.7 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  53.7 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1178  signal recognition particle protein  52.05 
 
 		 456 aa  460  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.520274  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  53.7 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0244  signal recognition particle protein  52.26 
 
 		 450 aa  456  1e-127  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.450094  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2373  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  54.53 
 
 		 447 aa  455  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.377557 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0067  signal recognition particle protein  50.22 
 
 		 446 aa  456  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1286  signal recognition particle protein  53.92 
 
 		 444 aa  456  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.524326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1667  signal recognition particle protein  53.46 
 
 		 444 aa  456  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000671364  hitchhiker  0.00227852 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1670  signal recognition particle protein  53.08 
 
 		 458 aa  456  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  52.83 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2921  signal recognition particle protein  54.6 
 
 		 457 aa  458  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00726192  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1158  signal recognition particle protein  54.27 
 
 		 457 aa  457  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000642448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4358  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.6 
 
 		 490 aa  455  1.0000000000000001e-126  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1806  signal recognition particle protein  55.58 
 
 		 435 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000012194  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1985  signal recognition particle protein  51.8 
 
 		 515 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.421506  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>