More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0246 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3351  signal recognition particle protein  64.14 
 
 		 551 aa  635    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.31296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2779  Signal recognition particle protein  81.91 
 
 		 516 aa  840    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0765286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0368  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  85.52 
 
 		 515 aa  834    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.600679 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0662  signal recognition particle protein  66.67 
 
 		 520 aa  635    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0689127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0353  signal recognition particle protein  91.67 
 
 		 514 aa  883    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.547183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0221  signal recognition particle protein  86.06 
 
 		 514 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.115082  hitchhiker  0.0089568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0246  signal recognition particle protein  100 
 
 		 516 aa  1009    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0510  signal recognition particle protein  91.1 
 
 		 517 aa  882    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.659229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3578  signal recognition particle protein  81.37 
 
 		 511 aa  835    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.715062  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1464  signal recognition particle protein  69.5 
 
 		 513 aa  637    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.517812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0651  signal recognition particle protein  66.48 
 
 		 520 aa  633  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971217  normal  0.157335 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0630  signal recognition particle protein  68.4 
 
 		 520 aa  628  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3683  signal recognition particle protein  67.92 
 
 		 526 aa  630  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2887  signal recognition particle protein  69.42 
 
 		 522 aa  624  1e-177  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3618  signal recognition particle protein  73.17 
 
 		 521 aa  617  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0128303 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2983  signal recognition particle protein  64.37 
 
 		 540 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.13756 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1418  signal recognition particle protein  65.15 
 
 		 504 aa  591  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1826  signal recognition particle protein  71.76 
 
 		 523 aa  587  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1758  signal recognition particle protein  71.76 
 
 		 523 aa  588  1e-166  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0068  signal recognition particle protein  63.16 
 
 		 515 aa  567  1e-160  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.206889  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3095  signal recognition particle protein  73.41 
 
 		 514 aa  567  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3341  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  73.18 
 
 		 522 aa  565  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.819089  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1077  signal recognition particle protein  71.53 
 
 		 523 aa  560  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.624173  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4073  signal recognition particle protein  72 
 
 		 525 aa  557  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3750  signal recognition particle protein  71.76 
 
 		 527 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4203  signal recognition particle protein  72.47 
 
 		 526 aa  553  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1184  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  63.82 
 
 		 504 aa  544  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2656  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.74 
 
 		 491 aa  534  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0353  signal recognition particle protein  63.15 
 
 		 504 aa  534  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1404  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.45 
 
 		 491 aa  534  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.294047  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4887  signal recognition particle protein  56.81 
 
 		 511 aa  528  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2714  signal recognition particle protein  58.17 
 
 		 505 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  0.0233143 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1053  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  57.96 
 
 		 505 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2728  signal recognition particle protein  62.39 
 
 		 484 aa  502  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3878  signal recognition particle protein  58.93 
 
 		 498 aa  503  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515054  normal  0.639996 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2894  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  62.76 
 
 		 521 aa  499  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2154  signal recognition particle protein  59.16 
 
 		 457 aa  490  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.995378  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2603  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  61.59 
 
 		 514 aa  487  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.44624  hitchhiker  0.00700873 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3275  signal recognition particle protein  58.66 
 
 		 461 aa  479  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0976333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0384  signal recognition particle protein  54.71 
 
 		 451 aa  479  1e-134  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0757  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  55.88 
 
 		 501 aa  476  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0176  signal recognition particle protein  58.05 
 
 		 501 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  52.63 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  52.63 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02499  Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)  53.77 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1064  signal recognition particle protein  53.77 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203805  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2999  signal recognition particle protein  53.77 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000534435  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  52.86 
 
 		 463 aa  451  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3764  signal recognition particle protein  51.68 
 
 		 449 aa  450  1e-125  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000380679  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0845  signal recognition particle protein  52.32 
 
 		 453 aa  448  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02463  hypothetical protein  53.77 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259356  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2894  signal recognition particle protein  53.77 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000003333  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3091  signal recognition particle protein  54.01 
 
 		 453 aa  451  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.113189  normal  0.0737969 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3849  signal recognition particle protein  53.77 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000605639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  53.77 
 
 		 453 aa  450  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1073  signal recognition particle protein  53.77 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  normal  0.0192406 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2769  signal recognition particle protein  53.77 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000211534  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1338  signal recognition particle protein  52.24 
 
 		 452 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  53.54 
 
 		 453 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  53.54 
 
 		 453 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  53.54 
 
 		 453 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2872  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52 
 
 		 452 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107321  hitchhiker  0.00000141752 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  53.54 
 
 		 453 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2873  signal recognition particle protein  53.54 
 
 		 453 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110714  normal  0.0858138 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0503  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  53.57 
 
 		 462 aa  446  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0642  signal recognition particle protein  52.22 
 
 		 452 aa  445  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0127185  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0990  signal recognition particle protein  52.53 
 
 		 453 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00945365  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0998  signal recognition particle protein  51.75 
 
 		 459 aa  440  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  51.63 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  51.95 
 
 		 457 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  52.41 
 
 		 485 aa  437  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0966  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  53.27 
 
 		 447 aa  436  1e-121  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  51.54 
 
 		 453 aa  437  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0426  signal recognition particle protein  50.57 
 
 		 462 aa  433  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  50.8 
 
 		 457 aa  432  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1938  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.87 
 
 		 456 aa  435  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.730231 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0592  signal recognition particle protein  50.68 
 
 		 515 aa  435  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3230  signal recognition particle protein  52.07 
 
 		 453 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0218227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0648  signal recognition particle protein  52.74 
 
 		 461 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.773728  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1158  signal recognition particle protein  51.54 
 
 		 457 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000642448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0884  signal recognition particle protein  52.07 
 
 		 453 aa  431  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3365  signal recognition particle protein  52.07 
 
 		 453 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.089536  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0522  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.26 
 
 		 450 aa  429  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.823996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2921  signal recognition particle protein  50.88 
 
 		 457 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00726192  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3402  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.76 
 
 		 458 aa  432  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.625555 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1707  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50.46 
 
 		 511 aa  427  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0983445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1253  signal recognition particle protein  51.49 
 
 		 457 aa  427  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000049947  hitchhiker  0.0000752283 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1123  signal recognition particle protein  51.38 
 
 		 453 aa  427  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.279052  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1985  signal recognition particle protein  50.46 
 
 		 515 aa  427  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.421506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3204  signal recognition particle protein  51.15 
 
 		 453 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0069181  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1670  signal recognition particle protein  49.77 
 
 		 458 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1356  signal recognition particle protein  51.49 
 
 		 457 aa  423  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0467  hypothetical protein  47.07 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0443  hypothetical protein  47.29 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1202  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54) / transcription elongation factor GreB  51.07 
 
 		 495 aa  424  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0352571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2839  signal recognition particle protein  51.26 
 
 		 457 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000124707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1624  signal recognition particle, subunit FFH/SRP54  50.22 
 
 		 467 aa  424  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.170579  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2497  signal recognition particle protein  49.65 
 
 		 449 aa  422  1e-117  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000243009  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0851  signal recognition particle protein  51.89 
 
 		 453 aa  423  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000129048  hitchhiker  0.0000234744 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3018  signal recognition particle protein  51.26 
 
 		 457 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000039159  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>